연구및인력개발준비금을 결손보전한 경우 적립금의 기한전 처분으로 보는지 여부

연구및인력개발금준비금을 손금계상 및 이익처분으로 적립 후 동 준비금을 기한내 결손에 보전한 경우에는 법인세법상 적립금의 기한전 처분으로 보지 아니하며, 처분가능이익이 발생한 경우 미환급준비금 상당액을 재적립하지 아니하는 것임

[회신] 「조세특례제한법」 제9조에 따른 연구 및 인력개발준비금을 「법인세법」 제61조에 따라 손금에 산입하고 당해 사업연도의 이익처분시 당해 준비금의 적립금을 적립한 법인이 「조세특례제한법」 제9조 제2항 제1호에 따라 익금에 산입하기 전에 당해 적립금을 결손에 보전한 경우에는 「법인세법 시행령」 제98조 제1항에 따른 적립금의 기한전 처분으로 보지 아니하는 것이며 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 「조세특례제한법 시행령」 제8조 제3항에 따른 연구 및 인력개발비용에 전액 사용한 경우에는 결손금 보전이후 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 처분가능이익이 발생한 경우에도 미환급 준비금상당액을 재적립하지 아니하는 것임. 1. 질의내용 요약 (사실관계) ｏ 당해 법인은 영리내국법인(주권상장법인)으로 1999년 사업연도 및 2000년 사업연도에 조세특례제한법 제9조 제1항 및 법인세법 제61조 제1항 의 규정에 의거 연구 및 인력개발준비금(1999년 : 15억원, 2000년 : 12억원)을 당해 사업연도의 이익처분시 적립금으로 적립하고 신고조정에 의하여 손금산입하였고, - 조세특례제한법 시행령 제8조 제3항 의 규정에 해당하는 연구 및 인력개발비등으로 2000년, 2001년 및 2002년에 적정하게 사용하였음. ｏ 한편, 당해 법인은 2001년 및 2002년 결손이 발생하여 당초 이익처분으로 적립한 준비금 27억원을 2001년 결손금처리시 기업회계기준에 의거 결손금에 보전하였으며 연구 및 인력개발준비금에 상당하는 금액을 연구 및 인력개발비 등으로 적정하게 사용한 이후인 2003년 배당가능이익이 발생하였으나 추가로 준비금은 재적립하지 아니하고 조세특례제한법 제9조 제2항 에서 규정하는 사업연도에 익금산입하였음. ｏ 상기 사실관계를 표로 요약하면 다음과 같음. | 사업연도 | 준비금 설정액 | 익금산입(환입) | | 1999년 | 2000년 | 2001년 | 2002년 | 2003년 | 2004년 | 2005년 | | 1999년 | 15억 | | | | 5억 | 5억 | 5억 | | | 2000년 | 12억 | | | | | 4억 | 4억 | 4억 | | 합 계 | 27억 | | | | 5억 | 9억 | 9억 | 4억 | | 적립금잔액 | | 15억 | 27억 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | | 결손보전 | | | | 27억 | | | | | | 배당가능이익 | | | | 결손 | 결손 | 30억 | 30억 | 30억 | (질의내용) ｏ 상기 사실관계와 같은 상황에 대한 세무처리 등에 대하여 다음과 같이 이견이 있어 질의함. (질의1) □ 당초 이익처분으로 적립한 연구 및 인력개발준비금을 결손발생으로 기업회계기준에 의거 결손금에 보전한 후 그 후 최초로 처분가능이익이 발생한 사업연도의 이익처분시 동 준비금에 상당하는 적립금을 다시 적립하지 아니한 경우 ｏ 법인세법 시행령 제98조 제1항 후단 조항에 의하여 당초 손금으로 계상한 것으로 보지 아니하는지 여부 〈갑설〉 결손금에 보전한 후 처분가능이익이 발생하였음에도 적립금을 재적립하지 아니한 것은 손금에 산입한 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에 해당하므로 조세특례제한법 제9조 제2항 의 규정에 의한 익금산입 사업연도가 도래하지 아니한 적립금 상당액은 법인세법 시행령 제98조 제1항 후단 조항에 의하여 당초 손금으로 계상한 것으로 보지 아니하는 것임. 〈을설〉 결손금에 보전한 후 처분가능이익이 발생하였음에도 적립금을 재적립하지 아니한 것은 손금에 산입한 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에 해당하지 아니하므로 조세특례제한법 제9조 제2항 의 규정에 의한 익금산입 사업연도가 도래하지 아니한 적립금상당액에 대하여 법인세법 시행령 제98조 제1항 후단 조항을 적용하지 아니함. (질의2) □ (질의1)에 대하여 〈갑설〉이 타당한 경우 당해 법인에 대하여는 1999년 및 2000년 사업연도의 손금산입을 부인하고 당해 법인이 준비금환입으로 익금산입한 2003년, 2004년, 2005년 사업연도에 익금불산입을 함에 있어 1999년 및 2000년 사업연도의 추가납부 세액과 관련하여 가산세를 적용할 수 있는지 여부 〈갑설〉 가산세는 의무불이행에 대한 행정상의 제재로서, 납세자에 대한 귀책사유가 없다고 인정되는 경우에 해당하므로 가산세를 적용할 수 없음. 〈을설〉 결손보전 이후 처분가능이익이 발생한 사업연도의 다음 사업연도부터 재적립을 못한 부분에 한해서만 재적립을 못한 연도부터 가산세를 적용하여야 하는 것임. 〈병설〉 당초 준비금을 손금계상한 1999년, 2000년부터 소급 적용하여 가산세를 적용함.