50%이상을 양도하는 경우 공장의 지방이전 감면세액까지 추징하는지 여부

50%이상을 양도하는 경우 과세이연 받은 구 공장의 토지 등에 대한 양도소득세와 법인전환으로 적용 받은 양도가액 특례에 대한 양도소득세를 추징함.

[회신] 귀 질의 (1)경우 5년 이상 가동한 구 공장을 구 조세감면규제법 제71조의 규정에 의해 신 공장으로 이전하여 적법하게 과세 이연 받은 후 신 공장을 다시 구 조세감면규제법 제32조의 규정에 따라 적법하게 법인 전환하여 동 규정에 의해 이월과세하고, 법인전환으로 취득한 주식의 50%이상을 구 조세감면규제법 제71조 제2항 제3호 규정의 기한내에 양도하는 경우 당초 과세이연 받은 구 공장의 토지 등에 대한 양도소득세와 법인전환으로 적용 받은 양도가액 특례에 대한 양도소득세를 추징하는 것이며, 질의(2) 경우 법인전환에 대한 양도소득세를 추징하는 경우 양도가액특례 감면세액에 처분한 주식이 법인 설립 시 취득한 주식에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 추징하는 것이고, 질의(3) 경우 법인전환으로 취득한 주식이라 함은 개인사업의 법인전환에 따라 취득한 주식을 말하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 1988년부터 제조업을 하던 개인이 1994년 공장의 지방이전으로 양도소득세를 과세이연 받았고 그 후 1997년 현물출자에 의한 법인전환으로 양도가액특례 적용을 받았는바, (1) 법인전환으로 취득한 주식의 50%이상을 전환 후 5년이내에 양도하는 경우 법인전환에 대한 감면세액만 추징하는지 또는 공장의 지방이전 감면세액까지 추징하는지. (2) 추징세액 계산 시 양도가액 특례 감면세액은 어느것을 기준으로 하는지. (3) 법인전환으로 취득한 주식의 기준은. 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 구 조세감면규제법 제71조【5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세등의 감면】 ① 내국인이 5년이상 계속하여 가동한 공장(이하 이 조에서 “구공장” 이라 한다)을 새로운 공장(이하 이 조에서 “신공장” 이라 한다)으로 이전하기 위하여 토지 등을 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다. 1. 당해 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50 상당하는 세액을 감면하는 방법 2. 당해 토지 등의 양도에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라과세이연을 하는 방법 ② 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받거나 과세이연을 받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때 2. 신공장에서 사업을 개시한 후 3년이내에 당해 사업을 폐지한 때 3. 신공장에서 사업을 개시한 후 3년이내에 당해 공장을 처분한 때 ○ 구 조세감면규제법 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ① 제조업ㆍ광업ㆍ건설업 기타 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여 제31조 제1항의 규정을 준용하여 세액을 감면받거나 양도가액의 특례를 적용받을 수 있다. (1995. 12. 29 개정) ⑥ 거주자가 제1항의 규정에 의한 법인전환에 따라 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 전환후 5년이내에 처분한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 당해 거주자로부터 추징한다. (1993. 12. 31 개정) ○ 구 조세감면규제법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ⑤ 법 제32조 제5항 및 제6항의 규정에 의하여 추징할 세액은 다음 각호에 의하여 계산한다. (1994. 12. 31 항번개정) 3. 법 제32조 제6항의 규정에 해당하는 경우에는 감면세액 또는 양도가액특례 감면세액에 당해 처분한 주식 또는 출자지분이 법인설립시 취득한 주식 또는 출자지분에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액 ○ 구 조세감면규제법 제31조 【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세등의 감면】 ① 대통령령이 정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산” 이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인에게 양도하는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액을 감면받거나 양도가액의 특례를 적용받을 수 있다. (1993. 12. 31 개정) 1. 당해 사업용고정자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법 2. 당해 사업용고정자산의 양도가액을 장부가액으로 하거나 소득세법 제95조 제2항 ㆍ동법 제97조 및 동법 제103조에서 규정하는 금액을 합한 금액 또는 법인세법 제59조 의 2 제3항 각호의 금액을 합한 금액으로 하는 방법(이하 “양도가액 특례” 라 한다) (1994. 12. 22 개정 ; 소득세법 부칙) ○ 구 조세감면규제법 시행령 제28조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세등의 이월과세】 ④ 법 제31조 제1항 제2호의 규정에 의한 양도가액은 다음 각호에 의하여 계산한다. 1. 양도자가 개인인 경우에는 당해 사업용고정자산의 장부가액 또는 다음 각목의 금액을 합한 금액 가. 당해 사업용 고정자산에 대한 소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조의 금액을 합한 금액 (1995. 12. 30 개정) 나. 당해 사업용 고정자산에 대한 소득세법 제97조 의 규정에 의한 금액 (1995. 12. 30 개정) 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 재산46014-210,2001.02.27 【질의】본인은 조세특례제한법 제71조 에 따라 5년 이상 가동한 공장을 이전하여 중소제조업을 운영하고 있는 개인사업자임. 이전 전 공장에 대하여는 5년 이상 가동하였으므로 양도소득세 과세이연을 신청하였으며 이전 후 공장을 현물출자하여 법인으로 전환하고자 준비중이며, 법인전환시에도 이전후 공장에 대하여 이월과세신청을 하고자 함. 이 경우 과세이연받은 이전 전 공장의 양도소득세에 대하여 다음과 같은 의문이 있어 질의함. <갑설> 법인전환시 이월과세적용신청을 하게 되므로 과세이연받은 양도소득세는 과세되지 않고 양수한 법인이 양도시 특별부가세를 과세함. <을설> 법인전환시 과세이연받은 양도소득세를 과세함. 【회신】5년 이상 가동한 구공장을 조세특례제한법 제71조 의 규정에 따라 신공장으로 이전하여 구공장의 토지 등을 적법하게 과세이연받은 후, 신공장을 다시 동법 제32조의 규정에 따라 적법하게 법인전환하여 동 규정에 의한 이월과세신청을 하는 경우에, 당초 과세이연받은 구공장의 토지 등에 대하여는 조세특례제한법시행령 제68조 의 추징사유에 해당하지 아니하므로 양도소득세를 추징하지 않는 것이며, 법인 전환 후 당해 법인이 이를 양도하는 경우에 특별부가세를 과세하는 것임. ○ 재일46014-2170,1997.09.12 양도가액의 특례적용은 ‘장부가액’ 에 의하거나 ‘양도소득의 필요경비+양도소득기본공제+장기보유특별공제액’ 으로 하는 경우에 한하며 그 금액을 법인의 고정자산가액으로 계상 여부는 필수적 요건 아님 ○ 재산46014-91,1995.03.08 현물출자에 의하여 법인전환함에 따라 조세감면규제법 제32조 제1항 규정에 의하여 양도가액의 특례를 적용받고자 하는 경우에는 당해 사업용 고정자산의 양도가액을 장부가액으로 하거나, 소득세법 제23조 제2항 각호 및 동법 제45조에서 규정하는 금액을 합한 금액으로 하여 조세감면규제법 제32조 제4항의 규정에 의한 양도가액의 특례적용 신청을 하여야 하는 것임.