양도소득세 결정내용과 다른 사유로 인한 경우의 경정청구기간

과세관청이 각 세법에 의하여 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하고, 이에 대한 국세기본법상 불복청구기간이 경과하여 결정 또는 경정처분이 확정되는 경우에는 「국세기본법」 제45조의2 제1항의 경정청구대상이 되지 않는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우, 과세관청이 각 세법에 의하여 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하고, 이에 대한 국세기본법상 불복청구기간이 경과하여 결정 또는 경정처분이 확정되는 경우에는 「국세기본법」 제45조의2 제1항의 경정청구대상이 되지 않는 것입니다. 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 ○ 2008.01 다세대주택(8세대)을 다가구주택으로 판단하여 1세대1주택 비과세를 적용하여 양도소득세 예정신고 ( 소득세법 제89조 적용) ○ 2008.10 관세관청은 다가구주택으로 신고한 내용을 다세대주택으로 다주택자 중과규정을 적용하여 경정고지함( 소득세법 제89조 대상이 아님) ○ 2009.11 양도한 주택이 조특법 제99조의3 감면대상 신축주택임이 확인되어 경 정청구함 나. 질의내용 경정청구의 사유가 과세관청의 경정고지의 사유와 다를 경우에 과세관청의 경정결정의 사유에 대하여 경정청구 또는 불복청구를 하는 것이 아니므로 국세기본법 제45조 의 2 제1항의 괄호안의 규정에 따른 90일의 경정청구기간이 아닌 괄호 밖의 경정청구기간 3년을 적용하여 경정청구를 할 수 있는 지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) ○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결 정 또는 경정을 법정신고기한경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2007.12.31. 개정) 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결 정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 ② 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액 의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정 하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경 정을 청구할 수 있다. (2000.12.29. 개정) 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때 2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때 3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다 르게 이루어진 때 4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신 고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과 후에 발생한 때 (2007.12.31. 개정) ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또 는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. (94.12.22. 신설) ④ 이하생략 ○ 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】 법 제45조의 2 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고 기한 후에 발생한 때"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다. (94.12.31. 신설) 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때 2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 또는 취소된 때 3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때 4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때 ○ 국세기본법 제55조 【불복】 ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. <개정 1996.12.30 부칙, 1999.8.31 부칙> ○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】 ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. ③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. ④ 이하생략 ○ 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양 도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5 년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상 에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2001.8.14 부칙, 2001.12.29 부칙, 2002.12.11 부칙, 2002.12.30 부칙, 2003.5.29 부칙, 2005.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙> 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취 득 기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포 함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정 하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 ② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용 받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. <개정 2005.