겸영사업자가 지분인수과정의 중개수수료는 매입세액 불공제하며, 국립과학수산원(갑)의 필요에 의해 공개입찰하여 낙찰된 선박은 을사업자가 임대차계약에 의거 지급받은 선박운항,조업에 필요한 실비변상정도의 금액은 국고보조금과 공공보조금에 해당하지 않음
전 문
[회신]
1. 부가가치세가 과세되는 사업(원양어선 채포 수산물 수출, 식품가공사업)과 면세되는 사업(어획물을 가공하지 않은 상태로 국내에 판매)을 겸영하는 사업자가 채포한 어획물을 활용할 수 있는 식품회사(과세사업자)의 지분을 인수하는 과정에서 지급한 중개수수료관련 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호의 규정에 의거 매출세액에서 공제하지 않는 것이며,
2. 국립수산과학원(갑)이 “명태자원조사 및 어장개발을 목적으로 하는 사업”에 필요한 선박을 공개 입찰하여 원양어업을 주업으로 하는 사업자(을)의 선박이 낙찰됨에 따라 “갑”과 “을”의 임대차계약을 통해 “을”이 선박운항 및 조업에 필요한 실비변상정도의 금액을 받기로 한 경우 동 금액은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 규정에 의한 국고보조금과 공공보조금에 해당하지 아니하는 것임.
1. 질의내용 요약
(중개수수료 관련 매입세액 공제방법에 대한 질의서)
당사는 과세사업과 면세사업을 영위하는 겸영사업자임. 과세사업은 원양어선에서 채포된 수산물을 어선에서 직접 공급하여 영세율을 적용받고 있는 부문과 국내에서의 식품가공산업부문임. 면세사업은 채포된 어획물을 가공하지 않은 상태로 국내에 공급하는 부문임. 당사는 사업확장의 일환으로 식품회사의 지분을 인수하여 경영권을 행사할 예정임. 인수할 식품회사는 과세사업을 영위하는 업체이며, 당사의 수산물을 활용할 수 있는 업종에 해당함. 식품회사 인수와 관련하여 인수를 중개한 업체에 중개에 대한 수수료를 지급하고 매입세금계산서를 교부받았음. 당사는 이러한 중개수수료를 투자유가증권의 취득관련 부대비용으로 보아 투자유가증권의 취득원가에 산입하였음. 중개업체에게 지급한 중개수수료에 대한 부가가치세매입세액의 공제에 대하여 다음과 같은 양설이 있어 질의함.
〈갑설〉 매입세액 전액을 과세사업과 관련된 것으로 보아 전액 공제함.
회사가 지분을 인수하여 경영권을 행사하게 될 식품회사는 기존의 과세사업과 관련한 식품사업의 확장으로 보아야 하며, 회사의 면세사업과는 연관이 없으므로 전액을 공제함. 회사는 지분을 인수하는 형태로 유가증권을 취득하였으나, 실질을 보면 과세사업을 영위하는 회사를 매입하여 경영하는 것과 동일한 효과이므로 과세사업에 공헌하는 취득관련 매입세액은 전액 공제하는 것이 타당함.
〈을설〉 매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산하여 과세사업관련 매입세액만을 공제함.
회사가 지급한 중개수수료는 투자유가증권의 취득과 관련된 것으로 과세 및 면세사업 관련성을 구체적으로 파악하기 어려우므로 공통매입세액으로 보아 안분계산하여야 함.
(부가가치세과세여부에 대한 질의서)
당사는 원양어업을 주업종으로 영위하고 있는 법인이며, 과세/면세사업을 겸영하고 있는 사업자임. 과세사업은 원양어선에서 채포된 어획물을 직접 수출하여 영세율적용받고, 면세사업은 채포된 수산물을 미가공하여 국내에 공급하는 부문임. 알다시피 원양어업은 날로 악화되어가는 각국의 배타적 경제수역 및 조업규제로 말미암아 존폐기로에 서 있는 실정임. 당사가 원양조업해 왔던 명태어장의 조업지가 러시아 북양어장으로 한정되어 있어 대러시아 쿼터 미확보로 출어도 못하고 있는 실정임. 이에 정부기관(“국립수산과학원”)에서 명태 자원조사 및 어장개발을 목적으로 하는 사업을 추진하고 있음. 이러한 사업에 필요한 선박(선박운항 및 조업에 필요한 경비 포함)을 공개입찰을 통해 선정하였는바, 당사소유의 선박이 낙찰되었음. 그리하여 정부기관과 당사가 선박에 관한 임대차계약을 체결하였는데, 계약금액에는 선박운항 및 조업에 필요한 실질적인 조업비용(선원급료, 어로비용)만이 포함되어 있음. 즉, 실비변상정도의 금액일 뿐 당사의 기회비용을 보상할 정도의 금액은 아니며, 정부기관과 당사가 체결한 계약은 형식은 임대차계약이나 실질은 당사가 명태자원조사 및 어장개발사업에 대해 정부기관으로부터 국고보조금을 받는 형태로 볼 수 있음. 당사가 체결한 임대차계약에 대한 부가가치세과세 여부에 대해 여러 설이 있어 질의함.
〈갑설〉 재화와 용역의 대가가 아닌 자금의 지원으로 보아 부가가치세과세대상이 아님.
정부기관에서 공익목적으로 추진하는 명태에 대한 자원조사 및 어장개발을 위한 국고보조금의 형태에 해당하므로 계약금액 전체가 부가가치세과세대상이 아니다. 계약금액의 상세내역을 보더라도 부가가치세과세금액이 별도로 명기되어 있지 않으며, 정부기관으로부터 보조받는 금액도 계약서상의 금액만을 받고 부가가치세를 별도로 받지 아니하므로 부가가치세가 과세되어서는 아니됨.
〈을설〉 선박에 대한 임대차계약으로 보아 전체가 부가가치세과세대상임.
〈병설〉 계약금액의 상세내역 중 부가가치세과세대상에 해당하는 것만 부가가치세가 과세되어야 함.
계약금액의 상세내역 중 부가가치세과세대상이 아닌 인건비 등은 제외하고 부가가치세과세대상에 해당하는 재화와 용역의 공급에 대해서만 부가가치세가 과세되어야 함.