1999. 3.에 기부채납한 ‘여객터미널’의 경우, 관련법상 ‘제1종 사회간접 자본시설’에 해당하지 않으므로 해당 시설의 운용수익은 부가가치세법상 면제 대상에 해당하지 아니하므로 부가가치세가 과세됨.
전 문
[회신]
1. 귀하가 여객터미널을 ○○시에 기부채납한 1999. 3.에 적용된 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호에서 정하고 있는 사회간접자본시설에 대한 부가가치세 면제등을 적용받을 수 있는 사회간접자본시설은 「사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법」 제2조 제2호에서 정하고 있는 제1종 시설이어야 하는 것으로,
2. 「사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법」 제2조 제2호에 의하면 여객터미널은 제1종 시설에 해당되지 않으므로 동 시설의 운용수익에 대해서는 부가가치세를 과세함이 타당함.
1. 질의내용 요약
1. 당사의 사업운영과정
기 부 자 : ××여객터미널(주)
수 락 자 : △△시장
시 설 명 : ○○시 시외버스여객터미널
기부채납조건 : ××여객터미널(주)의 부담으로 모든 시설을 준공 후 △△시에 준공즉시 기부채납하며 20년간 사용수익권을 ××여객터미널(주)에게 인정하는 조건임.
기 부 일 자 : 1999. 3. 20
사용수익방식 : 위 여객터미널의 매표수수료수입과 상가, 사무실차고의 임대수입
2. 질의내용
당사의 사업운영 과정에서 당사는 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법(1998년까지 시행)의 제12조에 의한 사업시행자 지정을 받지 않았지만 △△시의 사업자 선정공모를 통하여 당사가 이에 응모하여 사업자로 지정 받았음.
〈갑설〉 사용수익 과정에서 발생하는 매표수수료 수입과 상가, 차고 등의 임대용역은 면세 대상임.
（이유）
① 면세 규정을 적용하지 않을 경우 당해 시설을 시장에게 기부채납하여 소유권을 인정받지 못하면서 이 과정에서도 부가가치세를 부담하고 용역을 제공하는 과정에서도 부담하는 모순점을 갖음.
② 단순히 사업시행자 지정을 받지 않았다는 이유로 면세규정을 적용하지 않는다면 시행지정을 받은자와 평등성을 크게 해침.
③ 사회간접자본시설유치촉진법 등의 입법취지가 위와 같은 사업의 사회간접자본시설에 대한 민간의 투자를 촉진하고 창의적이며 효율적인 사회간접자본시설의 확충 운영을 도모함으로써 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 두고 또 이런 취지로 조세특례제한법의 규정을 둔 것인데 사업시행자 지정을 받지 않았다는 이유로 면세규정을 적용하지 않는다면 입법취지에 어긋남.
④ 사회간접자본시설에 대한 민간투자유치촉진법 제2조 제3호 사목에 여객터미널이 사회간접자본시설로 정의되어 있는 것으로 면세규정을 적용하면 되지 제12조의 사업시행자 지정여부는 면세규정을 적용 여부와 무관하며 조세특례제한법에서도 면세의 요건에 사업지정에 대한 규정은 없음.
〈을설〉 사용수익 과정에서 발생하는 매표수수료 수입과 상가, 차고 등의 임대용역은 면세대상이 아님.
（이유）
① 당사의 사업운영과정이 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법을 적용하여 시행한 것이 아님.
※ 참조사항 : 당사는 기부채납 과정에서 발생한 부가가치세를 △△시장으로부터 거래징수 하지 못하고 전액 당사에서 부담하였음.
3. 이에 대한 국세청장의 답변(질의 및 회신 3회)
사회간접자본유치촉진법 시행 당시 동법 제2조 및 동법 제12조의 규정에 의하여 주무관청으로부터 사업시행자 지정을 받지 아니하였기 때문에 과세하는 의견이었으며 3차 회신내용에서는 사업 시행근거 법률이 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법의 규정이 아니라 여객자동차터미널법이기 때문에 면세규정적용이 되지 않는다는 내용임.