학교부지를 양도하고 양도대금으로 교사를 신축하는 경우 특별부가세 감면여부

사립학교법에 의해 설립된 학교법인이 기본재산인 토지 등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날로부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우, 세액면제신청서를 제출하는 때 특별부가세를 면제하는 것임.

[회신] 사립학교법에 의해 설립된 학교법인이 기본재산인 토지 등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날로부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우 조세특례제한법시행령 제76조 제4항의 규정에 의해 세액면제신청서를 제출하는 때 특별부가세를 면제하는 것이나 같은 조문 제2항에 해당되어 면제받은 세액을 납부하는 때에는 면제받은 세액에 같은조 같은항에 해당하는 금액이 토지 등의 양도가액에서 차지하는 비율을 계산한 금액을 납부세액으로 하되, 같은법 제33조 제4항을 준용하여 계산한 이자상당가산액을 가산하여 특별부가세로 납부하여야 하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 학교법인이 구 학교부지를 양도하고 그 양도대금으로 교사를 신축하고자 하는 경우 특별부가세 감면 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제81조 【학교법인의 토지등에 대한 특별부가세의 면제】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 2003년 12월 31일 이전에 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다. (2000. 12. 29 개정) 1. 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득 (1998. 12. 28 개정) ② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 학교법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 교육사업에 사용하지 아니하거나 수익용재산을 취득하지 아니한 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 특별부가세로 납부하여야 한다. (2000. 12. 29 개정) ③ 제1항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제33조 제4항의 규정을 준용한다. (2000. 12. 29 개정) ④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정) ○ 조세특례제한법시행령 제76조 【학교법인의 토지등에 대한 특별부가세의 면제】 ① 법 제81조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다. (1998. 12. 31 개정) 1. 교육사업에 직접 사용되는 토지등을 먼저 취득한 경우에는 그 취득한 날부터 2년 이내에 기본재산인 토지등을 양도하는 경우 (1998. 12. 31 개정) 2. 기본재산인 토지등을 먼저 양도하는 경우에는 양도대금을 그 양도한 날부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우 (1998. 12. 31 개정) 3. 법 제81조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날부터 1년 이내에 재정경제부령이 정하는 수익용재산 (이하 이 조에서 “수익용재산” 이라 한다)의 취득에 사용하는 경우 (1998. 12. 31 개정) ② 법 제81조 제2항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 납부하여야 하는 경우는 다음과 같다. (2000. 12. 29 개정) 1. 제1항 제1호의 규정에 의하여 기본재산인 토지등을 양도하지 아니하는 경우 (1998. 12. 31 개정) 2. 양도대금을 교육사업외의 목적에 사용하거나 제1항 제2호의 규정에 의하여 교육사업에 사용하지 아니한 경우. 다만, 부득이한 사유로 인하여 3년 이내에 사용할 수 없는 경우로서 1차에 한하여 3년을 넘지 아니하는 범위 안에서 납세지 관할세무서장의 사용기한연장승인을 얻은 경우를 제외한다. (1998. 12. 31 개정) 3. 양도대금을 제1항 제3호의 규정에 의하여 수익용재산의 취득에 사용하지 아니하거나 취득한 수익용재산을 그 취득일부터 3년 이내에 처분한 경우. 다만, 그 수익용재산의 처분금액을 그 취득일부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우를 제외한다. (1998. 12. 31 개정) ③ 법 제81조 제2항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 면제세액에 제2항 각 호 본문에 해당하는 금액이 토지 등의 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. (2000. 12. 29 개정) 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 법인46012-1250, (2000.05.29) 학교법인이 1985. 12. 31 이전에 취득한 토지 등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날로부터 1년 이내에 수익용재산을 취득하는 경우에는 조세특례제한법 제81조 의 규정에 의한 특별부가세의 감면을 적용받을 수 있는 것으로 이 경우 수익용재산에는 이자소득이 발생하는 금융재산이 포함되는 것이며, 수익용재산을 그 취득일로부터 3년 이내에 처분한 경우에는 면제받은 세액을 추징하는 것이나 수익용재산의 처분금액을 그 취득일로부터 3년 이내에 교육사업에 사용한 경우에는 추징사유에서 제외하는 것임. ○ 법인46012-1245, (1998.05.13) 사립학교법인에 의하여 설립된 학교법인이 1985. 12. 31 이전에 취득한 교육사업용 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도한 대금으로 새로이 교육사업용 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도한 대금으로 새로이 교육사업용 토지 등을 취득하고 잔여금액을 조세특례제한법시행규칙 제32조 제1항 제1호 의 규정에 의한 수익용재산을 취득한 경우에는 같은법 제81조 제1항의 규정에 의한 특별부가세를 면제받을 수 없는 것임.