세무조사로 손금부인된 금액의 부과제척기간이 경과된 경우 과세관청의 경정가능 및 손금추인 여부

세무조사시 조사대상 사업연도의 손금귀속연도가 잘못되어 손금부인한 경우에는 부인된 손금의 귀속사업연도는 부과제척기간이 만료된 경우에는 경정할 수 없고 손금 추인 여부는 사실판단 사항임

[회신] 세무조사시 조사대상 사업연도의 손금귀속연도가 잘못되어 당초 손금계상한 것을 부인하였으나, 부인된 손금의 귀속사업연도가 부과제척기간이 만료한 때에는 국세기본법 제26조의 2 제1항에 따라 과세관청은 과세표준과 세액을 경정할 수 없는 것임. 다만, 국세기본법 제15조의 규정에 의한 신의성실의 원칙을 적용하여 손금추인할 수 있는지 여부는 과세관청이 사실판단할 사항임. 1. 질의내용 요약 1. 과세경위 갑법인은 1989∼1993사업연도에 발생한 공사미수금을 1997사업연도에 대손금으로 손금산입하여 신고조정하였으나 2001년 11월 세무조사시 동 대손금의 법인세법상 손금 귀속시기는 1989∼1993사업연도라 하여 손금부인하고 법인세를 과세함. 2. 질 의 세무조사시 조사대상 사업연도의 손금귀속연도가 잘못된 것을 발견하고 법인이 손금으로 계상한 것을 부인한 경우 부인한 손금의 정당한 귀속연도가 조사시점에서 부과제척기간이 경과되었을 경우에 대하여 가. 부과제척기간의 경과로 손금추인이 어려우므로 당초 법인이 신고조정으로 손금산입한 것을 인정할 수 있는지 여부 〈제1안〉 인정할 수 없음. （이유） 쟁점대손금은 채권발생일로부터 3년이 경과한 1993. 12. 31 이전에 그 청구권이 모두 소멸되었으므로 1997사업연도 소득금액 계산상 이를 손금에 산입할 수 없고 1989∼1993사업연도는 국세기본법 제26조 의 2 제1항 규정에 의거 국세부과제척기간이 만료된 때에는 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)도 할 수 없다고 판단됨. 〈제2안〉 인정할 수 있음. （이유） 1989∼1993귀속 사업연도에 손금으로 계상하여야 할 것을 1997사업연도에 신고조정사항으로 손금계상한 것은 소득금액의 임의조정으로 조세를 부당히 감소시킬 목적으로 이루어진 것이 아닌 이상, 부과제척기간 경과 후에는 기간손익을 다시 계산하지 않고 당초 신고내용을 인정하는 것이 과세의 합목적성과 과세형평상 합당하다 할 것임. 나. 판결 및 심사·심판결정에 따라 부과제척기간의 경과와 관계없이 손금추인이 가능한지 여부 〈제1안〉 손금추인 불가능 （이유） 질의 가. 의 〈제1안〉과 동일 〈제2안〉 손금추인 가능 （이유） 국세기본법 제26조 의 2 제1항 「국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다」라는 규정은 납세자에게 부담을 부과하는 경우에만 적용되고 납세자의 부담을 경감시키는 경우까지 적용하여 납세자에 대한 국가의 지급채무를 소멸시킬 수 있는 것으로 확대 해석할 것은 아닌 것이므로 쟁점대손금을 법인세법상 손금귀속연도인 1989∼1993사업연도의 손금으로 추인가능함.