검인계약서의 기재 금액이 실지거래가액에 해당하는지 여부

국가・지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인 등이 그 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우에 해당하고 주무부장관이 필요하다고 인정하는 경우에는 5%를 초과하여 주식을 취득하는 경우에도 증여세를 과세하지 않음

[회신] 귀 질의의 경우, 「상속세 및 증여세법」제48조제2항2호 규정에 따라 공익법인 등이 출연받은 재산을 내국법인의 주식 등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식 등과 같은 호 각목의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우에는 증여세가 과세되는 것이나, 국가․지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인 등이 그 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우에 해당하고 주무부장관이 공익법인 등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 그러하지 아니하는 것입니다. 【관련 참고자료】 1. 사실관계 및 질의내용 O 사실관계 - 공익법인인 000병원(이하 [갑]이라 함)은 000설치법에 근거하여 고등교육법에 따른 의학, 간호학 및 약학 등에 관한 교육, 연구와 진료를 통하여 의학발전을 도모하고 국민보건 향상에 기여함을 목적으로 설립된 비영리법인으로서 정부출연금 및 기부금, 수익사업 재원으로 운영되고 있음 - [갑]은 1)00대학교 의학계 학생의 임상교육, 2) 전공의의 수련과 의료요원의 훈련, 3) 의학계 관련 연구, 4) 임상연구, 5) 진료사업, 6) 그밖에 국민보건 향상에 필요한 사업 등을 고유목적사업으로 수행하고 있음 - 금번에 [갑]은 출연받은 재산으로 내국법인(A)사의 주식 등을 설립, 취득하는데 사용하고자함 ․ 당해 내국법인 A는 정보통신기술 기반의 건강관리서비스 시스템 및 [갑]의 병원정보시스템과 연계하여 생체정보, 생애적 관점관리 등 국민건강증진 향상에 이바지할 사업을 영위할 예정으로 [갑]이 출자하여 설립할 예정임 ․ 정보통신업을 영위하고 있는 [을]업체도 함께 출자할 예정이며, [갑]이 당해 내국법인 발행주식의 50.5%를 취득할 예정임 ․ 현재 [갑]은 내국법인A의 설립 및 주식취득과 관련하여 주무관청에 승인절차를 진행하고 있음 O 질의내용 - 본 건과 관련하여 1) [갑]이 상증법 제49조 제1항 단서조항에 따른 국가․지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인으로서 2) [갑]이 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하며 3) [갑]이 [갑]의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인 A의 주식등을 취득하는 경우에 해당한다면, - [갑]이 당해 내국법인(A)의 주식을 취득함에 있어 “[갑]의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 주무부장관이 인정하는 경우”라면 당해 초과취득분에 대해서 증여세가 면제되는지 여부를 질의함 2. 질의 내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) O 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】 ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등 (2010. 1. 1. 개정) 2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 (2010. 1. 1. 개정) ② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. 1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다. (2010. 12. 27. 단서개정) 2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등이 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우는 제외한다. (2011. 7. 25. 단서개정 ; 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 부칙) 가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 (2010. 1. 1. 개정) (이하생략) O 상속세 및 증여세법 시행령 제37조 【내국법인 주식 등의 초과보유 계산방법 등】 ① 법 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제2항 제2호 본문에 따른 주식 등의 초과부분은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 기준으로 하여 계산한다. (2010. 2. 18. 개정) 1. 공익법인 등이 매매 또는 출연에 의하여 주식 등을 취득하는 경우에는 그 취득일 (1996. 12. 31. 개정) 2. 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 증가시키기 위하여 발행한 신주 중 공익법인 등에게 배정된 신주를 유상으로 취득하는 경우에는 그 취득하는 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 중 「상법」 제354조 의 규정에 의한 주주명부의 폐쇄일 또는 권리행사 기준일(주식회사외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업연도의 종료일로 한다) (2005. 8. 5. 개정) 3. 공익법인등이 보유하고 있는 주식등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 감소시킨 경우에는 감자를 위한 주주총회결의일이 속하는 연도의 주주명부폐쇄일(주식회사외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업연도의 종료일로 한다) (2002. 12. 30. 신설) ② 법 제48조 제1항 제2호에서 “특수관계에 있는 자”란 출연자와 제19조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말하며, 같은 조 제2항 제2호 나목에서 “해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자”란 출연자가 해당 내국법인과 제13조 제12항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 경우 그 출연자를 말한다. (2010. 12. 30. 개정) ③ 법 제48조 제2항 제2호 각목외의 부분 단서에서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등이라 함은 상호출자제한기업집단에 속하는 법인과 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제3조 제1호 에 따른 동일인 관련자의 관계에 있지 아니하는 공익법인 등을 말한다. ④ 법 제48조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에서 “그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인”이란 제13조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다. (2010. 2. 18. 개정) ⑤ 법 제48조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 주무부장관이 공익법인등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우를 말한다. (2010. 2. 18. 개정) (이하생략) O 상속세 및 증여세법 시행령 제13조【공익법인 출연재산에 대한 출연방법 등】 (중간생략) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. (2008. 2. 22. 신설) 1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등 (2010. 2. 18. 개정) 2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 “주주등 1인”은 “출연자”로 본다)가 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등 (2008. 2. 22. 신설) ④ 제3항 제1호를 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 관하여는 제38조 제6항을 준용한다. (2008. 2. 22. 신설) ⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 “성실공익법인등”이라 한다)은 주식등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. 1. 법 제50조 제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등 2. 법 제50조의 2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등 3. 법 제50조의 3에 따라 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등 4. 제3항에 해당하는 공익법인등 (2008. 2. 22. 신설) ⑥ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “ 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제9조 에 따른 상호출자제한기업집단(이하 “상호출자제한기업집단”이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등”이란 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제9조 에 따른 상호출자제한기업집단(이하 “상호출자제한기업집단”이라 한다)에 속하는 법인과 같은 법 시행령 제3조 제1호에 따른 동일인관련자의 관계에 있지 아니한 공익법인 등을 말한다. (2010. 2. 18. 개정) ⑦ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다. (2010. 2. 18. 개정) 1. 출연자(출연자가 사망한 경우에는 그 상속인을 말한다. 이하 이 조, 제37조 제2항ㆍ제4항 및 제38조 제10항에서 같다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(출연자와 제10항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말하되, 당해 공익법인 등을 제외한다)가 주주 등이거나 임원( 「법인세법 시행령」 제20조 제1항 제4호 에 따른 임원과 퇴직후 5년이 경과하지 아니한 그 임원이었던 자를 말한다. 이하 같다)의 현원(5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다. 이하 이 항에서 같다) 중 5분의 1을 초과하는 내국법인으로서 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자(출연자와 제10항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이하 이 항에서 같다)가 보유하고 있는 주식 등의 합계가 가장 많은 내국법인 2. 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자(당해 공익법인 등을 제외한다)가 주주 등이거나 임원의 현원중 5분의 1을 초과하는 내국법인에 대하여 출연자, 그와 특수관계에 있는 자 및 공익법인 등 출자법인(당해 공익법인 등이 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인등인 경우에는 100분의 10)를 초과하여 주식 등을 보유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 보유하고 있는 주식 등의 합계가 가장 많은 경우에는 당해 공익법인 등 출자법인(출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 보유하고 있는 주식 등의 합계가 가장 많은 경우에 한한다) (2008. 2. 22. 개정) ⑧ 법 제16조 제2항 각호외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”라 함은 주무부장관이 공익법인 등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우를 말한다. (2008. 2. 22. 항번개정) ⑨ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “그와 특수관계에 있는 자”란 주식등의 출연자와 제10항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. (이하생략)