금융지주회사의 자회사로 편입되기 전 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로 얻은 이익의 과세특례 적용 여부

은행이 금융지주회사의 자회사로 편입후 비상장법인이 된 경우, 종업원 등이 편입되기 전에 부여받은 주식매수선택권의 행사방법을 변경하여 행사 당시 금융지주회사 주식의 시가를 기준으로 차액을 보상받음에 따라 얻는 이익에 대하여는 과세특례가 적용되지 아니함.

[회신] 주권상장법인인 은행이 금융지주회사의 자회사로 편입되면서 비상장법인이 된 경우로서 동 법인의 종업원 등이 금융지주회사의 자회사로 편입되기 전에 부여받은 주식매수선택권의 행사방법을 변경하여 행사 당시의 금융지주회사 주식의 시가를 기준으로 차액을 보상받음에 따라 얻는 이익에 대해서는 조세특례제한법 제15조의 과세특례가 적용되지 아니하는 것임. 1. 질의내용 요약 (주)○○은행(이하 “은행”이라 함)은 증권거래소 상장법인으로서 당초 조세특례제한법 제15조 에서 정한 요건에 부합되는 조건으로 주식매수선택권을 부여한 바 있으나, 2005년 12월 금융지주회사법에 의한 금융지주회사내 자회사로 편입되었고(편입시 당행의 기존주주가 소유한 주식과 지주회사의 주식 교환비율은 1:1임) 은행은 상장폐지되고 금융지주회사가 증권거래소에 상장되었음. 은행이 금융지주회사내 비상장 자회사로 편입됨에 따라, 은행의 종업원 등이 금융지주회사의 자회사 편입 전 은행으로부터 부여받은 주식매수선택권(주식교부ㆍ차액보상선택가능조건임)은 행사당시의 상장된 금융지주회사 주식의 시가를 기준으로 매수액과의 차액을 현금 보상하는 방법으로 주식매수선택권계약서의 내용 중 일부를 변경 운영하고 있음. 동 변경된 계약내용에 따라 금융지주회사 전환 후 종업원등이 주식매수선택권을 행사하는 경우 소득세 등 비과세적용 여부에 대하여 질의함.