대도시공장의 지방이전시 구공장 일부를 나대지로 임대하고 잔여공장 양도시 양도차익에 대한 감면세액계산

대도시공장의 지방이전시 일부를 멸실 후 나대지 상태에서 타인에게 임대하고 잔여공장을 독립적으로 가동중 양도하고, 지방이전시 잔여공장 양도가액을 이전전 공장 양도가액으로 하여 특별부가세 면제세액을 계산함

[회신] 1. 내국법인이 대도시공장을 1998. 12. 31까지 지방으로 이전하는 경우 구조세감면규제법(1993. 12. 31 법률 제4666호로 개정된 것) 부칙 제16조 제7항(1995. 12. 29 법률 제5038호로 개정된 것)의 규정에 의하여 공장양도차익에 대한 법인세 및 특별부가세를 면제함. 이 경우 면제세액은 면제대상 소득에 대한 산출세액에 이전후공장의 장부가액이 이전전공장 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하는 것임. 2. 대도시공장 중 일부를 멸실후 나대지 상태에서 타인에게 임대하고 잔여 공장을 독립적으로 가동중에 당해 잔여공장을 양도하고 지방으로 이전하는 경우에는 잔여 공장 양도가액을 이전전 공장 양도가액으로 하여 특별부가세 면제세액을 계산하는 것임. 1. 질의내용 요약 국세청 해석(국세청 법인 46012-2687, 1997. 10. 18)에 대한 재질의 [공장을 축소하여 일부를 나대지상태로 임대후 축소하여 운영하던 독립된 공장을 양도한 경우 감면세액계산 산식의 구공장가액에 임대용 나대지가액을 포함하여 감면률 축소시킬 것인지 여부] 본인은 경기도 부천시내에서 8년 이상 공장을 경영하던 중소기업 경리로 공장을 지방으로 이전하여 구 조감법 제42조의 규정을 적용받아 특별부가세를 감면받은 바국세청 회신과 같이 임대에 공하여 비업무용 여부를 가리겠다는 나대지를 임대 전에 공장용으로 사용한 때가 있다하여 이를 일부의 양도하지 아니한 구공장으로 보아 그 나대지 가액을 감면세액계산 산식의 분모의 구공장가액에 넣어 감면율을 축소시켜 당초 감면세액을 추징한다면 아래와 같은 모순이 발생한다고 봄. · 특별부가세의 산출세액 자체가 양도하지 아니한 임대용 나대지를 제외한 것으로 이미 임대부분은 감면대상 산출세액에서 제외되어 있음에도 감면산식에서 감면율을 다시 한 번 축소시키는 모순이 발생하며 · 공장을 지방으로 이전하면서 만약 임대용 나대지까지 모두 양도하였더라면 세무관서에서는 분명히 임대에 공하던 토지에 대한 산출세액 자체를 당초 감면대상이 아니라고 감면대상 산출세액에서 제외하였을 것이며, · 만약 우리 법인과 같은 경우로서 그 임대기간이 2년 또는 3년 정도 상당기간 전의 일이라 해도 과거에 공장용으로 사용하였던 때가 있다는 이유만으로 독립된 공장의 지방이전에 대하여 2∼3년 전에 공장으로 사용했던 양도시점의 비업무용 임대용 나대지가액을 구공장으로 보아 구공장가액에 합산하여 독립된 공장의 양도에 대한 감면액을 100％ 받지 못하도록 감면율을 축소하게 됨.