[회신]
세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 관세법 제35조에 규정하는 위약물품에 해당되는 경우로서, 수입자가 당초에 교부받은 수입세금계산서를 매입세액 불공제분으로 부가가치세법 제20조의 규정에 의하여 소관세무서장에게 이미 제출함으로써 소관세무서장에게 이를 제출할 수 없는 때에는, 세관장은 당해 수입세금계산서를 제출받은 세무서장으로부터 매입세액불공제분으로 수입세금계산서를 제출받은 사실을 확인받아 부가가치세법 시행령 제71조 제2항의 규정에 의하여 징수한 부가가치세를 수입자에게 환급함과 동시에 수정세금계산서를 교부하고 소관세무서장에게 이를 제출하여야함.
세관장이 징수한 부가가치세의 과오납금의 환급에 관하여는 부가가치세법시행령 제71조 제2항의 규정을 적용하지 아니하고, 국세기본법 제51조 및 관세법 제24조의 규정에 의하여 과오납부된 부가가치세를 수입자에게 환급함과 동시에 수정세금계산서를 교부하고 소관세무서장에게 이를 제출하여야 함.
1. 질의내용 요약
부가가치세가 면제되는 사업자가 수입재화 통관시 세관장으로부터
부가가치세법 제16조 제3항
의 규정에 의한 세금계산서를 교부받고 부가가치세를 부담한 후 동 수입재화의 불량 등으로 반품(재수출)하는 경우 면세사업자가 부담한 부가가치세 환급에 대하여 다음과 같은 양설이있어 질의하오니 검토하시어 조속히 회신하여 주시기 바람.
(갑설) 당초 징수의무자인 세관장이 환급하여야 한다.
(이유) 수입세금계산서 교부요령(관세청 고시 제80-217, 1980. 5. 22)제5조의 규정에 의하면 “수입세금계산서 교부 후 그 기재사항의 착오 또는 오류로 인한 정정사유발생시 수정세금계산서를 교부함과 동시에 당초 수입세금계산서가 회수되는 때는 세관장이 징수한 부가가치세를 환급하여야 한다”라고 되어 있는 바, 수입자가 면세사업자임이 확인되고 당초 수입세금계산서를 회수하는 경우는 당연히 세관장이 동 부가가치세를 환급하여야 하기 때문이다.
(을설) 수입자 관할세무서장이 환급하여야 한다.
(이유) 상기 수입세금계산서 교부요령에 의하여 정정사유 발생시 세관장은 수정세금계산서를 교부하여야 하나 이미 정부에 징수 납부한 부가가치세이며 세관 및 세무서는 같은 정부기관으로 세관장의 환급통보에 의하여 수입자 관할세무서장이 환급하여야 하기 때문이다.
(당청의견) “갑설”이 타당하다고 사료됨.