원재료를 공급받는 사업장과 제조사업장이 다른 경우 의제매입세액 공제 방법

의제매입세액공제를 받을 수 있는 사업장은 면세축산물을 공급받은 사업장으로 하는 것이 원칙이나, 당해 면세원재료를 공급받는 사업장과 과세물품의 제조장이 다른 때에는 최종제품이 완성되는 사업장에서도 공제할 수 있는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 축산물을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 부가가치세법 제17조 제3항 및 같은법 시행령 제62조의 규정에 의하여 의제매입세액으로 공제할 수 있는 것이며, 의제매입세액공제를 받을 수 있는 사업장은 면세축산물을 공급받은 사업장으로 하는 것이 원칙이나, 당해 면세원재료를 공급받는 사업장과 과세되는 재화의 최종제품이 완성되는 사업장이 다른 때에는 최종제품이 완성되는 사업장에서도 공제할 수 있는 것입니다. 또한, 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자가 면세원재료를 매입한 경우에는 그 과세기간 종료일까지 당해 원재료의 실질귀속에 따라 의제매입세액 공제대상 원재료 여부를 구분하고 차기 이월원재료에 대하여는 그 용도가 불분명하므로 같은법 시행령 제61조의 공통매입세액 안분계산방법을 준용하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 면세축산물을 가공하여 재화를 생산, 판매하는 사업자가 축산물 가공 사업장과 과세물품 제조장의 사업장이 다른 경우, 축산물 가공 사업장에서는 직접 판매ㆍ국외수출ㆍ과세물품 제조공장에 반출하며, 제조업사업장에서는 축산물 가공 사업장에서 생산한 재화를 가공하여 과세재화를 생산 판매하는 경우 의제매입세액 공제방법에 대한 질의 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 납부세액 - 부가가치세법 제17조 ① - ② 생략 ③ 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물등” 이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다. ○ 의제매입세액계산 - 부가가치세법시행령 제62조 ① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(제28조 제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것을 포함한다. 이하 “면세농산물 등” 이라 한다)의 가액에 재정경제부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제한 면세농산물등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다. ③ 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액을 공제받고자 하는 사업자는 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1. 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조 의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 2. 여신전문금융업법에 의한 신용카드매출전표 또는 직불카드영수증 3. 제조업을 영위하는 사업자가 농ㆍ어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 재정경제부령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류 ④ 제60조 제1항 및 동조 제2항의 규정은 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제에 관하여 이를 준용한다. 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 부가46015-3986,2000.12.11 귀 질의의 경우 질의 내용이 불분명하여 명확한 답변을 드리기 어려우나 여러개의 사업장이 있는 사업자의 경우 공통매입세액의 안분계산은 사업장 단위로 하되, 각 사업장에 공통으로 사용되는 매입세액은 각 사업장의 공급가액의 합계액으로 부가가치세법시행령 제61조 의 규정에 의하여 안분계산하는 것이며, 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에 당해 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 사업자는 부가가치세법 제17조 제3항 및 동법시행령 제62조의 규정에 의하여 의제매입세액을 공제받을 수 있는 것임. ○ 부가46015-4494,1999.11.08 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자가 면세원재료를 매입한 경우에는 그 과세기간 종료일까지 당해 원재료의 실지귀속에 따라 의제매입세액 공제대상 원재료 여부를 구분하는 것이며, 실지귀속 여부의 판단은 면세원재료의 구입ㆍ관리ㆍ제조 또는 가공과정의 투입, 제조공정, 제품생산관리 등의 제반실태에 따라 실지 귀속여부를 판단하는 것임. 다만, 실지귀속이 불분명한 경우에는 부가가치세법시행령 제61조 제1항 의 규정을 준용하여 의제매입세액 공제대상 원재료가액을 안분계산하는 것이며, 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우에는 동영 동조 제3항을 준용하여 면세원재료 전액에 대한 의제매입세액을 공제하는 것이며, 동영 제63조의 납부세액 또는 환급세액의 재계산 규정은 적용되지 아니하는 것임.