일시적 1세대 2주택 비과세 특례 적용 여부

국가 등이 출연하여 설립한 공익법인 또는 성실공익법인이 아닌 공익법인이 계열회사 주식을 총 재산가액의 100분의 30을 초과하여 보유하는 경우 가산세를 부과하는 것이나, 외부감사, 전용계좌의 개설 및 사용과 결산서류 등의 공시를 이행하는 경우에는 100분의 50을 초과하는 경우에 가산세를 부과하는 것임

[회신] 「상속세 및 증여세법」제48조제9항의 규정에 따라, 공익법인 등(같은 법 제49조 제1항 단서의 규정에 해당하는 공익법인 등은 제외함)이 같은 법 시행령 제38조 제12항에서 규정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식 등의 가액이 총 재산가액의 100분의 30을 초과하는 경우에는 같은 법 제78조 제7항의 규정에 따른 가산세를 부과하는 것이나, 같은 법 제50조제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 50을 초과하는 경우에 가산세를 부과하는 것입니다. 【관련 참고자료】 1. 사실관계 및 질의내용 O 사실관계 - 당 재단은 「민법」제32조 및 「문화관광부 및 문화제청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조의 규정에 의거하여 2007년 11월 설립되었음 - 당 재단은 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 및 동법 시행규칙 제3조에 열거하고 있는 공익사업을 수행하고 있으며, 2007년 기획재정부 장관으로부터 공익성 지정기부금단체로 지정받았음 - 설립 이후 계속 회계법인으로부터 회계감사를 받고 있으며 - 2008년 6월에 공익법인 전용계좌를 개설하여 관할세무서에 신고하고 해당 계좌 를 사용하고 있으며 - 2009년 4월부터 현재까지 결산서류를 국세청 ‘공익법인 결산서류 등 공시시스템 ’에 결산서류 등을 공시해 오고 있음 O 질의내용 - 상속세 및 증여세법 제48조 제9항 에 따르면, 공익법인 등이 대통령령으로 정 하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식 등의 가액이 총재산가액의 100분의 30을 초과하는 경우 가산세가 부과된 다고 하고, 동법 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 50까지 보유할 수 있다고 명시하고 있는 바, 당 재단의 경우 100분의 50까지 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 보유할 수 있는지 여부를 질의함 2. 질의 내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) O 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】 (중간생략) ⑨ 공익법인등(국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등과 성실공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식등의 가액이 총 재산가액의 100분의 30(제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의 2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의 3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 50)을 초과하는 경우에는 제78조 제7항에 따른 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다. (이하생략) O 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】 (중간생략) ⑫ 법 제48조 제9항 본문 및 제10항 본문에서 “특수관계에 있는 내국법인”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자가 제1호에 해당하는 기업의 주식등을 출연하거나 보유한 경우의 당해 기업(당해 기업과 함께 제1호에 해당하는 자에 속하는 다른 기업을 포함한다)을 말한다. (2003. 12. 30. 항번개정) 1. 제19조 제2항 제3호에 해당하는 자 (1999. 12. 31. 신설) 2. 제19조 제2항 제5호에 해당하는 자 (1999. 12. 31. 신설) 3. 제1호 및 제2호에 해당하는 자가 이사의 과반수이거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인 (1999. 12. 31. 신설) ⑬ 법 제48조 제9항 후단에서 “그 초과하는 내국법인의 주식 등의 가액”이라 함은 각 사업연도 종료일 현재 제1호의 가액에서 제2호의 가액의 100분의 30(법 제50조 제3항에 따른 외부감사, 법 제50조의 2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 법 제50조의 3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하면 100분의 50)에 해당하는 금액을 차감하여 계산한 가액을 말한다. (2008. 2. 22. 개정) 1. 「법인세법 시행령」 제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 당해 내국법인의 주식등의 취득가액과 대차대조표상의 가액중 적은 금액 (2005. 8. 5. 개정) 2. 공익법인등의 총재산(당해 내국법인의 주식등을 제외한다)에 대한 대차대조표상의 가액에 제1호의 가액을 가산한 가액 (2000. 12. 29. 신설) (이하생략) O 상속세 및 증여세법 제49조 【공익법인등의 주식등의 보유기준】 ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 “주식등의 보유기준”이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적에 사용한 실적과 그 밖에 그 공익법인등의 공익 기여도 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등에 대해서는 그러하지 아니하다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우: 1999년 12월 31일까지 (2010. 1. 1. 개정) 2. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우: 2001년 12월 31일까지 (2010. 1. 1. 개정) O 상속세 및 증여세법 시행령 제42조 【주식 등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인 등】 ① 법 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이란 성실공익법인등을 말한다. (2010. 2. 18. 개정) 1. (삭제, 2000. 12. 29.) 2. (삭제, 2000. 12. 29.) ② 법 제48조 제9항 전단에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”과 법 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2010. 2. 18. 개정) 1. 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등 2. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조 제1항 제3호 에 따른 공공기관이 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등 (2008. 2. 22. 개정) 3. 제2호의 공익법인 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등 O 상속세 및 증여세법 제78조 【가산세 등】 (중간생략) ⑦ 세무서장등은 공익법인등이 제48조 제9항에 따른 내국법인의 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유하는 경우에는 매 사업연도 말 현재 그 초과하여 보유하는 주식등의 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. (이하생략)