조합원입주권 또는 재건축사업의 시행으로 취득한 신축주택의 장기보유특별공제

정비사업조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위(이하 ‘입주권’이라 함)를 양도하는 경우 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 기존부동산의 양도차익에 대하여 취득시부터 관리처분계획인가일까지의 보유기간에 대한 공제율을 적용하여 계산하는 것임

[회신] ○「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위(이하 ‘입주권’이라 함)를 양도하는 경우 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 기존부동산의 양도차익에 대하여 취득시부터 관리처분계획인가일(2005.5.30. 이전에「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 재건축 입주권은 사업시행인가일)까지의 보유기간에 대한 공제율을 적용하여 계산하는 것임 ○주택을 취득하여 보유하는 자가 재건축에 따른 정비사업의 시행으로 인하여 분양받은 신축주택을 준공일 이후 양도하는 경우 장기보유특별공제 규정을 적용함에 있어 보유기간 계산은 「소득세법 시행령」 제166조에 의하는 것임 ※ 관련참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 1993년 토지면적 59㎡, 건물면적 57㎡인 기존아파트 취득 - 2005.1월 사업시행인가(청산금 납부) - 2009년 토지면적 100㎡, 건물면적 413㎡인 재건축아파트 양도 - 서울 소재 주택으로서 기존주택에서 2년 이상 거주하였으며 다른 주택은 없음 ○ 질의내용 - 입주권 상태에서 양도하는 경우 또는 준공후 양도하는 경우 장기보유특별공제 적용 기간 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】 ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다. <개정 2001.12.31, 2003.6.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2005.12.31, 2007.2.28, 2008.2.22> 1. 청산금을 납부한 경우 [양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전양도차익"이라 한다) 2. 청산금을 지급받은 경우 [양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액] ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다. <신설 2007.2.28> 1. 청산금을 납부한 경우 │[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[ 관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}( 이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다) 2. 청산금을 지급받는 경우 제1항제2호에 따른 가액 ③ 생략 ④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다. <개정 2007.2.28> 1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다. 2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2제3항제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2제3항제1호 및 제2호에서 "양도일 또는 취득일전후"는 "관리처분계획인가일 전후"로 본다. ⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다. <신설 2007.2.28> 1. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간 2. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간 ⑥ 이하 생략