분뇨 등의 처리에 따른 부가가치세 면제 및 매입세액공제 여부

분뇨 등 허가를 받은 자가 공급하는 분뇨 등의 처리 및 정화조 청소용역에 대하여는 부가가치세가 면제되고 매입세액은 공제되지 아니하는 것이나, 하수종말 처리용역은 부가가치세가 과세되고 매입세액은 공제 받을 수 있는 것임.

[회신] 오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조 규정에 의하여 분뇨 등 관련영업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 분뇨 등(분뇨,축산폐수)의 수집ㆍ운반ㆍ처리 및 정화조 청소용역에 대하여는 부가가치세법 제12조 제1항 제4호 및 같은법 시행령 제29조 제9호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이며, 이 경우 관련 매입세액은 공제되지 아니하는 것이나, 사업자가 하수도법에 의한 하수종말 처리장을 통하여 공급하는 하수종말 처리용역은 당해 면세하는 용역 범위에 포함되지 아니하여 같은법 제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이며, 이 경우 관련 매입세액은 자기가 공급한 용역의 매출세액에서 공제 받을 수 있는 것입니다. 1. 질의내용 요약 당사는 ○○시와 하수종말처리 민간위탁 계약을 체결하여 하수처리장 운영,하수처리,분뇨처리,축산폐수처리,슬러지 처리 등의 업무를 수행하고 있는 바 당해 용역제공의 면세여부와 관련 매입세액(약품비,폐기물운반비,기계유지수선비,경유대 등) 공제가능 여부? 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙) ○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액” 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액” 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액” 이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29 개정) 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 신설) 2-5호 생략 ○ 부가가치세법 제12조 【면 세】 ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 ○ 부가가치세법 시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】 법 제12조 제1항 4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 9. 오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조의 규정에 의하여 분뇨 등 관련영업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 분뇨 등의 수집ㆍ운반ㆍ처리 및 정화조청소용역 (2000. 12. 29 신설) 나. 관련ㆍ유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규) ○ 부가46015-225,2001.02.06 1. 귀 질의 1의 경우 하수종말처리장을 통하여 공급하는 하수종말처리용역은 부가가치세법시행규칙 제11조 의 2에 규정된 의료보건용역에 해당되지 아니하는 것임. 2. 귀 질의 2의 경우 사업자가 지방자치단체의 현금출자금과 자체자금으로 하수종말처리장을 건설하여 유지ㆍ관리키로 하고 준공하였으나 추후 지방자치단체에서 유지ㆍ관리키로 합의하고 하수종말처리장을 지방자치단체에 양도함에 있어 그 대가는 지방자치단체의 현금출자금과 지방자치단체로부터 5년 거치 15년 분할조건으로 지급받아 충당하기로 한 경우 그 공급시기는 부가가치세법 제9조 제1항 의 규정에 의하여 이용 가능하게 되는 때(지방자치단체의 현금출자금)와 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때(자체자금)인 것임. 이 경우 동 사업자가 하수종말처리장 신축과 관련하여 부담한 매입세액은 공제받을 수 있는 것임 ○ 부가46015-234,2000.01.26 사업자가 지방자치단체로부터 하수종말처리시설의 관리 및 운영을 위탁받아 당해 시설의 관리 및 운영을 대행하고 그 대가(운영비)를 받는 경우는 현행 부가가치세법 또는 조세특례제한법상 부가가치세가 면제되지 아니하는 것이며, 부가가치세법 제7조 제1항 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임.