제조업 등 영위 거주자가 사업용 자산을 현물 출자하여 법인 설립 시 양도소득세가 면제되는지 여부

제조업, 광업, 건설업, 운수업, 수산업을 영위하는 거주자가 사업장별로 사업용 자산을 현물 출자하여 법인을 설립하는 경우에는 조세감면규제법상 요건을 갖추는 경우에 한하여 양도소득세가 면제되는 것임

[회신] 1. 제조업, 광업, 건설업, 운수업, 수산업을 영위하는 거주자가 사업장별(사업장별 통합포함)로 사업용 자산을 현물출자하여 법인을 설립하는 경우에는 조세감면규제법 제45조 및 같은법시행령 제39조의 요건을 갖추는 경우에 한하여 양도소득세가 면제되는 것이며 2. 이 경우 2인 이상의 사업자가 공동으로 공장을 취득하여 가동하였으나 그중 1인 명의로 사업자등록한 상태에서 이를 양도한 때에는 사업자 등록이 되어 있는 사업자지분에 한하여 양도소득세가 면제되는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 당 업체는 제조업을 영위하는 개인사업자로서 설립된지 18년이 경과하였습니다. 당 업체는 설립시 2필지의 토지위에 각각 공장을 건립하여 일관된 체계를 갖추었습니다. 이때 2필지의 토지중 1필지는 당 업체 사업자 명의로 등기를 하고 1필지는 당 업체 사업자 형의 명의로 등기를 하여 2인의 공동사업으로 사업자 등록을 하였으며 소득세 신고등도 공동 사업자로 적법하게 처리되었습니다. 그런데 1986년도 사정 (공동사업자규제등)에 의하여 공동사업자중 1인을 제외하고 단독으로 사업자 등록을 정정하였습니다. 그러나 당 업체의 결산에 있어서는 이에 대한 반영은 전혀 없었으며, (이로 인하여 사업용 자산과 부채를 제외시키는 계상을 하지 않았으며 증여세 부과도 없었음은 물론 현재까지 토지및 건물에 관련한 세금및 기타 비용도 당 업체에서 부담하여 왔음)이러한 상태에서 명의 신탁 등기를 하지 않았으나 실질소유자는 사업자 등록 정정을 한 사업자의 소유로서 이제 당 업체는 사업용 자산과 부채 전부를 현물출자하여 법인을 설립하고자 하며 조감법 제45조에 규정한 양도세 면제 혜택을 받고자 합니다. 이때 상기한 과거의 공동사업자 명의의 토지가 현물출자하는 사업용 자산의 범주에 포함되는지와 양도세 면제 혜택을 받을수 있는지 등에 대해 양설이 있어 질의합니다. 갑설: 당 업체의 사업용 자산에 포함되며 양도세 면제 혜택을 받을 수 있다. 이유: 모든 조세 관계는 실질 과세의 원칙에 따라야 하므로 과거 5년간 계속 사업용 자산에 포함되어 결산에 반영되었고 이에 대해 세무당국이 아무런 이의가 없었으므로 이는 당 업체의 사업용 자산이므로 조감법 제45조 규정에 따른 혜택을 받을수 있다. 을설: 당 업체의 사업용 자산이 아니며, 양도세 면제 혜택을 받을수 없다. 이유: 논란의 대상인 토지의 명의가 당 업체의 사업자 명의와는 다르며 따라서 조감법 제45조 규정의 혜택은 당 업체의 사업자 명의의 자산, 부채만이 그 대상이 될수 있다 만약 갑설이 채택된다면 이에 따른 주식교부는 누구에게 이루어져야 하는지에 대하여도 질의합니다 2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세감면규제법 제45조 ○ 조세감면규제법 시행령 제39조