대한예수교장로회총회유지재단이 법인인 경우 소속된 교회가 법인으로 보는 단체 여부

재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하교회는 교의에 따르는 사람들을 교원으로 하는 단체로서 법인격 없는 사단으로 볼 수 있으므로 「국세기본법」제13조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻지 아니한 경우에는 법인으로 보는 단체에 해당하지 않음.

[회신] 귀 질의의 경우, 재단법인인 종교단체와 정관, 회계 등 모든 운영이 독립된 것인지 여부는 구체적인 정황에 의해 사실판단하여야 하며, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하교회는 교의에 따르는 사람들을 교원으로 하는 단체로서 법인격 없는 사단으로 볼 수 있으므로 「국세기본법」제13조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻지 아니한 경우에는 법인으로 보는 단체에 해당하지 않는 것입니다. 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 ○ 대한예수교장로회 △△제일교회는 2001.10월 교회명의로 부동산을 취득한 후 2008.4월 양도함 ○ △△제일교회는 문화관광부장관으로부터 설립 허가된 대한예수교장로회총회 (대신)유지재단 서울중앙노회에 소속되어 있으며, 의정부관할 관청에 종교단체로 등록되어 있음 ○ 부동산은 담임목사 개인명의가 아닌 대한예수교장로회 영광제일교회 명의로 등기되어 있고 비영리법인으로 고유목적 의거하여 3년이상 사용하여 법인세가 과세되지 않는다고 보고 양도소득세를 무신고함 ○ 당해 교회는 재단법인인 총회 및 노회에 연2회 정기노회를 통해 재정보고가 이루어졌으며 회계 등 모든 운영이 독립된 것이 아니고 시찰회비 및 노회비를 냈었음 나. 질의내용 대한예수교장로회총회(대신)유지재단이 법인인 경우에 소속된 교회들도 법인으로 보는 단체에 해당되는 지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) ○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 ① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (2007.12.31. 개정) 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 ② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다 . 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (94.12.22. 개정) 1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 ③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. (94.12.22. 개정) ④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 "법인 으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (94.12.22. 개정) ⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고 하여야 한다. (94.12.22. 개정) ⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다. (94.12.22. 개정) ⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (94.12.22. 개정) ○ 국세기본법 기본통칙 13-0…1【법인격 없는 사단의 재산】 법인격 없는 사단의 사원이 집합체로서 물건을 소유할 때에는 총유로 보아 세법을 적용한다. (2004.2.19. 번호개정) 나. 유사사례(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면인터넷방문상담1팀-753, 2007.06.08 【질의】 재단법인 대한예수교 장로회 총회 유지재단에 소속되어 있는 광주노회가 국세기본법 제13조 규정에 의거 법인으로 보는 단체로 볼 수 있는지 여부 【회신】 귀 질의의 경우 아래 우리청 기질의회신문 〔징세46101-1134 (1998. 05.08.)〕을 참고하시기 바랍니다. ○ 징세46101-1134, 1998.05.08 【질의】 현재 개별교회(개신교)는 최상위기관으로 총회, 그 아래 노회가 있고, 최하위기관 으로 개별교회(당회)가 있는데, 보통 개별교회로 관리가 되며 부동산 관리시 필요에 의해 시(군)청에 종교단체 증명원을 발급받아 교회신도들이 낸 헌금으로 취득한 부 동산을 개별교회 재산으로 등기관리하고 있는바, 본건 ○○교회 당회로 등기된 부동산을 ‘85.3.28. 취득하여 ’92.1.31일 양도하고, 또다른 건은 ‘85. 