간이과세자 또는 과세특례자가 세금계산서에 의해 매입세액중 일정액을 공제받은 후 반품 등으로 수정세금계산서를 교부받은 경우에는 당초 공제받은 금액을 한도로 공제세액에서 차감함.
전 문
[회신]
간이과세자 또는 과세특례자가 재화를 매입하고 세금계산서를 교부받아 부가가치세법 제26조 제3항 및 제6항의 규정에 의하여 계산한 금액을 납부세액에서 공제받은 후 동 재화의 반품 등으로 인하여 수정세금계산서를 교부받는 경우에는 당초 공제받은 금액을 한도로 공제세액에서 차감하는 것임.
1. 질의내용 요약
간이과세자 또는 과세특례자가 다른 사업자로부터 세금계산서를 교부받아, 당해 세금계산서 또는
부가가치세법 제20조 제1항
의 규정에 의한 매입처별세금계산서 합계표, 신용카드 매출전표 및 계산서(이하 ‘세금계산서 등’이라 함)를 사업장 관할 세무서장에게 제출하는 때에는,
부가가치세법 제26조 제3항
및 제6항의 규정에 의하여 “당해 예정신고기간 또는 과세기간에 교부받은 세금계산서 등에 기재된 매입세액”의 일정 비율(업종에 따라 100분의 10 또는 100분의 20, 이하 같음)에 상당하는 금액을 납부세액에서 공제하도록 되어 있음.
그런데, 매입상품이 반품될 때(흠 있는 상품이 있는 경우든지 계절적인 상품인 경우 등도 있지만, 특히 소매업자의 점포 정리시 많이 발생함), 수정세금계산서로 공급가액과 세액이 음수로 된 매입세금계산서를 수취하게 되는데, 이 경우 당해 세금계산서 등을 제출시 동법 동조 제3항의 규정에 따른 납부세액 공제와 관련하여 다음과 같이 질의함.
［사례］
매입세금계산서 수취분 중 양수의 매입세액 합계액 : +1,000,000원
매입세금계산서 수취분 중 음수의 매입세액 합계액 : -1,500,000원
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계 : - 500,000원
(질의 1) 매입세금계산서 등을 제출시 일정액 납부 여부
〈갑설〉 일정액을 납부하여야 함.
（이유） 현행
부가가치세법 제26조 제3항
에 규정된, 납부세액에서 일정액을 공제하는 제도의 제1차적인 입법 취지는, 일반과세자의 전단계 매입세액 공제 제도와 동일한 관점에서, 매입시 본인이 부담한 매입세액중의 일정액을 납부세액에서 공제하도록 하는데 있음.
따라서, 반품으로 인하여 당초 매출자로부터 되돌려 받게 되는 음수의 매입세액중 일정액은 당초에 납부세액에서 공제하였으므로 이제는 납부하여야 하며, 위 사례의 경우 500,000원 중 일정비율에 상당하는 금액을 납부하여야 함.
〈을설〉 일정액을 공제하여야 함.
（이유） 상기 조문의 제1차적인 입법취지는, 전단계 매입세액 공제제도와는 달리, 세금계산서 수수제도를 정착시키며, 과세자료로 활용할 수 있도록 세무행정에 협력하는데 대한 일종의 Incentive를 주기 위한 데 있으며, 다만 공제액 산정을 매입세액 기준으로 한 것이라고 보아야 할 것임(물론 부차적인 취지로는 갑설의 이유 등을 들 수 있을 것임).
따라서, 위 사례의 경우 2,500,000원 중 일정비율에 상당하는 금액을 납부세액에서 공제하여야 함.
(질의 2) 상기 ‘질의 1’에서 갑설이 타당하다면, 당초 신고시 매입세금계산서 등을 제출하지 않아 납부세액에서 공제받지 않았음이 명백한 경우나, 세금계산서 등을 제출하였으나 동법 동조 제6항의 제한으로 공제받지 못한 공제액에 상응하는 일정액도 납부하여야 하는지.
(질의 3) 상기 ‘질의 1’에서 갑설이 타당하다면, 동법 동조 제3항에서는 세금계산서 등을 ‘사업장 관할 세무서장에게 제출하는 때’에는 일정액을 ‘납부세액에서 공제한다’라고 하고 있는데, 반품에 관한 세금계산서 등을 제출하지 아니한 경우, 차후 사업장 관할 세무서장이 매입세액중 일정액을 추징하게 되는지.