기납부증여세액공제 적용방법

공익법인이 출연받은 재산을 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관이 인정한 경우로서 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우에 한하여 증여세를 부과하지 아니함

[회신] 귀 질의의 경우, 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원이 출연받은 부동산을 직접 공익목적사업인 의료원 신축사업에 사용함에 있어서 「상속세 및 증여세법 시행령」제38조제3항의 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 출연받은 날로부터 3년 이내 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함함)이 인정한 경우에 해당합니다. 다만, 이 경우 해당 지방의료원은 같은법 제48조제5항 및 같은법 시행령 제41조에 따른 보고서의 제출과 함께 그 부득이한 사유 및 사실을 사업연도 종료일로부터 3개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 보고하여야 합니다. 【관련 참고자료】 1. 사실관계 및 질의내용 O 사실관계 - 경상남도 ○○의료원은 지방의료원의 설립 운영에 관한 법률에 따라 경상남도가 전액 출자하여 설립한 지방의료원으로 상증법 시행령 제12조제4항에 의한 공익법인임 - ○○의료원은 1914년 설립되어 지역주민의 보건향상에 기여하고 지역 의료발전을 도모해 오고 있는데 시설노후로 신축사업의 필요성이 절실하여 2008년 지방의료원 육성사업의 일환으로 ○○의료원 신축사업을 추진하고 있음 - ○○의료원 확장 신축에 대한 경과내용은 다음과 같음 • 보건복지부로부터 2008년도 지방의료원 국고지원사업으로 선정되어 ○○의료원 신축사업(현부지 내 재건축) 대상사업으로 400병상 규모로 국비․도비 450억원을 배정받음(보건복지부 공공의료팀-3194호, 2007.12.18) • 한국보건산업진흥원 연구용역(2008.3.10 ～ 9.14) 결과 국․도비 450억원으로 400병상 신축이 불가능하고 현부지 내에서 진료를 시행하면서 신축을 진행하기 어렵다고 하였고, 이에 따라 타지역에 신축부지 선정도 어려움 • 2009.8월 현 ○○의료원 부지와 구 △△호텔 및 주택지를 매입하여 확장 신축하기로 하였는데, 2009.11.26. △△그룹에서 구 △△호텔 부지(경남 □□시 ◎◎동 소재 12필지 토지 및 건물, 자산 감정가액 : 72억원)를 ○○의료원 신축부지로 무상기부하였음(붙임 기부약정서) • 신축사업의 본격적 추진을 위하여 도시계획시설(종합의료시설) 결정용역(2009.11월 ～ 2010.6월)을 완료하였고, 인근 주택지 보상업무를 추진중에 있음(2009.1. ～ 2012. 현재) • ○○의료원 신축공사 기본계획 및 입찰 안내서 작성용역 결과 300병상 규모로 신축하기 위해서는 664억원의 예산이 소요되므로 총사업비를 당초 450억원 보다 214억원 증액 요구함 • 2010.10월 보건복지부 공공의료과에서 ○○의료원 신축사업이 국가재정법 제50조 에 준하는 총사업비 관리대상에 해당되는지 여부를 기획재정부에 질의한 결과, 2010.11.3. 총사업비 관리대상사업에 선정되었음 • 기획재정부에서 국가재정법 시행령 제22조제1항제2호 에 따라 타당성 재조사를 한국개발연구원(KDI)에 의뢰하여 2010.12월부터 2011년 8월까지 완료함(기획재정부 재정사업평가과-1011호) • 기획재정부에서 타당성 재조사 후 ○○의료원 신축사업의 총사업비를 조정하여 당초 450억원에서 597억원으로 증액하였고, 사업기간은 당초 2008 ～ 2013년에서 2008년 ～ 2015년으로 연장하는 내용의 「총사업비 조정결과 통보」공문을 통보받았으며(기획재정부 총사업비관리과-163, 2012.3.7. 및 보건복지부 공공의료과-1025,2012.3.19) ○○의료원 신축사업계획 변경승인을 신청하여 변경승인을 통보받았음(보건복지부 공공의료과-2533,2012.6.29) • 2012.7월 공사를 착공하여 2014.7월에 공사를 준공하고 개원할 계획임 O 질의내용 - 공익법인이 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 전부 사용하는 것이 곤란한 부득이한 사유와 관련, 본 ○○의료원이 2009.11.26. △△그룹으로부터 신축부지로 출연받은 구 △△호텔 부지의 사용계획에 대하여 상기 기획재정부 총사업비관리과-163호(2012.3.7) 및 보건복지부 공공의료과-1025호(2012.3.19)에 의한 총사업비 조정결과 통보 공문, 그리고 보건복지부 공공의료과-2533(2012.6.29)호의 신축사업계획 변경승인 통보 공문이 상증법 시행령 제38조제3항에서 정한 주무부장관이 인정한 경우에 해당하는지 여부 2. 질의 내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) O 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】 ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다. <개정 2011.12.31> 1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등 2. 