이월결손금으로 인해 세액공제를 적용 받지 못한 경우 중소제조업 특별세액감면 중복적용배제 규정 적용 여부

중소제조업을 영위하는 내국법인이 중소기업투자세액공제 또는 임시투자세액공제신청서를 제출하였으나 동 세액공제를 받지 못한 경우 이는 감면을 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우에 해당하지 아니하여 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있음

[회신] 중소제조업을 영위하는 내국법인이 1994 사업연도에 조세감면규제법 제5조 및 제27조의 규정에 의한 중소기업투자세액공제 또는 임시투자세액공제신청서를 제출하였으나 1996 사업연도 과세표준신고시까지 실제로 동 세액공제를 받지 아니하고 조세감면규제법(1996. 12. 30 개정전) 제7조 제1항 각호의 규정에 의한 다른 감면을 받지 아니한 경우에는 동법 동조 제1항 본문 단서의 “감면을 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우”에 해당하지 아니하여 동조 동항의 규정에 의한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있음 1. 질의내용 요약 당사는 중소제조업을 영위하는 법인으로서, 1994사업연도(1994. 1. 1∼1994. 12. 31) 법인세 신고시 이월결손금으로 인하여 실제로 감면을 받지 못할 형편이었으나 조세감면규제법 제121조의 규정에 의거 이월공제를 받을 목적으로 중소투자세액공제와 임시투자세액공제(이하 “세액공제”라 칭함) 신청서를 제출하였음. 이러한 상황에서 1996사업연도(1996. 1. 1∼1996. 12. 31)에 당기순이익이 발생하여 과거연도에 투자세액공제를 받은 바가 없기 때문에 기왕에 신청하였던 세액공제와 중소제조업특별세액감면을 비교하여 효과가 큰 중소제조업특별세액감면을 신청을 하였음. 이러한 경우, 조세감면규제법(법률 제4806호로 개정되기 전의 것) 제7조 본문 단서, “중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제규정” 즉, “다만, 1994년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세연도 및 그 이후의 각 사업연도에 있어서 다음 각 호의 감면을 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우에는 그러하지 아니한다”의 규정의 해석에 있어 실제 감면을 받은 경우가 없이 단순히 신고서 제출행위가 위의 “감면을 적용받은 사실이 있는 경우”에 포함되는 지에 대하여 의문점이 있어 질의함. 〈갑설〉 이 경우 “중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제”규정이 적용됨. （이유） 세액공제의 적용시기 판단은 실제 감면여부에 불구하고 세액공제 신청서를 제출한 사업연도를 기준으로 하는 것이기 때문에, 세액공제 신청서를 제출한 사업연도에 세액공제를 적용받은 것으로 봄. 〈을설〉 이 경우 “중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제”규정이 적용되지 않음. （이유） 첫째, 감면을 적용받은 사실이 있는 경우라 함은 실제 감면을 받은 경우를 의미하므로 1994년도에는 세액공제신청서를 제출했지만 실제로 세액공제를 적용하여 산출세액에서 차감하여 신고하지 않았으므로 감면을 적용받은 사실이 있는 경우에 해당되지 않음. 둘째, 조세감면규제법 제123조에 의하여 세액공제의 필수적 요건이 되는 기업합리화적립금을 적립할 때, 세액공제신청서 제출시기를 기준으로 하는 것이 아니고 실제로 세액감면 등을 받을 때 적립하는 것이므로 실제로 법인세 감면 등을 받지 않은 경우에는 “중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제”규정에 해당되지 않음. 