과세・면세사업에 각각 사용할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 그 예정사용면적 비율에 따라 직접 공제 또는 불공제하고 과세・면세사업에 공통으로 사용될 잔여 면적에 대하여는 각각 관련된 예정공급가액의 비율에 따라 안분계산함.
전 문
[회신]
귀 질의의 경우 귀청의 의견(각각 ‘갑설’)에 따라 처리하기 바람.
1. 질의내용 요약
부가가치세 사업과 면세사업에 공동으로 사용할 백화점 및 부속건물을 신축하는 사업자가 신축에 관련된 매입세액의 안분계산을 종전의
부가가치세법시행령 제61조 제4항
에 규정된 적용순위에 의해 예정공급가액 비율로 안분계산하여 오다가 동 조항의 단서규정이 신설됨에 따라 신축건물에 대하여 과세사업에 사용될 예정인 부분(붙임 질의문의 A동 2, 3, 4층)과 면세사업에 사용될 예정인 부분(B동의 1층), 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용될 부분(A동의 1층과 B동의 2, 3층)을 각각 면적에 의해 구분할 수 있는 경우 당해 단서규정이 최초로 적용되는 1996. 1. 1 이후 신축관련 매입세액의 안분계산 방법과 총 공통매입세액 정산(납부세액 재계산 포함)방법에 대하여 아래와 같은 이견이 있어 질의함.
- 아 래 -
□ 1996. 1. 1 이후 공통매입세액 안분계산 방법
〈갑설〉 1995. 12. 31 이전에 발생된 신축관련매입세액에 대하여는 종전 규정에 의해 예정공급가액의 비율로 안분계산하였더라도 1996. 1. 1 이후 거래분에 대하여는
부가가치세법시행령 제61조 제4항
의 단서 신설규정에 따라 과세사업과 면세사업에 각각 사용할 예정면적을 구분할 수 있는 경우(A동 2, 3, 4층과 B동 1층)에는 그 예정사용면적 비율에 따라 직접 공제 또는 불공제하고 과세·면세사업에 공통으로 사용될 잔여 면적(A동의 1층과 B동의 2, 3층)에 대하여는 각각 관련된 예정공급가액의 비율에 따라 안분계산함.
（이유） 당해 조항의 단서규정 신설에 따라 1996. 1. 1 이후 발생하는 공통매입세액부터는 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 한하여 동 조항 제1, 2호에 우선하여 적용하여야 하기 때문임.
〈을설〉 1995. 12. 31 이전에 발생된 공통매입세액에 대하여 이미 종전 규정에 의해 예정공급가액의 비율에 따라 안분계산 하였으므로 1996. 1. 1 이후에도 계속해서 예정공급가액의 비율에 의해 신축관련 매입세액을 안분계산 함(A동 건물 경우).
（이유） 1995. 12. 31 이전의 종전규정에 의해 예정공급가액 비율에 따라 안분계산한 경우에는 동영 제61조의 2 공통매입세액 정산 및 동영 제63조의 규정의 납부세액 재계산시에도 실제 발생한 공급가액비율에 따라 계산하도록 되어 있어 법개정 이후에도 문리적인 법해석 흐름상 종전의 방법에 따라 계산할 수 밖에 없으며, 또한 동 계산의 일관성을 유지할 필요가 있기 때문임.
□ 총 공통매입세액 정산(납부세액 재계산 포함)방법
〈갑설〉 1995. 12. 31 이전에 발생된 공통매입세액과 그 이후에 발생된 공통매입세액 전부를 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정된 분에 대하여는 그 면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 동법시행령 제61조의 2 제2호(사용면적 비율)의 규정에 의해 정산하고, 과세·면세 공통사용면적에 대하여는 동법시행령 제61조의 2 제1호(공급가액 비율)의 규정에 의해 정산함.
（이유） 당해 총 공통매입세액 정산시점이 1996. 1. 1 이후에 발생한 경우에는 발생시 정산조항을 기준으로 적용하는 것이 계산상 번거로움을 피할 수 있고 일원화를 기할 수 있으며, 합리적이기 때문임.
〈을설〉 1995. 12. 31 이전의 신축분에 대하여 이미 예정공급가액의 비율로 안분계산한 경우(A동 건물 경우)에는 공급가액의 비율로 정산하고, 1996. 1. 1 이후 신축분(B동 건물 경우)에 대하여만 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정구분된 분에 대하여는 면적비율에 의해 정산하고 과세·면세 공통사용면적에 대하여는 공급가액의 비율에 의해 정산함.
（이유） 1995. 12. 31 이전에는 예정공급가액의 비율에 따라 안분계산한 경우에는 동영 제61조의 2 공통매입세액 정산 및 동영 제63조의 납부세액 재계산시에도 공급가액 비율에 따라 정산 및 재계산하도록 되어 있어 동 계산의 일관성 유지가 필요하기 때문임.
〈병설〉 총 공통매입세액을 순전히 동법시행령 제61조의 2 제2호 규정(사용면적)에 따라서만 정산함.
（이유） 과세사업과 면세사업에 사용하는 분에 대하여 면적에 의해 안분계산하였으므로 공통사용면적에 대하여도 과세사업 사용면적과 면세사업 사용면적에 의해 정산하는 것이 당해 단서규정의 선택적인 우선 적용에 부합하기 때문임.
(우리청 의견)
각각 ‘갑’설이 타당함.