출연자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 ② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고 , 제5호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. <개정 2010.12.27, 2011.7.25> 1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등 (직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다) 의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우 . 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다. 2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등이 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우는 제외한다. 가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 3. ～ 6. 생략 ⑤ 제1항 및 제16조제1항에 따라 공익법인등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다 . ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】 ① 법 제48조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 재산"이란 제12조제1호에 따른 종교사업에 출연하는 헌금(부동산·주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우를 제외한다)을 말한다. <개정 2010.2.18> ② 법 제48조제2항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다. <개정 1999.12.31, 2000.12.29, 2008.2.29, 2012.2.2> 1. 「법인세법 시행령」 제56조제11항 에 따라 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액 2. 해당 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비, 전기료 및 전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비 ③ 법 제48조제2항제1호 단서에서 "직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다. <개정 2010.2.18> ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제41조 【출연재산 명세의 보고등】 ① 법 제48조제5항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등은 결산에 관한 서류[「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」 및 그 밖의 법령에 따라 공익법인등이 주무관청에 제출하는 대차대조표 및 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함한다)에 한한다] 및 기획재정부령으로 정하는 다음 각 호에 규정하는 사항에 관한 서류를 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1. 출연받은 재산의 명세 2. 출연재산(출연재산의 운용소득을 포함한다)의 사용계획 및 진도현황 3. 법 제48조제2항제4호 및 같은 항 제5호(제38조제7항에 해당하는 경우에 한정한다)에 해당하는 경우에는 매각재산 및 그 사용명세 4. 운용소득의 직접 공익목적사업 사용명세 5. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 필요한 서류 ② 법 제48조제6항의 규정에 의한 주무관청에의 통보는 기획재정부령이 정하는 통보서에 의하여 상속세 또는 증여세를 부과한 날이 속하는 달의 다음 달 말일까지 하여야 한다. <개정 1998.12.31, 2008.2.29> ③ 법 제48조제7항의 규정에 의한 통보를 하고자 하는 주무관청은 기획재정부령이 정하는 통보서에 의하여 설립허가등을 한 날이 속하는 달의 다음 달 말일까지 그 통보를 하여야 한다. <개정 1998.12.31, 2008.2.29> ○ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제25조 【공익법인관련서식】 ① 영 제41조제1항 각 호 외의 부분에서 "기획재정부령으로 정하는 다음 각 호에 규정하는 사항에 관한 서류"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다 . 1. 별지 제23호서식에 따른 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서 2. 