조합원입주권의 양도에 따른 양도소득금액 산정시 장기보유특별공제 적용방법

주택재건축정비사업 조합원입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 기존부동산의 양도차익에 대하여 취득시부터 관리처분계획인가일(2005.5.30. 이전에 사업시행인가를 받은 재건축 조합원입주권은 사업시행인가일)까지의 보유기간에 대한 적용률을 적용하여 계산.

[회신] 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 기존부동산의 양도차익에 대하여 취득시부터 관리처분계획인가일(2005.5.30. 이전에 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 재건축 조합원입주권은 사업시행인가일)까지의 보유기간에 대한 적용률을 적용하여 계산하는 것임. ※ 관련참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 1985. 1. 1. A아파트 취득 후 계속 보유 - 2000. 1.15. B아파트 취득 - 2003. 2. 8. B아파트 재건축 관리처분계획 인가 - 2008. 6. 2. B아파트 입주권 양도 - 2008. 8.31. B아파트 재건축 준공 ○ 질의내용 - B아파트 재건축입주권의 장기보유특별공제 계산방법 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ① 생략 ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2008.3.21> 표1 | 보유기간 | 공제율 | | 보유기간 | 공제율 | | 3년 이상 4년 미만 | 100분의 10 | | 7년 이상 8년 미만 | 100분의 21 | | 4년 이상 5년 미만 | 100분의 12 | | 8년 이상 9년 미만 | 100분의 24 | | 5년 이상 6년 미만 | 100분의 15 | | 9년 이상 10년 미만 | 100분의 27 | | 6년 이상 7년 미만 | 100분의 18 | | 10년 이상 | 100분의 30 | (이하 생략) ○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】 ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다. <개정 2008.2.22> 1. 청산금을 납부한 경우 [양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전양도차익"이라 한다) 2. 청산금을 지급받은 경우 [양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액] (이하 생략) ○ 소득세법 시행령 부칙 <제18850호, 2005.5.31> ①~③ 생략 ④ (주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례) ○ 서면인터넷방문상담4팀-608, 2007.02.04. 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임.