장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면 및 중과세 여부

1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50(10년 이상 임대한 경우에는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면받을 수 있는 것임.

[회신] 1. 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택 또는 1985. 12. 31. 이전에 신축된 공동주택으로서 1986.1.1. 현재 입주된 사실이 없는 국민주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 「조세특례제한법」 제97조의 규정에 의하여 당해 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50(10년 이상 임대한 경우에는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면받을 수 있는 것임. 2. 소득세법시행령 제167조의3 제1항 제2호 나목에 의한 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택 중 1호를 먼저 양도하고 나머지 임대주택을 양도하는 경우, 양도당시 기준시가 3억원을 초과하지 아니하고 계속 임대하고 있는 임대주택은 1세대3주택 이상의 양도소득세 중과세율을 적용하지 않는 것이며, 양도당시 3억원을 초과하는 임대주택은 소득세법시행령 제167조의 3 제1항 제2호 나목의 규정에 의한 장기임대주택에 해당하지 아니하는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 1997.7월 국민주택을 5호를 취득하여 장기임대주택 사업자등록 - 2005년 3호를 추가 매입 등록 ○ 질의 내용 - 1997년에 취득한 장기임대주택의 경우 양도당시 기준시가 3억원을 초과하였을 경우 감면대상 인지 여부 - 임대의무기간 이상 임대한 장기임대주택 5호중 1호를 먼저 양도하고 나머지 4호를 양도할 경우 양도소득세 중과 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정) ① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임 대주택법에 의한 건설임대주택중 5년 이상 임대한 임대주택 과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다 . (2001. 12. 29. 개정) 1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택 (1998. 12. 28. 개정) 2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택 (1998. 12. 28. 개정) ② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다 . (2005. 12. 31. 개정) ③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다. (2001. 12. 29. 개정) ④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 31. 제목개정) ① 법 제97조 제1항 각호외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. (2001. 12. 31. 개정) ② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 「소득세법 시행령」 제32조 제3항 및 제4항의 규정을 준용한다. (2005. 2. 19. 개정) ③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 재정경제부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2001. 12. 31. 개정) ④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2001. 12. 31. 개정) 1. 「 임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록증 (2005. 2. 19. 개정) 2. 임대차계약서 사본 (1998. 12. 31. 개정) 3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본 (1998. 12. 31. 개정) 4. (삭제, 2006. 6. 12. ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령) 5. 기타 재정경제부령이 정하는 서류 (1998. 12. 31. 개정) ⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다. (1998. 12. 31. 개정) 1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것 (1998. 12. 31. 개정) 2. (삭제, 2001. 12. 31.) 3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것 (1998. 12. 31. 개정) 3의 2. (삭제, 2001. 12. 31.) 4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것 (1998. 12. 31. 개정) 5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것 (2001. 12. 31. 개정) ⑥ 법 제97조 제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할 세무서장은 「전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화촉진에 관한 법률」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기부 등본 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다. (2006. 6. 12. 신설 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령) ○ 임대 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다. <개정 1996.12.30, 2002.12.26, 2003.5.29, 2006.9.27> 1. "임대주택"이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다. 2. "건설임대주택"이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다. 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택 나. 주택법 제9조 의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 동법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 건설한 주택중 사용검사시까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 마치고 건설교통부령이 정하는 바에 따라 임대하는 주택 3. "매입임대주택"이라 함은 임대사업자가 매매등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 주택을 말한다. 4. "임대사업자"라 함은 국가·지방자치단체·대한주택공사· 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 "지방공사"라 한다)·제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다. ○ 임대 주택법 제6조 【임대사업자의 등록】 ①대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다. <개정 1996.12.30, 2000.1.12> ②제1항의 규정에 의하여 등록한 자는 그 등록한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 시장·군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 건설교통부령이 정하는 경미한 사항의 경우에는 그러하지 아니하다.<개정 2000.1.12> ③제1항 및 제2항의 규정에 의한 등록 및 신고의 기준과 절차등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.<신설 2000.1.12> ○ 임대주택법시행령제2조 【건설임대주택의 종류】 「임대주택법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제2호의 규정에 의한 건설임대주택의 종류는 다음 각호와 같다. <개정 2004.3.17, 2005.9.16> 1. 