3. 28.취득하여 ’96.8.9.양도한 경우 질의1) 재단법인 ○○노회에 소속되어있으나, 부동산등기시 ○○교회 당회로 등기된 경우 법인격없는 단체로보아 법인으로 볼것인지, 개인으로 볼것인지 여부. 질의2) 국세기본법통칙1-4-2-13(교회등에 대한 세법적용)이 계속 존속해오다가 ‘95.8.14일자로 삭제된 사유는 무엇이며, 토지 양도일자가 ’92양도분과 ‘96.양도분의 세법적용상 차이는 무엇인지. 질의3) 아래와 같은 경우가 종교법인이 고유목적에 사용되는 토지의 범위에 해당하는지 여부. 당해토지를 ○○교회당회가 불우청소년을 위한 고등공민학교로 운영해오다가 폐교하였으며 취득후 5년이상 경과한후 양도하고 그 양도대금으로 교회건물 신축자금으로 사용한 경우. 질의4) 법인세법 기본통칙 7-3-18-59의3(종교법인등이 그 고유목적에 사용되는 토지등의 범위)규정이 존속해오다가 ‘93. 2.1일자로 삭제된 사유가 무엇인지. 질의5) ’97. 4. 11. 국세심사결정서(심이 제5951호 중부 00-00)에 의하면 “개별교회가 주무관청의 허가를 받아 설립된 단체나 주무관청에 등록된 단체로 보기는 어렵지만 종교라는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 단체에 해당할 경우 개별교회가 등기 되지 아니하였더라도 국세기본법 시행령 제8조 제2호 (’94. 12. 31 개정전)의 규정에 의해 법인으로 보는 단체에 해당된다”는 국세심사결정이 있는데, 본건도 법인으로 볼것인지, 개인으로 볼것인지 여부. 질의6) 질의5.에서 “94. 12. 31 개정전” 규정의 단서가 부기되어 있는 데, ‘95. 1. 1.일 이후 양도분에 대하여도 법인으로 볼것인지 여부 【회신】 귀 질의1,5의 경우 법인격없는 사단. 재단. 기타단체중 주무관청의 허가를 받아 설립된 재단법인인 종교단체와 정관, 회계등 모든 운영이 독립적인 산하교회가 법인으로 보는 법인격 없는 단체인지 여부는 국세기본법 제13조 제1항 제2호 의 규 정에의한 “공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단”인지를 관리ㆍ사용등 구체적 사실을 확인하여 결정하는 것입니다. 귀 질의2의 경우 (구) 국세기본법 기본통칙 1-4-02-13의 규정을 ‘95.8.14 삭제한 것은 (구) 국세기본법 시행령 제8조 제2호 에서 “공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것”이라 함은 당해 재단만을 의미하는 것이므로 재단과 별도로 독립 운영하는 산하교회와 사찰을 획일적으로 법인으로 볼 수없기 때문이므로 세법의 해석ㆍ적용시 참고하시기 바랍니다. 귀 질의3의 경우 비영리법인이 “양도일 현재 3년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 토지 등”을 양도하는 경우에는 법인세법 제1조 제1항 제6호 및 조세감면규제법 제74조 제1항의 규정에 의하여 각 사업년도소득에 대한 법인세 및 특별부가세가 면제되는 것이나, 이에 해당되는지의 여부는 당해 법인의 고유목적사업의 내용과 양도일까지의 실제사용실태에 따라 사실판단 ○ 재산세과-408, 2009.02.04 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무 관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 「국세기본법」 제13조 및 「같은법 시행령」 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단 설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임 ○ 징세 46101-6604, 1994.08.08 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단은 재단으로서 등기되지 아니하더라도 국세기본법시행령 제8조 제2호 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체에 속하는 것 이나 귀 질의의 경우 그 보유재산이 공익을 목적으로 출연된 기본재산에 해당하는지 여부는 관리ㆍ사용 등 사실에 따라 판단할 사항입니다. ○ 법인46012-2784, 1993.09.17 국세기본법시행령 제8조 제2호 에서 “공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재 단 으로서 등기되지 아니한 것”이라 함은 당해 재단만을 의미하는 것이므로 재단과 별도로 독립 운영하는 산하교회와 사찰은 법인으로 볼 수 없음 ○ 징세46101-765, 1999.12.22 【질의】 “○○ ○○ ○○ 제단”은 세무서에 법인으로 등록되지 않았으나 ○○시에서 부동산 등기법에 의한 단체의 등록번호(00000-00000)를 부여받았고 교회제단의 규정 및 절차에 따라 자산을 운영하고 있음 상기 제단이 법인으로 보는 단체에 해당하는지의 여부와 신고절차에 관한 질의 【회신】 1. 