세액공제를 잘 못 적용한 경우 수정신고가 가능한지 여부

과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 세액공제 관련조항을 잘못 적용하여 당초 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 경우에는 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여 수정신고를 할 수 있는 것임.

[회신] 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 구 조세감면규제법상의 세액공제 관련조항을 잘못 적용하여 당초 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 경우에는 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여 국세기본법 제45조의 규정에 의거 수정신고를 할 수 있는 것임을 알려드립니다. 1. 질의내용에 대한 자료 가. 유사사례 ○ 법인46012-840, 1997.03.25 【질 의】 1994귀속분에 대해 중소제조업 특별세액감면과 증자소득공제를 동시에 적용받은 법인이 세무당국의 중복적용 배제에 대한 소명지지를 받고 수정신고시, 당초 적용한 중소제조업 특별세액감면을 중소기업 투자세액공제로 전환하여 적용받을 수 있는지의 여부 【회 신】 내국법인이 1994사업연도에 조세감면규제법 제7조의 규정에 의한 중소제조업 특별세액감면과 같은법 제93조의 증자소득공제를 동시에 적용받았으나, 같은법 제7조 제1항 단서규정에 의거 중소제조업 특별세액감면을 배제하고 당초 신고시에는 적용받지 않았던 같은법 제5조의 규정에 의한 중소기업 투자세액공제를 적용받고자 하는 경우로서 납부할 세액이 증가되는 때에는 국세기본법 제45조 제1항 의 규정에 의한 기한내에 수정신고할 수 있는 것임. 당초에 신고한 세액보다 감액되는 경우에는 종전의 같은법(1994. 12. 22 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항 제1호의 기한이 경과한 후에는 수정신고할 수 없는 것임. ○ 법인46012-2365, 1996.08.26 (재기법46019-250, ’97.7.3)호로 변경됨 【질의】 창업제조 중소기업을 경영하는 법인이 1995년 사업연도에는 조세감면규제법 제7조(중소제조업 등의 특별세액감면)와 조세감면규제법 제6조(창업중소기업의 세액감면)의 둘 중에서 선택적용이 가능한 법인임. 1995년도에 신설되어 창업한 사업연도에 조세감면규제법 제7조(중소제조업 등의 특별세액감면)를 적용하였으나, 1995년도 과세표준신고일로부터 1년내에 1995년도에 적용한 조세감면규제법 제7조(중소제조업 등의 특별세액감면)를 취소하고 조세감면규제법 제6조(창업중소기업의 세액감면)를 새로 적용(즉, 국세기본법 제45조 의 2에서 규정한 경정청구)할 수 있는지. 【회신】 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정청구는 같은법 같은조 제1항 각호, 제2항 각호 및 동시행령 제25조의 2 각호에 해당하는 사유가 발생하였을 경우에만 적용하는 것이므로 당초 신고시 적법하게 신청된 조세감면규제법상의 조세감면을 임의로 취소하고 다른 조세지원을 변경 적용받을 수는 없는 것임. 따라서 본 건 질의의 경우 중소제조업특별세액감면을 적법하게 신청하여 적용을 받은 것을 취소하고 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용하여 경정청구할 수 없는 것임. ○ 법인46012-2366, 1996.08.26 (변경됨 재기법46019-250, ’97.7.5)호 【질 의】 1994년 과세기간(1994. 1. 1~12. 31)에 대한 법인세 신고시 조세감면규제법 제27조 규정에 의한 [임시투자세액공제]를 적용 신고납부하였으나, 동법 제7조 규정에 의한 [중소기업에 대한 특별세액감면]을 적용받고, [임시투자세액공제]를 배제하는 내용의 수정신고를 함에 있어서 양설이 있어 질의함. 갑설 : [임시투자세액공제]를 배제하고 「중소기업에 대한 특별세액감면」을 적용받을 수 있음. 을설 : [임시투자세액공제]를 배제하여도 [중소기업에 대한 특별세액감면]을 적용받을 수 없음. 【회 신】 국세기본법 제45조 (1994. 12. 22 법률 제4810호)의 규정에 의한 수정신고는 같은법 같은조 제1항 각호 및 제2항의 사유가 발생하였을 경우에만 적용하는 것이므로 당초 신고시 적법하게 신청된 조세감면규제법상의 조세감면을 임의 따라서 본 건 질의의 경우 임시투자세액공제를 적법하게 신청하여 적용을 받은 것을 취소하고 중소제조업 특별세액감면을 적용하여 수정신고할 수 없는 것임. ○ 징세46101-3275, 1998.11.26 【질의】 (질의 1) 과세표준수정신고를 당초 법정신고기한 경과후 6개월이내의 기간중에 선수정신고서 제출하고 후추가세액납부한 경우나 선추가세액납부하고 후수정신고서를 제출한 경우도 신고불성실가산세의 50%를 감면받을 수 있는지 (질의 2) 1997사업연도에 임대용 부동산(토지와 건물)을 취득하고 취득가액이 7억원인데 4억원은 자기자본으로 나머지 3억원은 금융기관등의 타인자본으로 취득하고 (물론 입증책임은 납세의무자에게 있음) 장부상 4억원만 기장하였고 3억원에 대한 부채가 누락되면서 지급이자가 3천6백만원 대표자가 직접 지급한 것도 누락되었을 경우 경정청구가 가능한지 (질의 3) 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정청구는 동법 제1항 각호 및 제2항 각호의 사유가 발생하였을 경우에만 적용하는 것이므로 거주자가 종합소득확정신고시 적법하게 신청된 조세감면규제법상의 조세감면내용을 그후에 임의로 다른 조세감면규정을 적용받기 위하여 경정청구를 할 수 없는 것인지 【회신】 1. 