중소기업의 최대주주가 특수관계자에게 당해 법인의 주식을 양도하는 경우로서 할증평가 적용여부

국가・지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인 등이 그 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우에 해당하고 주무부장관이 필요하다고 인정하는 경우에는 5%를 초과하여 주식을 취득하는 경우에도 증여세를 과세하지 않음

[회신] 1.「상속세 및 증여세법」제48조제2항2호 규정에 따라 공익법인 등이 출연받은 재산을 내국법인의 주식 등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식 등과 같은 호 각목의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우에는 증여세가 과세되는 것이나, 같은 호 단서에 따라 1) 국가․지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 2) 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인 등이 3) 그 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우에 해당하고 4) 주무부장관이 공익법인 등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 그러하지 아니하는 것입니다. 2. ’97.1.1일 이후 내국법인 주식의 5%를 초과하여 취득하여 취득시점에 증여세가 부과되는 경우 및 성실공익법인 등이나 「상속세 및 증여세법 시행령」제42조제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 공익법인 등에 대해서는 같은 법 제49조 및 제78조제4항에 따른 가산세를 부과하지 않는 것입니다. 【관련 참고자료】 1. 사실관계 및 질의내용 O 사실관계 - 질의인은 방사선 등의 의학적이용 및 연구, 개발업무를 효율적으로 추진하기 위하여 정부의 출연에 따라 설립된 법인으로서 특정연구기관육성법에 따른 규율을 받고 있음 - 질의인은 현재 보유중인 특허기술을 이용한 기술사업화를 위해 별도 영리법인(주식회사)의 설립을 추진중에 있는데, 구체적으로는 단독 또는 민간의 제3자가 참여하는 합작기업(주식회사)의 형태가 될 것으로 예상하고 있음 O 질의내용 1. 질의인이 주식회사를 설립하게 됨에 따라 그 회사의 주식을 취득하게 될 경우 , 상증법 제48조의 취득제한규정 적용을 받는지 2. 질의인이 주식회사의 주식지분을 계속 보유할 경우 상증법 제49조에 의한 보유 기준의 적용를 받는지? 3. 질의인이 기존에 설립된 주식회사에 기술을 이전한 대가로 회사의 발행주식을 취득 보유하게 되는 경우 상증법 제48조, 제49의 적용을 받는지 4. 질의인은 상증법 제48조(취득) 및 제49조(보유)의 적용제외대상 공익법인인 국가, 지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인인지? 2. 질의 내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) O 상속세 및 증여세법 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다. 1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등 2. 출연자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 ② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. 1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다. 2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등이 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우는 제외한다. 가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우 4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 6. 그 밖에 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업을 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우 O 상속세 및 증여세법 시행령 제13조 (공익법인 출연재산에 대한 출연방법등) ①법 제16조제1항의 규정에 의하여 상속세과세가액에 산입하지 아니하는 재산은 법 제67조의 규정에 의한 상속세과세표준 신고기한(이하 "상속세과세표준 신고기한"이라 한다)까지 그 출연을 이행하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 끝나는 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지 그 출연을 이행하여야 한다. <개정 2008.2.22, 2012.2.2> 1. 재산의 출연에 있어서 법령상 또는 행정상의 사유로 출연재산의 소유권의 이전이 지연되는 경우 2. 상속받은 재산을 출연하여 공익법인등을 설립하는 경우로서 법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립허가등이 지연되는 경우 ②법 제16조제1항의 규정을 적용함에 있어서 상속인이 공익법인등에 상속재산을 출연하는 경우에는 다음 각호의 요건을 갖춘 경우로 한다. <개정 1998.12.31, 2002.12.30> 1. 상속인의 의사(상속인이 2인이상인 경우에는 상속인들의 합의에 의한 의사로 한다)에 따라 상속받은 재산을 제1항의 규정에 의한 기한까지 출연할 것 2. 상속인이 제1호의 규정에 의하여 출연된 공익법인등의 이사현원(5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되지 아니하여야 하며, 이사의 선임 등 공익법인등의 사업운영에 관한 중요사항을 결정할 권한을 가지지 아니할 것 ③ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. <신설 2008.2.22, 2010.2.18, 2012.2.2> 1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등 2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등 ④ 제3항제1호를 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 관하여는 제38조제6항을 준용한다. <신설 2008.2.22> ⑤ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 주식 또는 출자지분(이하 "주식등"이라 하며, 이 조, 제37조, 제38조, 제40조, 제42조, 제43조의3 및 제80조에서는 의결권 있는 주식 또는 출자지분으로 한정한다)의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. <신설 2008.2.22, 2012.2.2> 1. 