귀 질의의 『○○ ○○ ○○제단』이 부동산등기를 위하여 부동산등기법에 의하여 시장(구청장), 군수로부터 『부동산등기용 등록번호』를 부여받은 경우, 이는 국 세기본법 제13조 제1항 제1호에 규정된 『주무관청에 등록』한 경우에 해당되지 아니하여 법인으로 보는 단체가 아닙니다. 2. 다만, 국세기본법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖춘 단체로서 대표자 또는 관리인이 같은법 시행령 제8조에 의거 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻는 단체는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있는 것이나, 단체가 같은법 제13조 제2항의 요건을 갖추었는지 여부는 관할세무서장이 구체적으로 사실을 판단하여 결정하는 사항입니다. ○ 국심2007중1166, 2007.07.12 ⑵ 쟁점2에 대하여 본다. ㈎ 청구교회는 쟁점토지가 비영리법인 소유의 부동산으로서 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용한 후 양도한 것이므로, 이로 인한 양도소득은 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 같은 법시행령 제2조 제2항의 규정에 따라 과세대상소득에 해당하지 아니한다는 주장이다. ㈏ 청구교회는 ○○○○○장로회총회에 소속된 교회로 국세기본법 제13조 제1항 제1호 의 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단 · 재단 기타 단체’에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 일반적으로 교회는 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지며 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하므로 교회를 재단으로 보는 것은 교회재산이 재단의 단독소유가 된다는 점에서 타당하지 아니한 점 등을 감안할 때, 청구교회를 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 ‘공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단’으로 볼 수 없어 국세기 본법 제13조 제2항에 의하여 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로의 승인을 받은 경우에 한하여 교회를 법인으로 보아 법인세법을 적용할 수 있을 것이다. ㈐ 따라서, 청구교회가 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 받았다고 볼만한 아무런 자료도 나타나 있지 아니한 이상 청구교회를 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 ‘법인으로 보는 법인격 없는 단체’로 볼 수는 없으며, 청구교회가 쟁점토지의 양도일인 2005.8.○○. 이후인 2006.1.○○. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 얻은 사실이 확인되나, 그렇다하여 양도일에 소급하여 이를 법인으로 보아야 하는 것은 아니므로(국심2006중3982, 2006.12.27. 같은 뜻) 처분청이 청구교회를 거주자(개인)로 보아 쟁점토지의 양도소득에 대하여 양도소득세를 과세한 이 거 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. ○ 심사양도2003-0046, 2003.05.16 ① 청구교회는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립된 것이 아니고, 또한 법령에 의하여 주무관청에 등록되지도 아니하였으므로 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에서 규정하고 있는 법인으로 보는 단체에 해당되지 아니하고, ② 청구교회는 사단법인 한국기독교총연합회 산하 대한예수교에 소속되어 있으나 그 소유재산은 사단법인인 명의가 아닌 개별교회 명의로 등기되어 있고 사단법인과는 별도로 독립운영하고 있는 바, 국세기본법시행령 제13조 제1항 제2호 에서 규정하고 있는「공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것」 이라 함은 당해 재단만을 말하는 것이고, 재단과는 별도로 독립운영하는 산하교회는 교의에 따르는 사람들을 교원으로 하는 단체로서 법인격 없는 사단에 해당된다 할 것이므로 국세기본법 제13조 제1항 제2호 에서 규정하고 있는 법인으로 보는 단체에 해당되지 아니한다고 할 것이며(대법원 2000두1652, 2002.2.8 ; 법인46012-2785, 1993.9.17 같은 뜻임), ③ 또한, 청구교회는 관할세무서장에게 법인으로 승인을 받은 사실이 없으므로 국세 기본법 제13조 제2항에서 규정하고 있는 법인으로 보는 단체에 해당되지 아니한다고 할 것이다. (5) 따라서, 청구교회는 법인으로 보는 단체에 해당되지 아니하므로 처분청이 청구 교회를 개인으로 보아 2002년 귀속 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. ○ 인천지방법원2006구단559, 2006.11.06 첫째, 국세기본법 제13조 제1항 에서 법인격이 없는 사단?