질의1에 대한 회신 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지는 과세표준수정신고서를 제출하고 납부할 수 있는바, 법정신고기한 경과후 6월이내에 과세표준수정신고서를 제출하고 동시에 추가로 납부할 세액이 납부되어야 국세기본법 제49조 에 의한 가산세가 감면되는 것임. 2. 질의 2, 3에 대한 회신 기 질의 회신문 1.소득 46011-772, 1998. 3. 27과 2.기법 46019-250, 1997. 7. 3을 참조바람. ○ 징세46101-2175, 1998.08.12 【질 의】 1. 제조업을 영위하는 중소기업이 1997. 12.에 투자한 사업용 자산에 대하여 당초 신고시 조감법 제5조에 의한 중소기업투자세액공제(5%)를 받았을 경우 수정신고에 의하여 조감법 제27조 및 동시행령 제24조에 의한 임시투자세액공제(10%)을 받을 수 있는지 여부 2. 제조업을 영위하는 중소기업이 1997. 12.에 투자한 사업용 자산에 대하여 당초신고시 세액공제를 받지 않았을 경우 수정신고에 의하여 조감법 제27조 및 동시행령 제24조에 의한 임시투자세액공제(10%)를 받을 수 있는지 여부 【회 신】 귀 질의의 경우 기 회신문(재기법 46019-250, 1997. 7. 3) 사본을 송부하니 참조하기 바람. (참조 : 재기법 46019-250, 1997. 7. 3) 1. 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 조세감면규제법의 적용조항을 변경하여 계산한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우에는 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구기한내에 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 따른 결정 또는 경정을 청구할 수 있는 것이나, 2. 동 감면조항들이 조세감면규제법상의 기업합리화적립금의 적립대상인 경우에는 경정청구 이전에 과소적립금을 추가로 적립하여야 하는 것임. ○ 법인46012-1826, 1997.07.04 【질 의】 1. 대도시에서 창업하여 농ㆍ어촌지역으로 이전한 중소제조업 영위법인이 1996사업연도 법인세 신고시 조세감면규제법 제6조의 규정에 의한 창업중소기업에 대한 세액감면을 신청했으나, 2. 착오로 잘못 적용한 동 감면신청을 취소하고 당초 신청하지 않았던 같은법 제7조의 규정에 의한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용하여 수정신고시 감면을 적용받을 수 있는지. 【회 신】 대도시에서 창업하여 농ㆍ어촌지역으로 이전한 중소제조업 영위법인이 착오로 잘못 적용한 조세감면규제법 제6조의 규정에 의한 창업중소기업에 대한 세액감면을 취소하고 같은법 제7조의 규정에 의한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용함으로써 납부세액이 변동되는 경우에는 국세기본법 제45조 및 제45조의 2의 규정에 의한 수정신고 또는 경정청구를 할 수 있는 것임. [ 해 설 ] 감면요건에 적합하지 못한 창업중소기업에 대한 세액감면 자체만을 놓고 본다면, 적용오류로 인하여 감면을 적용받지 않을 것을 적용받은 것이기 때문에 국세기본법에 의한 수정신고 대상이고, 당초 적용받지 않은 중소제조업 특별세액감면을 다시 적용 받고자 하는 것은 당초 신고납부한 세액을 감소시키는 경정청구 대상임. 따라서 수정신고와 경정청구가 동시에 적용되는 경우로 추가납부세액이 발생하는 경우에는 수정신고가 가능한 것으로 보아야 할 것이며, 환급세액이 발생하는 경우에는 경정청구가 가능한 것임. ○ 기법46019-250, 1997.07.03 【질 의】 본인이 근무하는 법인은 1995사업연도 법인세 신고하면서 투자세액공제감면을 적용하였으나 이 법인이 농어촌지역 창업중소기업감면에도 해당되는 것을 뒤에 알게되어 투자세액공제감면을 취소하고 창업중소기업감면을 적용하여 경정하도록 국세기본법 제45조 의 2 제1항에서 규정한 바에 따라 적용하였음. 그런데, 국세청은 별첨한 질의회신문(법인 46012-2365, 1996. 8. 26)에서 당초 신고시 적법하게 신청된 조세감면규제법상의 조세감면을 임의로 취소하고 다른 조세지원을 적용하여 경정청구할 수 없다고 하였음. 국세기본법 제45조 의 2 제1항 제1호의 규정을 보면 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 의한 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 경정청구할 수 있도록 규정하고 있는데, 세액의 계산은 세법이 규정한 바에 따라 감면을 적용한 후에 산출되는 것이므로 당초 신고시 적용한 조세감면이 잘못된 것이라면 이를 바로잡아 경정청구할 수 있도록 하는 것이 규정의 취지에 합당하다고 사료되어 이와 같이 질의하니 회신바람. 【회 신】 1. 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 조세감면규제법의 적용조항을 변경하여 계산한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우에는 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구 기한내에 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 따른 결정 또는 경정을 청구할 수 있는 것이나, 2. 동 감면조항들이 조세감면규제법상의 기업합리화적립금의 적립대상인 경우에는 경정청구 이전에 과소적립금을 추가로 적립하여야 함.