2001년도에 원천징수 납부한 퇴직소득세의 환급 가능 여부

국세부과제척기간이 만료된 때에는 정부는 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)도 할 수 없는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 국세기본법 기본통칙 26의2-0…1 및 기 질의회신사례(재정책46070-28,1998.04.11)를 참고하시기 바랍니다. 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 ○ 2001년 대표이사 퇴직금 중도정산 및 지급 - 퇴직금 중간정산 내역 입사일부터 2000.12.31까지를 중간정산일로 하여 2001.1.2에 1,334,499,840원 지급 - 퇴직소득세 원천징수 중간정산 퇴직금 지급시 95,889,960원을 원천징수하여 2001년 2월에 신고 납부 ○ 2004년 세무조사시 대표이사 퇴직금 중도정산에 대한 부인 - 대표이사 퇴직금 중도정산에 대한 부인 2001년 대표이사 중도정산 퇴직금 1,334,499,840원에 대해 현실적인 퇴직으로 인정하지 않아 퇴직금을 부인하고 대표이사의 가지급금으로 처리하였으며 인정이자 및 지급이자에 대한 손금 부인 - 세무조사 시기 및 결정결의일 2004.9.9 - 10.25에 세무조사를 수감하였으며 2004.12.1에 세무조사에 대한 결정결의가 통지되었음 ○ 기납부한 퇴직소득세에 대한 환급 - 대표이사 퇴직금 중도정산시 납부한 퇴직소득세 95,889,960원에 대한 환급 신청이 없었으며 현재까지 환급이 이루어지지 않았음 ○ 2008년에 대표이사의 현실적 퇴직사유 발생 - 현실적 퇴직사유 발생에 따른 퇴직금 지급 2008년 6월에 대표이사의 현실적 퇴직사유 발생으로 입사일부터 2008년 6월까지의 퇴직금 발생액 3,061,299,010원에서 중간정산 퇴직금 부인액 1,334,499,840원을 제외한 1,726,799,170원을 지급 - 퇴직소득세 원천징수 퇴직금 3,061,299,010원 전체에 대한 퇴직소득세 247,265,720원을 원천징수하고 2008년 7월에 신고 납부하였음 나. 질의내용 2001년 대표이사 퇴직금 중간정산시 원천징수 납부하였던 퇴직소득세 95,889,960원에 대한 환급 방법에 대해서 질의함 갑설) 2008년 6월 퇴직금에 대한 퇴직소득세 계산시 2001년 원천징수 납부한 퇴직소득세를 기납부세액으로 차감하여 퇴직소득세를 납부할 수 있음 을설) 2001년 원천징수 납부한 퇴직소득세는 국세기본법 제51조 [국세환급금의 충당과 환급]에 의한 환급금에 해당되며 국세기본법 기본통칙 54-0-1[국세환급금의 소멸시효기산일]에 근거하여 세무조사 결정결의일인 2004년 12월 1일을 기산일로 보아 2009년 11월 30일까지 환급신청하여 환급받을 수 있음 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에관한법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.<개정 1994.12.22, 1996.12.30> 1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10연간 2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7연간 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5연간 4. 상속세·증여세는 제1호 내지 제3호의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10연간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15연간으로 한다. 가. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 상속세·증여세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우 나. 상속세및증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출하지 아니한 경우 다. 상속세및증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출한 자가 대통령령이 정하는 허위신고 또는 누락신고를 한 경우(그 허위신고 또는 누락신고를 한 부분에 한한다) ④ 제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.<신설 1990.12.31> ○ 국세기본법 시행령 제12조 의 3【국세부과제척기간의 기산일】 ① 법 제26조의2제3항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.<개정 1990.12.31, 1993.12.31, 1998.12.31, 2000.12.29> 1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납·예정신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다. 2. 부당이득세 및 인지세에 있어서는 당해 국세의 납세의무가 성립한 날 ② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.<개정 1990.12.31> 1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세에 있어서는 당해 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정납부기한의 다음날 2. 과세표준신고기한 또는 제1호에 규정하는 법정납부기한이 연장되는 경우에는 그 연장된 기한의 다음날 3. 공제 또는 면제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액)을 의무불이행등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 그 공제 또는 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날 ○ 국세기본법 기본통칙 26의2-0…1 【 국세부과 제척기간의 의의 】 국세부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것이므로 국세징수권소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없으므로 법 제26조의2 제1항 내지 제3항의 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)·(법 제26조의 2 제2항의 당해 판결·결정 또는 상호합의를 이행하기 위한 경정결정 기타 필요한 처분은 제외한다)도 할 수 없다.(2004.02.19 개정) 나. 유사사례(예규, 심사례, 심판례, 판례) ○ 재정책46070-28, 1998.04.11 국세부과제척기간이 만료된 때에는 정부는 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)도 할 수 없는 것임. ○ 징세46101-423, 2001.06.22 【질의】 내국법인이 국내사업장이 없는 비거주자에게 국내원천소득을 지급하면서 조세조약상의 제한세율을 잘못 적용하여 과오납한 원천징수세액의 환급신청방법은 - 국세기본법상 경정청구에 의하는지 아니면 소득세법시행규칙 제93조 에 의한 조정환급에 의하는지 여부, 그리고 적정한 방법에 의한 환급청구기간은. 【회신】 원천징수이행상황신고서는 국세기본법상 과세표준신고서가 아니어서 같은법 제45조의 2에 의한 경정 등의 청구를 할 수 없으므로, 내국법인이 국내사업장이 없는 비거주자에게 국내원천소득을 지급하면서 조세조약상의 제한세율을 잘못 적용하여 과오납한 세액은 국세기본법 제51조 제4항 및 소득세법시행규칙 제93조 의 규정에 의거 국세부과제척기간내에 수정분 신고서를 제출하여 당해 과오납세액을 다른 원천징수세액에서 조정하여 환급받을 수 있음. 여기서 국세부과제척기간은 당해 원천징수세액의 법정납부기한의 다음날부터 기산하여 5년을 말하는 것임.