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙> ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】 ④ 법 제99조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 1999.10.30 부칙, 2008.2.29 부칙> 1. 법 제99조 제1항 제1호의 주택 가. 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류 나. 건축물관리대장 2. 제3항제2호의 주택 가. 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실을 입증할 수 있는 증빙서류 나. 제1호의 서류 3. 기타의 주택 가. 취득시의 주택매매계약서 나. 계약금을 납부한 사실을 입증할 수 있는 증빙서류 ○ 조세특례제한법 시행령 제99조 의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ⑥ 제99조제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. 나. 유사사례(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면1팀-1544, 2007.11.08 【질의】 2005.5. 상속이 개시되어 상속세 신고납부기간 내 상속세를 신고납부하고, 2006.11. 상속세 조사를 받은 후 상속세 2억원을 추가로 납부하였으며 불복청구기간이 경과되었음. 상속건물을 매도하는 과정에서 상속당시 평가액이 세법해석 착오로 과대평가되어 신고납부된 사실을 발견하게 되었음. 상속세 조사당시에 잘못 평가 신고된 건물에 대하여는 증액 및 감액 결정이 없었음. 국세기본법 제45조 의 2 규정에 의거 경정청구를 할 수 있는지. 【회신】 처분청이 세무조사에 의하여 과세표준과 세액을 경정 또는 결정하고, 당해 경정 또는 결정에 대한 국세기본법상 불복청구기간이 경과하여 경정 또는 결정처분이 확정되는 경우에는 국세기본법 제45조 의 2 제1항의 경정청구대상이 되지 아니함. ○ 재정경제부조세정책과-682, 2007.06.04 【질의】 가. 사실관계 - 00지방국세청장은 00에 대한 세무조사를 실시하고 처분청에 00년 귀속 종합소 득세 결정결의안을 통보하였으며, 처분청은 청구인에게 00년 귀속 종합소득세 00천원을 경정, 고지함 - 청구인은 2005.00.00 처분청에 00년 귀속 사업연도 지출비용 중 00료 등 00천원을 필요경비에 추가 산입, 환급세액 00천원으로 하여 경정청구서를 제출함 나. 질의내용 - 세무조사로 경정된 종합소득세에 대하여 불복청구 기간이 경과한 후 제기하는 경정청구는 당초 신고내용에 대하여만 가능한지, 경정내용을 포함한 전체 과세표준과 세액에 대하여 가능한지 【회신】 처분청이 세무조사에 의하여 과세표준과 세액을 경정 또는 결정하고, 당해 경정 또 는 결정에 대한 국세기본법상 불복청구기간이 경과하여 경정 또는 결정 처분이 확정되는 경우에는 국세기본법 제45조 의 2 제1항의 경정청구 대상이 되지 아니합니다. ○ 법인46012-768, 1996.03.09 【질의】 1. 법인의 도시설계지구내의 토지가 비업무용 부동산에 해당되어 '87-89사업연도의 법인세 경정이 있었으나, 96.1.23 대법원의 최종 확정판결(대법 95누 3671호) 에 따라 동 부동산이 업무용으로 인정받아 '87-'89귀속 사업연도 법인세를 환급한 바가 있습니다. 2. 위 호와 관련된 동일사안 동일건에 대해 귀속연도만 다른'90-'93사업연도 법인세를 신고하면서 부득이 선행 과세처분에 따라 비업무용 부동산으로 자진신고·납부한후 위 판결에 따라 감액 수정신고를 한 경우(법정 수정신고 기한경과) 과세표준 및 세액도 직권시정할 수 있는지 여부에 대하여 다음과 같이 질의함 갑설: 대법원의 확정판결 내용에 따라 동일사안 동일건인 '90'-'93귀속 법인세도 직권경정 대상임 (재무부 유권해석: 납세자가 기한내에 감액 수정신고를 하지 아니한 경우에도 과다신고·납부한 사실이 확인되면 구 국세기본법 제26조의2 에 규정된 부과제척 기간내에 경정할 수 있다) 을설: '90-'93사업연도 법인세에 대해 납세자가 기한내에 감액 수정신고를 하지 아니한 경우이므로 직권 감액결정의 대상이 되지 아니함. 【회신】 법인세를 과다신고납부한 법인은 국세기본법(94.12.22 개정전) 제45조 제1항에 의한 수정신고기한내에 감액수정신고를 할 수 있고 이 경우 과세관청은 동법 제45조 제2항의 규정에 따라 경정하여야 하나 법인이 기한내에 수정신고를 하지 않은 경우 에도 과다신고납부한 사실이 확인되면 과세관청은 부과제척기간내에 경정할 수 있 는 것입니다(제경원 기법 46019-326,95.10.12 참조) ○ 국심2006서1035, 2006.11.07, (다) 국세기본법에 납세의무자의 권리에 대한 사후구제제도로서 경정청구제도보다 먼저 불복청구제도를 도입하고 불복청구기간(90일)을 경정청구기간(3년)보다 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 점, 과세관청의 증액경정처분에 대하여 아무런 제한 없이 경정청구를 인정하게 되면 결국 경정청구기간보다 단기간인 불복청구기간이 이보다 장기간인 경정청구기간으로 연장되는 결과를 초래하여 서로 다른 도입목적을 가진 양 제도의 기능이 중첩적으로 작용하여 상호 충돌될 수 있는 점, 경정처분의 효력에 대하여 국세기본법 제22조 의 2 제1항을 신설(2002.12.18.)하여 “세법의 규정 에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리 · 의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있는 점, 증액경정처분에 대하여는 불복청구제도를 통한 구제절차가 시행 · 정착된 후에 납 세의무자 스스로 신고한 세액이 잘못 과다신고된 경우 등에 이를 시정할 수 있는 권리를 보장하기 위하여 경정청구제도가 도입된 점 등을 감안해 볼 때, 증액경정처분이 있는 경우 경정후의 과세표준 및 세액 전액에 대하여 경정청구를 할 수 있는 당초 세액에 대하여만 경정청구를 할 수 있다고 할 것이다(같은 뜻 : 국심2005서4430, 2006.9.14). (라) 따라서, 청구인의 경우와 같이 처분청의 추가 세액고지시의 경정사유와는 별개의 사유에 의하여 경정청구를 하는 경우 추가고지세액에 대하여는 불복청구만 할 수 있을 뿐 경정청구를 할 수 없다 하더라도, 당초 신고세액 15,840,400원에 대하여는 경정청구를 할 수 있는 것이고, 처분청에서도 청구인이 주장한 비용 중 105,810,653원에 대해서는 그 발생사실을 인정하고 있으므로 이를 손비로 인정하되 당초 신고세액 15,840,400원의 범위내에서 세액을 감액하는 것이 타당하다.