양도차익을 실지거래가액으로 산정하는 경우 공제받지 못한 매입세액의 처리방법

양도차익을 실지거래가액으로 산정하는 경우에 자산의 취득과 관련하여 부담한 부가가치세 중 부가가치세법 규정에 의하여 공제받지 못한 매입세액은 양도가액에서 공제되는 필요경비에 해당함.

[회신] 양도차익을 실지거래가액으로 산정하는 경우에 자산의 취득과 관련하여 부담한 부가가치세 중 부가가치세법 규정에 의하여 공제받지 못한 매입세액은 양도가액에서 공제되는 필요경비에 해당함. 1. 질의내용 요약 ○ 본인은 과세특례자 사업자등록을 하고 부동산임대업(년간임대소득 12백만원)을 하던 중 본인이 1986.09.02 매입하여 소유하고 있던 토지에 1993.06.09 연면적1447평미터의 근린생활시설(1295평방미터) 및 주택(152평방미터)을 건설업자에게 도급을 주어 착공하면서 부가가치세사업자등록과 관련한 별도의 조치를 취하지 않은 상태에서 총 공사대금 6억원과 이에 대한 부가가치세 6천만원을 지급하고 부가가치세금계산서는 상기의 과세특례자로 된 사업자등록번호로 교부 받아 부가가치세 매입세액공제에 대하여 세무상담한 결과, 과세특례자로 부가가치세법상의 사업자등록을 하였기 때문에 매입세액을 공제받을 수 없다는 사실을 알고 부가가치세매입세액공제를 받지 못하였습니다. ○ 이와 같은 상황에서 부득이한 사유로 상기건물을 1995.10.28 양도하고 양도소득세를 실지거래가액으로 신고,납부코자함에 있어, 건물취득가액을 부가가치세를 포함한 6억6천만원으로 하여야 하는 지 아니면 부가가치세를 제외한 6억원으로 하여야 하는지 의문이 있어 질의합니다. ○ 참고로 상기건물은 과세특례배제기준에 해당하며 본인은 최근 몇 년간 양도한 부동산은 상기건물 뿐입니다.