피합병법인이 특별부가세 과세대상자산이 있는 경우 고정자산처분손익 세무처리

법인이 합병으로 인하여 소멸되는 경우에 법인세법 제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 합병에 의하여 소유권이 이전되는 토지 등에 대하여 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 있는 것이며, 동 부동산의 양도차익에 대하여는 특별부가세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 법인이 합병으로 인하여 소멸되는 경우에 법인세법 제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 합병에 의하여 소유권이 이전되는 토지 등에 대하여 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 있는 것이며, 동 부동산의 양도차익에 대하여는 같은법 제99조 제11항 규정에 따라 특별부가세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 피합병법인의 합병기일인 사업연도 최종일에 합병등기를 하고 특별부가세는 이월과세 받고자 하는 경우 피합병법인의 법인세신고와 관련하여 - 피합병법인이 특별부가세 과세대상 자산이 있는 경우 각 사업연도소득에 해당하는 고정자산처분손익에 대한 세무처리 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 법인세법 제99조 【과세표준】 ⑪ 합병(제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ법인의 분할(제46조 제1항 각호 및 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 소유권이 이전되거나 도시개발법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세 또는 과세이연을 적용받을 수 있다. ○ 법인세법 제44조 【합병평가차익상당액의 손금산입】 ① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. 1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것 2. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것 ○ 부 칙 (1998. 12. 28 법률 제5581호) 제1조 【시행일】 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, (이하생략) 제2조 【일반적 적용례】 이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용한다. 다만, (중간생략) 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. ○ 법인세법 제80조 【합병에 의한 청산소득금액의 계산】 ① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 “합병에 의한 청산소득”이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다. ○ 법인세법시행령 제122조 【합병에 의한 청산소득금액의 계산】 ① 법 제80조 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액은 다음 각호의 금액을 합한 금액으로 한다. 1. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액 2. 법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액 3. 합병법인이 납부하는 다음 각목의 1에 해당하는 금액의 합계액 가. 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세 나. 지방세법에 의하여 가목의 법인세에 부과되는 주민세 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 법인46012-3126, (1999.08.16) 법인이 합병으로 인하여 소멸하는 경우에 법인세법 제4조 제1항 각호의 요건을 갖춘 합병에 의하여 소유권이 이전되는 토지 등의 양도차익에 대하여는 같은법 시행령 제140조 제10항 규정에 따라 특별부가세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것임.