비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 질의

귀 질의의 경우 법률적용시 해석상의 문제가 아니라 부동산 매각에 따른 애로사항에 대한 것이므로 붙임과 같이 관련규정을 보내드리니 참고하시기 바람.

[회신] 귀 질의의 경우 법률적용시 해석상의 문제가 아니라 부동산 매각에 따른 애로사항에 대한 것이므로 붙임과 같이 관련규정을 보내드리니 참고하시기 바랍니다. 1. 질의내용 요약 질의 1) 부동산(토지)을 증여(1994.10.7)받은 사회복지법인이 동 부동산을 매각하려 하는 데 공시지가보다 감정가액이 현저히 낮은 바, 이를 양도시 세무문제 질의 2) 다른 필지의 토지도 매각하려 하였으나 IMF 에 의해 부동산 가격이 하락하여 해약된 부동산을 매각하지 못한 경우 이에 대한 방향을 제시 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 법인세법 제99조 【과세표준】 ① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 ″토지 등″이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. 1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) ② 제1항에서 ″양도″라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 상속세및증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. ③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. 1. 취득가액. 다만, 상속세및증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지 등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. 2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 ○ 법인세법시행령 제140조 【특별부가세의 과세표준계산】 ③ 법 제99조 제3항 제1호 단서에서 ″대통령령이 정하는 토지 등″이라 함은 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 사업(의료업 외에 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 토지 등을 제외한다. 1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업 2. 행정관청으로부터 허가ㆍ인가 등을 받은 경우에는 그 허가ㆍ인가 등을 받은 사업 3. 제1호 또는 제2호 외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업 ④ 상속세및증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. ⑤ 소득세법시행령 제162조 의 규정은 법 제99조 제6항의 취득시기 및 양도시기에 관하여 이를 준용한다. ○ 법인세법 제102조 【신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수】 ① 제99조의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 토지 등의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 청산소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 기타의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. ② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. ○ 법인세법 제103조 【비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득(이하 ″부동산 등 양도소득″이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산 등 양도소득에 대하여는 제99조 및 제101조의 규정에 불구하고 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다. ○ 법인세법 제104조 【비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고 등】 ① 비영리내국법인이 제103조 제2항의 규정에 의하여 계산한 특별부가세는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정에 의하여 양도소득과세표준예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. ② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. ○ 조세특례제한법 제82조 【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】 ① 2003년 12월 31일 이전에 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다. 1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등 ② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 그 고유목적사업에 사용하지 아니한 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 특별부가세로 납부하여야 한다. ○ 조세특례제한법시행령 제77조 【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】 ① 법 제82조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다.