별지 제24호서식에 따른 출연재산ㆍ운용소득ㆍ매각대금의 사용계획 및 진도내역서 3. 삭제 <2006.4.25> 3의2. 별지 제25호의2서식에 의한 출연받은 재산의 사용명세서 3의3. 별지 제25호의3서식에 의한 출연재산 매각대금 사용명세서 3의4. 별지 제25호의4서식에 의한 운용소득 사용명세서 4. 별지 제26호서식에 의한 주식(출자지분)보유명세서 5. 별지 제26호의2서식에 의한 이사등선임명세서 6. 별지 제26호의3서식에 의한 특정기업광고등명세서 나. 관련 예규(판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 재산세과-150, 2011.03.22 [ 제 목 ] 출연일로부터 3년이 경과한 후 주무부장관이 부득이한 사유를 인정한 경우 [ 회 신 ] 공익법인 등이 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 경우 「상속세 및 증여세법」제48조 제2항 제1호에 따라 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하는 것이며, 공익법인 등이 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3년이 경과한 후에 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함)으로부터 출연받은 재산의 일부가 출연목적 사용에 장기간 요하는 사실을 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인정받는 경우 그 사용기간을 연장한 날까지는 「상속세 및 증여세법」제48조 제2항 제1호 단서를 적용하는 것임 ○ 법규과-480, 2011.04.22 [ 제 목 ] 주무관청의 감사결과 통보가 주무부장관이 부득이한 사유를 인정한 것으로 볼 수 있는지 여부 [ 회 신 ] 1.위 과세기준자문의 사실관계와 같이, 공익법인에 대한 주무 관청의 지적사항이나 행정조치가 없다는 감사결과 통보만으로는 「상속세 및 증여세법 시행령」제38조제3항의 “주무부 장관이 인정한 경우”로 볼 수 없는 것임. 다만, 주무 관청의 감사목적, 감사내용, 통보내용 등을 종합하여 볼 때 주무부 장관이 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하기 곤란한 것으로 본 경우에는 그러하지 아니하는 것이며, 이에 해당하는지 여부는 사실판단 할 사항임. 2. 공익법인이 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3년이 경과한 후에 주무부 장관으로부터 출연받은 재산의 일부가 출연목적 사용에 장기간 요하는 사실을 법 령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인정받는 경우 그 사용 기간을 연장한 기간까지는 「상속세 및 증여세법」제48조제2항제1호 단서를 적용하는 것임 . ○ 법규과-556, 2009.12.03 [ 제 목 ] 공익법인이 건축이 제한된 토지를 출연받아 공익목적에 사용하지 않은 경우 증여세 과세여부 [ 회 신 ] 귀 과세기준자문의 경우,「상속세 및 증여세법」제48조제2항제1호 단서에 따라 공익법인이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정하여 같은 조 제5항에 따라 보고서의 제출과 함께 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우에 증여세를 부과하지 아니하는 것임 ○ 법규과-2350, 2008.05.28 [ 제 목 ] 출연재산의 공익목적 미사용에 따른 증여세 과세방법 [ 회 신 ] 귀청 자문의 경우와 같이「의료법」의 규정에 의한 의료법인이 출연받은 재산을 당초 출연일 부터 3년 이내에 직접공익목적사업에 사용하는 것이 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 곤란한 사실을 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정하여 그 사용기간을 여러 차례 연장해준 경우로서, 당해 의료법인이 주무부장관이 연장해준 최종 사용기간까지 출연재산을 직접공익목적사업에 사용하지 않은 경우에는 그 최종 사용기간이 경과한 날에 직접공익목적사업에 사용하지 아니한 재산의 가액을 증여받은 것으로 보아 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제1호 의 규정에 따른 증여세를 부과하는 것임 ○ 재삼 46014-267, 1999.2.8. 상속세및증여세법 제48조 제1항 ·제2항 및 같은법시행령 제12조 제4호의 규정에 의하여 『의료법의 규정에 의한 의료법인』이 재산을 출연받아 그 출연받은 날로부터 3년이내에 직접공익목적사업에 사용하지 아니하는 경우에는 증여세가 과세되는 것임. 다만, 3년이내에 사용하는 것이 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 장기간을 요하는 사실을 당해 공익법인의 주무부장관이 인정한 경우로서 그 사실을 같은법시행령 제41조의 규정에 의한 출연재산 명세서 등의 제출과 함께 보고한 경우에는 그러하지 아니하는 것임