법 제50조제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등 2. 법 제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등 3. 법 제50조의3에 따라 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등 4. 제3항에 해당하는 공익법인등 ⑥ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 " 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제9조 에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등"이란 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제9조 에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)에 속하는 법인과 같은 법 시행령 제3조제1호에 따른 동일인관련자의 관계에 있지 아니한 공익법인등을 말한다. <개정 2002.12.30, 2005.8.5, 2008.2.22, 2010.2.18> ⑦ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다. 1. 출연자(출연자가 사망한 경우에는 그 상속인을 말한다. 이하 이 조, 제37조제2항ㆍ제4항 및 제38조제10항에서 같다) 또는 그의 특수관계인(해당 공익법인등은 제외한다)이 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)이거나 임원의 현원(5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다. 이하 이 항에서 같다)중 5분의 1을 초과하는 내국법인으로서 출연자 및 그의 특수관계인이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 내국법인 2. 출연자 또는 그의 특수관계인(해당 공익법인등은 제외한다)이 주주등이거나 임원의 현원 중 5분의 1을 초과하는 내국법인에 대하여 출연자, 그의 특수관계인 및 공익법인등출자법인{해당 공익법인등이 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등인 경우에는 100분의 10)를 초과하여 주식등을 보유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 이 호에서 같다}이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 경우에는 해당 공익법인등출자법인(출연자 및 그의 특수관계인이 보유하고 있는 주식등의 합계가 가장 많은 경우로 한정한다) ⑧ 법 제16조제2항 각호외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"라 함은 주무부장관이 공익법인등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우를 말한다. <신설 2000.12.29, 2002.12.30, 2008.2.22> ⑨ 삭제 <2012.2.2> ⑩ 법 제16조제2항제2호에서 출연자 및 그의 특수관계인이 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등에는 출연 당시 상속인의 특수관계인이 재산을 출연한 다른 공익법인등이 보유하고 있는 주식등을 포함한다. <개정 2012.2.2> ⑪ 삭제 <2012.2.2> ⑫ 삭제 <2012.2.2> ⑬ 법 제16조제3항에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 상속인 및 그의 특수관계인에게 귀속되는 재산의 가액 또는 이익에 대하여 상속개시일 현재 법 제4장의 규정에 따라 평가한 가액을 말한다. O 상속세 및 증여세법 제49조 【공익법인등의 주식등의 보유기준】 ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적에 사용한 실적과 그 밖에 그 공익법인등의 공익 기여도 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등에 대해서는 그러하지 아니하다. 1. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우: 1999년 12월 31일까지 2. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우: 2001년 12월 31일까지 ② 제1항을 적용할 때 주식등의 보유기준의 계산방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. O 상속세 및 증여세법 시행령 제42조 【주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인등】 ① 법 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이란 성실공익법인등을 말한다. <개정 2010.2.18> ② 법 제48조제9항 전단에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"과 법 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 2005.8.5, 2008.2.22, 2010.2.18> 1. 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인등 2. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조제1항제3호 에 따른 공공기관이 재산을 출연하여 설립한 공익법인등 3. 제2호의 공익법인등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인등 ⑤ 제37조제7항은 법 제49조제1항의 규정에 의한 주식등의 보유기준의 계산에 관하여 이를 준용한다. <개정 1999.12.31, 2001.12.31, 2008.2.22> O 상속세 및 증여세법 제78조 【가산세 등】 ④ 세무서장등은 공익법인등이 제49조제1항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한이 지난 후에도 같은 항에 따른 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 같은 항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한의 종료일 현재(같은 항 각 호 외의 부분 단서를 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다. <개정 2010.1.1>