사립학교법에 의하여 설립한 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도하는 경우로서 그 양도대금을 기본재산을 양도한 날부터 3년내 교육사업에 사용하는 경우에는 특별부가세를 면제함.
전 문
[회신]
사립학교법에 의하여 설립한 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도하는 경우로서 그 양도대금을 기본재산을 양도한 날부터 3년내 교육사업에 사용하는 경우에는 조세감면규제법 제73조의 규정에 의하여 특별부가세를 면제함. 이 경우 그 양도대금을 사립학교법시행령 제13조 제2항 각호에 규정하는 세출항목에 사용하는 경우에는 교육사업에 사용한 것으로 보는 것이나 귀 사례의 경우와 같은 위약금 및 지연이자는 이에 해당하지 아니하는 것임.
1. 질의내용 요약
본교는 학교법인 ○○학원이 교육사업을 영위하기 위하여 1946. 10. 15 설립한 ○○여자중·고등학교로서 강남구 ○○동 938-10 소재 학교부지를 강남구 ××동으로 이전하기 위하여 1984년부터 1986년까지 이전 작업을 벌였으나 이전 예정지가 군사시설문제로 학교부지로 도시계획변경이 이루어질 수 없어 이전에 실패하였음. 그러나 수차에 걸친 학교부지 이전 매매계약 해약과 이전 예정지 매매계약 해약으로 위약금과 지연이자가 발생하게 되어 교비회계의 자금으로 변제하지 못하다가 학교법인의 기본재산이 국가에 수용되어 지급받게 될 보상금에서 법원의 전부명령으로 변제하였음. 이 경우 조세감면규제법 제73조(학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세 면제)에서 규정하는 교육사업에 사용된 자금인지의 여부에 대하여 1997. 11. 29에 재정경제원 세제실에 질의한 바 있음. 재정경제원으로부터 동 질의를 1997. 12. 4에 국세청으로 이첩하였고 국세청장의 답변에 이의가 있을 경우 재정경제원장관이 답변하도록 한다는 통보를 받았음. 또한 국세청장으로부터 1997. 12. 15자 공문 회신에 의하면 법인회계에서 교비회계로 전출되어 지출되지 않았으므로 동 지출이
사립학교법시행령 제13조 제2항 제4호
에서 규정하는‘교비회계의 세출에 충당하기 위한 차입금의 상환원리금에 해당하지 않는다’라고 해석하고, 조세감면규제법 제73조에서 규정하는 교육사업에 사용된 자금이 아니라는 회신을 받았음.
그러나 국세청장의 회신에 대하여 본교로서는 다음과 같은 점에 있어 이의가 있으므로 재정경제원장관의 재심을 의뢰하는 바임.
첫째 : 학교법인의 기본재산은
사립학교법시행령 제11조
및 제12조의 규정에 의거 어떠한 경우에도 처분과 사용에 있어 관할 교육청의 허가를 받아야 하므로 기본재산의 처분과 사용에 있어 교육사업 이외의 목적이 개재될 수 없음. 따라서 기본재산의 처분은 특별부가세 면제에 해당되어야 함.
둘째 : 학교이전과 관련하여 발생된 위약금과 지연이자는 발생 원인 자체가 학교이전이라는 교육사업에서 발생한 것이므로 교비회계의 세출에 속하는 항목임.
셋째 : 교비회계에서 발생한 차입금을 학교의 기본 재산이 국가에 수용되어 지급받게 될 보상금에서 법원의 전부명령으로 변제하였을 경우 법인회계에서 교비회계로 자동 전출된 것으로 보아야 함. 즉, 학교 기본재산의 국가 수용으로 조성된 자금이 교비회계에 전출도 되기 전에 법원의 사전 전보조치로 교비회계의 차입금 상환에 충당하였으므로 자금이 법인회계에서 교비회계로 실질적으로 전출된 것임.
넷째 : 세출이 교비회계에 속하는 항목인 이상 이는 조세감면규제법 제73조에서 규정하는 교육사업에 사용된 자금으로 사료됨.