폐기물에 대한 반입수수료의 부가가치세 면세 여부

사업자가 국가 또는 지방자치단체로부터 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받아 사업자의 명의와 계산으로 사업을 하는 경우에는 면세가 적용되지 아니함.

[회신] 귀 질의의 경우에는 붙임의 관련 참고자료 유사사례【(재경원 소비 46015-243, 1996. 8. 21) 및 (법인 46012-1546, 2000. 7. 11)】를 참고하시기 바랍니다. ※ 재경원소비 46015-243, 1996.08.21 사업자가 국가 또는 지방자치단체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받아 수탁(사업자)의 명의와 계산으로 사업을 하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제17호의 규정이 적용되지 아니하는 것임. 그러나 수탁자(사업자)의 명의와 계산으로 하지 아니하고 국가 또는 지방자치단체의 명의와 계산으로 하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제17조의 규정이 적용되는 것임. 1. 질의내용 요약 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 설립된 지방공사(○○시도시개발공사)가 지방자치단체(○○시)와 ○○시 종합재활용센타의 관리ㆍ운영에 대한 위ㆍ수탁협약을 체결하여 관리ㆍ운영하면서 당해 종합재활용센타에 반입되는 폐기물에 대하여 반입수수료를 받아 당해 지방자치단체에 수입금 전액을 납부한 후, 지방자치단체로부터 관리ㆍ운영비를 받는 경우에 있어 폐기물에 대한 반입수수료의 부가가치세 면제여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙) ○ 부가가치세법 제12조 【면 세】 ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다 1. ~ 16. 생략 17. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역 ○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다. 1. ~ 5. 생략 6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 ○ 조세특례제한법시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】 ① ~ ⑤ 생략 ⑥ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체” 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. 1. ~ 21. 생략 22. 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단 ⑦ 생략 ○ 조세특례제한법시행규칙 제48조 【부가가치세의 면제 등】 ① 영 제106조 제7항에서 “재정경제부령이 정하는 사업” 이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업 을 말한다. ② 이하생략 【별표 10】 정부업무대행단체의 면세사업( 조세특례제한법시행규칙 제48조 제1항 관련) * 단체명 : 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단 * 면세사업 : 지방공기업법 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업 ○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】 ① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서등” 이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. ② 생략 ○ 법인세법 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】 ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다. ② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 여신전문금융업법에 의한 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증빙서류를 포함한다) 2. 부가가치세법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서 3. 제121조 및 소득세법 제163조 의 규정에 의한 계산서 ③ 생략 ○ 법인세법 제158조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】 ① 법 제116조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사업자” 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업자를 말한다. 1. 법인. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 제외한다. 가. 비영리법인(제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다) 나. 국가 및 지방자치단체 다. ~ 라. 생략 나. 관련ㆍ유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규) ○ 재경원 소비 46015-243, 1996. 08. 21. 사업자가 국가 또는 지방자치단체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받아 수탁(사업자)의 명의와 계산으로 사업을 하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 의 규정이 적용되지 아니하는 것임. 그러나 수탁자(사업자)의 명의와 계산으로 하지 아니하고 국가 또는 지방자치단체의 명의와 계산으로 하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제17조의 규정이 적용되는 것임. ○ 법인 46012-1546, 2000. 07. 11. 국가ㆍ지방자치단체가 재화 도는 용역을 공급하는 경우에도 법인세법시행령 제164조제1항 의 규정에 따라 계산서 등을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것이나, 국가ㆍ지방자치단체가 그 계산서 등을 교부하지 아니한 경우에도 같은법 제76조 제9항 및 같은법시행령 제120조 제2항의 규정에 의하여 계산서 미교부 가산세가 부과되지 아니하는 것임. ○ 부가 46015-16, 1998. 01. 07. 지방공기업법에 의하여 설립된 ○○시도시개발공사가 ○○시와 위탁대행계약을 체결하고 ‘매립장 및 그 부대시설’ (종합재활용센타)로 반입되는 건설 폐기물과 음식물쓰레기의 반입수수료 징수와 폐기물의 재활용 및 재활용품 판매 등을 관리ㆍ운영하는 위탁대행용역을 제공하고 ○○시로부터 대행사업비를 지급받는 경우에는 부가가치세법 제7조 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임.