재단 기타 단체 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록된 사단?재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것(같은 항 제1호)과 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것(같은 항 제2호)에 대하여는 이를 법인으로 보아 세법을 적용한다고 규정하고 있는바, 우선 위 제2호와 관련하여, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지고 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며 교인들은 각 교회활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용?수익할 수 있다고 할 것이므로(대법원 1999. 7. 7. 97누17261판결 참조), ○○교회를 법인격이 없는 사단으로 볼 수는 있어도 법인격이 없는 재단으로 볼 수는 없다 할 것이어서, 위 제2호에서 정한 ‘공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단’에 해당하지 아니하고, 다음으로 제1호와 관련하여 이 사건 상가의 양도 당시 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립된 것이 아니고, 주무관청에 등록한 것도 아니므로, 위 제1호에 의하여도 ○○교회를 법인으로 볼 수는 없다 할 것이다. ○ 대법원97누17261, 1999.09.07 2. 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제2항은, 국세기본법 제13조 제1항 의 규정에 의한 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체는 비영리내국법인으로 보고 이 법을 적용한다고 규정하고, 구 국세기본법 (1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항은 법 인격 없는 사단·재단 기타 단체 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 법인으로 보는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체에 관하여 정하고 있는 구 국세기본법시행령 (1993. 12. 31. 대통령령 제14076호로 개정되기 전의 것) 제8조는 제1호에서 ' 주 무관청의 허가를 받아 설립한 사단·재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것'을, 제2호에서 '공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것'을 들고 있으므로, 법인격 없는 사단은 법인격 없는 재단과는 달리 주무관청의 허가를 받아 설립된 것이 아니라면 세법의 적용에 있어서 법인으로 볼 수 없다 할 것이다. 기록에 의하면, 원심이 원고 교회를 독립된 법인격 없는 사단으로 본 점은 옳다 할 것이나, 원고 교회를 법인격 없는 사단으로 인정하는 이상, 그 교회의 재산은 교인 들의 총유에 속하고 교인들은 각 교회 활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회 재산을 사용·수익할 수 있다 할 것인데(대법원 1993. 1. 19. 선고 91다1226 판결 참조), 이러한 교회가 법인격 없는 재단으로서의 성격을 함께 갖고 있다고 본다면, 교회재산인 부동산이 교인의 총유이면서 동시에 법인격 없는 재단의 단독소유가 된다는 결과가 되어 그 자체가 모순될 뿐만 아니라 그 소유관계를 혼란스럽게 할 우려가 있으므로, 교회가 법인격 없는 사단이면서 동시에 법인격 없는 재단이라고 볼 수는 없다 할 것이다. 그렇다면 원고 교회가 주무관청의 허가를 받아 설립되었는지 여부의 점에 관하여는 심리·판단하지 아니한 채 원고 교회가 구 국세기본법 제13조 제1항 , 같은법시행령 제8조 제2호에서 정하는 법인격 없는 재단으로서 법인세 납세의무의 주체가 된다고 판단한 원심판결에는 법인격 없는 사단 또는 재단에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이어서 파기를 면할 수 없고, 이를 지적하는 취지의 상고논지는 이유가 있다