질의자 의견) 을설이 타당하다고 봄. （이유） 조세감면규제법 제118조(최저한세) 제1항의 내용 중 “다음 각 호에 규정된 감면 등을 적용받은 후”에서는 실제 감면 등을 받은 것을 기준으로 최저한세 규정을 적용하는 것이 명백함으로, 중소제조업 특별세액감면상의 감면을 적용받은 사실이 있는 경우에서도 동일하게 실제 감면을 기준으로 판단하는 것이 논리적이며, 신청시점을 적용받은 것으로 판단한다면 이 또한 동일한 조세감면규제법에서 적용의 개념을 법조문에 따라 임의적으로 상이하게 해석하는 것이 되므로 납세의무자의 법적안정성을 크게 해치게 될 것임. 결손발생시 어려움을 극복하기 위하여 투자세액공제대상 사업용 자산에 투자하는 경우에는 당연히 과세표준금액이 발생하지 않아 중소제조업특별감면을 받을 여지가 없는 상태에서 기업에서는 또한 가까운 미래의 이익을 예측하기 어려워 조세감면규제법 제121조의 규정에 의거 이월공제가 허용된 사업용 고정자산에 관한 투자세액공제를 신청하는 것이 기업으로서는 유일한 선택임을 고려할 때 세액공제 신청시기를 감면을 적용받은 사실이 있는 경우로 해석하는 것은 기업의 현실을 무시하고 너무 엄격한 문언적 해석으로 판단됨. 그리고 중소제조업 특별세액감면의 입법취지는 경제적으로 어려움을 겪고 있는 중소제조업을 감안하여 법인세를 감면해 줌으로써 기술인력개발 및 설비투자 등이 원활히 이루어질 수 있도록 하기 위함이고, “중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제” 규정의 입법취지는 과도한 세액감면을 방지하기 위함이 입법취지임에 비추어, 위의 경우와 같이 실제로 세액공제를 받은 사실이 없는 경우에도 감면을 적용받은 사실이 있는 경우로 해석하는 것은 중소제조업 특별감면의 입법취지와 중복적용배제의 입법취지와 배치되는 것으로 판단됨. 또한 이런 논란을 없애고 전체적으로 최저한세규정을 적용하여 전체적으로 과도한 감면 등을 규제하는 하는 방향으로 1996년 12월 31일 법률 제5195호에 의거 단서배제규정인 “중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제규정”이 삭제됨으로써 중복적용이 가능하게 되었음. 따라서 실제로 세액감면된 시점을 기점으로 하여 최저한세규정이 적용되는 것을 볼 때 중소제조업특별감면의 단서조항도 실제로 세액감면을 받은 시점을 세법상 적용시기로 판단하여야 한다고 보임. 또한 재경원 국조 46017-66, 1996. 4. 17에 의하면 [외자도입법 제14조의 법인세 등의 감면대상에 해당하여 재정경제원장관의 감면결정통지를 받은 법인이 실제 외자도입법 제14조에서 규정하는 조세감면을 받지 아니한 경우에는 조세감면규제법 제117조 제 5항에서 규정하는 “외자도입법에 의하여 소득세법 또는 법인세를 감면하는 경우”에 해당되지 않으므로 조세감면규제법 제 25조에 해당하는 세액공제를 전액 받을 수 있습니다]라고 하여 법적용에 있어서 감면의 신청 또는 감면결정 통지가 감면의 적용이 이미 이루어진 것이 아니고 실제감면의 행위가 존재하여야 감면의 충분조건을 만족시켜 비로서 감면이 적용되었다고 명백히 선언하고 있음. 따라서 비록 감면신청을 하였으나 실제 감면을 받지 않은 경우에는 기존의 감면의 신청 또는 감면경정통지에 관계없이 납세자의 선택에 의하여 유리한 세법적용을 할 수 있다는 해석으로 중소제조업 특별세액감면의 단서조항도 동일한 취지로 해석되어야 한다고 판단됨. 즉, 세액공제를 신청하였으나 해당 연도에 과세소득이 없어 이월공제가 되는 경우에는 실제 세액공제를 받지 않은 경우이므로 감면을 적용받은 사실이 있는 경우에 해당되지 않아 1996년도에 이월된 세액공제와 중소제조업 특별세액감면을 비교하여 효과가 큰 중소제조업 특별세액감면을 선택(이때 이월공제 된 세액공제는 세액공제액의 이월공제의 적용조건 중 납부할 세액이 없는 경우에 해당되지 않으므로 이월공제 되지 않고 소멸될 것으로 판단됨)하는 것은 타당한 법적용으로 재경원 국조 46017-66, 1996. 4. 17의 법적용의 해석취지와도 일치할 것임. 따라서 1994년과 1995년에 과세소득이 없어 세액공제가 1996년으로 이월되는 경우 1996년도 이전에는 감면을 적용받은 사실이 없으므로 1996년에 공제대상이 된 세액공제와 중소제조업 특별세액감면을 비교하여 감면효과가 큰 중소제조업특별세액감면을 적용하는 것은 타당한 법적용이라고 판단됨.