부가가치세 수정신고 원인행위가 국가에 있는 경우 가산세 감면사유에 해당되는지 여부

납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 ‘정당한 사유’가 있는 때에는 「국세기본법」제48조 제1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는 것으로 이에 해당되는지 여부는 개별사안에 따라 판단할 사안임

[회신] 귀 질의의 경우, 기존해석사례( 징세과-1388, 2009.03.11)를 참조하시기 바랍니다. ○ 징세과-1388, 2009.03.11. 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 ‘정당한 사유’가 있는 때에는 「국세기본법」제48조 제1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는 바, 이때의 ‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 말하는 것으로 이에 해당되는지 여부는 개별적 사안에 따라 판단하는 것입니다. 1. 질의내용 가. 사실관계 ○ 甲법인 등은 〇〇〇〇공사와 협약을 맺고 민자휴게소를 건설 운영하고 있는 법인으로 - 협약내용은 甲법인 등이 휴게소 건설 비용을 부담하고 약정기간(12-15년) 운영후 당해 휴게소 건물을 한국도로공사에 기부채납 하는 조건임 ○ 과세관청은 2007년 〇〇〇〇공사에 대한 세무조사시 자기 토지위에 다른사업자에 대하여 건물을 신축하여 일정기간 사용케하고 그 대가로 건물의 소유권을 취득하는 것은 토지임대로 보아 건물의 신축가액을 운영기간 동안 안분하여 부가가가치세 과세표 준에 포함하도록 과세처 분하였고 - 〇〇〇〇공사는 민자휴계소 업체에게 토지임대료 상당액에 대하여 세금계산서를 교부함에 따라 이 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 매입세액 공제하고 신고함 ○ 〇〇〇〇공사는 상기 과세처분에 불복하여 소송을 제기하여 2011.6월 대법원 승소 판결(당초 발행한 세금계산서를 취소)을 받음 - 판결에 따라 甲법인 등은 매입세액 공제부분에 대하여 수정신 고의무가 발생하 게 됨 나. 질의요지 ○ 부가가치세 수정신고의 원인행위가 국가에 있는 경우 부가가치세 수정신고시 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되는지 여부 2. 관련법령 ○ 국세기본법 제47조 【가산세 부과】 ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. ② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다 . ③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. ○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 3. 관련사례 ○ 징세과-1388, 2009.03.11. 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 ‘정당한 사유’가 있는 때에는 「국세기본법」제48조 제1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는 바, 이때의 ‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나 , 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정 이 있을 때를 말하는 것으로 이에 해당되는지 여부는 개별적 사안에 따라 판단하는 것입니다 .