공공건설임대주택 : 다음 각목의 1에 해당하는 주택 가. 국가 또는 지방자치단체의 재정으로 건설·임대하는 주택 나. 「주택법」 제60조 의 규정에 의한 국민주택기금(이하 "국민주택기금"이라 한다)의 자금을 지원받아 건설·임대하는 주택 다. 공공사업에 의하여 조성된 택지(이하 "공공택지"라 한다)에 「주택법」 제16조 의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 건설·임대하는 주택 2. 민간건설임대주택:제1호외의 건설임대주택을 말한다. ○ 소득세법 시행령 제167조 의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2005. 12. 31. 개정) 1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2005. 2. 19. 개정) 가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조 제3항 ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면 (2005. 2. 19. 개정) 나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 지역 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 「임대 주택법」 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록 등”이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다. (2005. 5. 31. 개정) 가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)ㆍ군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설) 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설) 다. 「임대주택법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(동법에 의하여 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다. (2005. 5. 31. 개정) 3. 「조세특례제한법」 제97조 ㆍ제97조의 2 및 제98조의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 “감면대상장기임대주택”이라 한다) (2005. 2. 19. 개정) 4. - 9. 생략 10. 1세대가 제1호 내지 제8호 및 제8호의 2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다) (2005. 12. 31. 개정) ② 생략 ③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제97조 의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. (2005. 2. 19. 개정) ④ 1세대가 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제8호의 2의 규정에 의한 장기임대주택ㆍ 감면대상장기임대주택ㆍ장기사원용주택 또는 장기가정보육시설(이하 이 조에서 “장기임대주택등”이라 한다)의 의무임대기간ㆍ의무무상기간 또는 의무사용기간(이하 이 조에서 “의무임대기간등”이라 한다)의 요건을 충족하기 전에 제1항 제10호의 규정에 의한 일반주택을 양도하는 경우에도 당해 임대주택ㆍ사원용주택 또는 가정보육시설(이하 이 조에서 “임대주택등”이라 한다)을 제1항의 규정에 의한 장기임대주택 등으로 보아 제1항 제10호의 규정을 적용한다. (2005. 12. 31. 개정) ⑤ 제4항의 규정을 적용받은 1세대가 장기임대주택 등의 의무임대기간등의 요건을 충족하지 못하게 되는 사유(제1항 제2호 각목 및 제3호의 규정에 의한 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6월을 경과하게 된 경우를 포함한다)가 발생한 때에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1호에서 제2호의 세액을 차감한 금액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 수용 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유로 인하여 당해 의무임대기간등의 요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 당해 임대주택 등을 계속 임대ㆍ사용하거나 무상으로 사용하는 것으로 본다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 1. 일반주택 양도당시 당해 임대주택 등을 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제8호의 2의 규정에 의한 장기임대주택 등으로 보지 아니할 경우에 법 제104조의 규정에 의한 세율에 따라 납부하였을 세액 (2005. 12. 31. 개정) 2. 일반주택 양도당시 제4항의 규정을 적용받아 법 제104조의 규정에 의한 세율에 따라 납부한 세액 (2003. 12. 30. 신설) ⑥ 생략 ⑦ 제1항 제2호ㆍ제3호ㆍ제8호의 2 및 제4항의 규정을 적용받고자 하는 자는 당해 임대주택등 또는 일반주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서와 기획재정부령이 정하는 신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 1. 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록증 또는 「영유아보육법」 제13조 의 규정에 따른 보육시설인가의 인가증 (2005. 12. 31. 개정) 2. 임대차계약서 사본 (2003. 12. 30. 신설) 3. 임차인의 주민등록등본 또는 주민등록증사본 (2003. 12. 30. 신설) 4. (삭제, 2006. 6. 12. ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령) 5. 그밖의 기획재정부령이 정하는 서류 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ⑧ 제7항에 따른 신청서를 제출받은 경우에 납세지 관할 세무서장은 「전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화촉진에 관한 법률」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택 등에 대한 등기부 등본 또는 토지·건축물대장 등본을 확인하여야 한다. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다. (2006. 6. 12. 신설 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령) 나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서면5팀-1473, 2007.05.04 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택 또는 1985.12.31. 이전에 신축된 공동주택으로서 1986.1.1. 현재 입주된 사실이 없는 국민주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 「조세특례제한법」 제97조 의 규정에 의하여 당해 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50(10년 이상 임대한 경우에는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면받을 수 있는 것임. ○ 서면5팀-823, 2006.11.15 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택 또는 1985.12.31. 이전에 신축된 공동주택으로서 1986.1.1. 현재 입주된 사실이 없는 국민주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 「조세특례제한법」 제97조 의 규정에 의하여 당해 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50(10년 이상 임대한 경우에는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면받을 수 있는 것이며, 이에 임대주택의 임대기간의 기산일은 소재지 관할 세무서장이 확인한 사실상의 임대를 개시한 날을 기준으로 기산하는 것이며, 다가구주택이 임대주택법에 의한 임대사업자등록이 불가하여 관할 지방자치단체에 임대사업자등록을 하지 못한 경우에도 5호 이상 임대한 사실을 관할세무서장에게 신고하고 5년이상 임대하는 경우에는 동 법령을 적용받을 수 있는 것임.