환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지의 8년 자경 감면 여부

자경농지에 대한 양도소득세의 감면은 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 양도일 현재 농업소득세의 과세대상이 되는 농지에 대하여 적용하는 것이나, 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 있는 농지를 양도하는 경우 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지는 제외되는 것임

[회신] ○「조세특례제한법」 제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면은 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 양도일 현재 농업소득세의 과세대상이 되는 농지에 대하여 적용하는 것이나, 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 있는 농지를 양도하는 경우 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지는 제외되는 것임 ○「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 단서규정에 대한 귀 질의의 경우 기존 질의회신문(재산세과-3669, 2008.11.07)을 참고 하시기 바람 ※ 관련참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 1970년대부터 논을 소유하고 있는 전주시 덕진동2가 지역이 택지개발사업지구로 지정 * 사업명칭 : 전주하가택지개발사업지구(택지개발촉진법, 도시개발법) * 사업면적 : 426,440.1㎡ * 사업기간 : 1998.9.4~2009.6.30 * 조성공사착수일 : 2005.7.14 * 사업방식 : 환지방식 * 환지예정지 지정인가일 : 2006.3.16(지정공고일 3.17) * 환지처분일 : 2009.10.9 * 청산금 교부통지 안내 : 2009.10.19 - 2006.3.16. 환지예정지 지정 후 2009.8.17. 공사 완료 - 2009.10.9. 환지처분이 이루어져 2009.10.19. 이후 청산금 지급 ○ 질의내용 - 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우로서 환지 예정지 지정일로부터 3년이 지난 농지의 양 도소득세 감면적용 여 부 - 위의 금전청산인 경우 감면 대상인지 여부 - 위의 경우 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서규정 적용여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 기존 질의회신문 양도, 재산세과-3669, 2008.11.07 [ 제 목 ] 보상지연으로 주거지역에 편입된지 3년이 경과한 경우 감면 여부 [ 요 지 ] 개발사업 시행으로 인하여 주거지역등에 편입된 농지가 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 주거지역등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지의 경우 주거지역등에 편입된 날까지 발생한 소득금액에 대하여 8년자경 감면규정을 적용함 [ 회 신 ] 1. 「조세특례제한법」 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 규정을 적용함에 있어 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 “주거지역등”이라 함) 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 감면대상에 해당하지 아니합니 다. 2. 다만, 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 가목 및 나목에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말함) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역등에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 주거지역등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지의 경우에는 주거지역등에 편입된 날까지 발생한 소득금액(동조 제7항의 산식에 의하여 계산한 금액을 말함)에 대하여 양도소득세를 감면합니다. 나. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2002.12.11, 2003.12.30, 2004.12.31, 2005.12.29, 2005.12.31> ② 농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다. <신설 2002.12.11> ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한 다. 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면 <개정 2001.12.31>】 ① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. <신설 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2006.4.28, 2008.2.22, 2009.6.26> 1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역 ② 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조 에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다. <신설 2002.12.30, 2005.2.19, 2008.6.20, 2009.10.8> ③ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금"이라 함은 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다. <신설 2003.12.30, 2005.2.19, 2009.1.6> ④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2006.4.28, 2008.2.22, 2008.2.29, 2009.6.26> 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우 2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지 ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19> ⑥ 「소득세법」 제89조제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9> ⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 「소득세법」 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가). 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. <개정 2008.12.31> ⑧ 법 제69조제2항에서 "대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2002.12.30> 1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업ㆍ폐업하거나 해산하는 경우 2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우 ⑨ 법 제69조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2002.12.30, 2008.2.29> ⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다. <신설 2002.12.30, 2003.12.30> ⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. <신설 2006.2.9, 2009.2.4> ⑫ 제11항을 적용하는 경우 상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 때에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에만 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 그러하지 아니하다. <신설 2009.2.4> 1. 「택지개발촉진법」 제3조 에 따라 지정된 택지개발예정지구 2. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조 ㆍ제7조 또는 제7조의2에 따라 지정된 산업단지 3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역 ⑬ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. <신설 2006.2.9, 2009.2.4> 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위등】 ① 영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소· 농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다. <개정 2002.3.30 부칙, 2003.3.24 부칙, 2005.12.31 부 칙> ② 생략 ③ 영 제66조제4항제1호가목 및 제67조제6항제1호가목에서 "기획재정부령으로 정하는 규모"란 100만제곱미터로 하되, 「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다. <개정 2002.3.30 부칙, 2003.3.24 부칙, 2003.12.15 부칙, 2005.3.11 부칙, 2005.12.31 부칙, 2008.4.29 부칙> ④ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제6항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 공공기관"이란 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업·지방공사·지방공단을 말한다. <신설 2008.4.29 부칙> ⑤ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제6항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다. <신설 2008.4.29 부칙> ⑥ 영 제66조제12항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다. <신설 2009.4.7 부칙> 1. 「국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법」제5조에 따라 지정된 국민임대주택단지예정지구 2. 「도시 및 주거환경정비법」제4조에 따라 지정된 정비구역 3. 「신항만건설촉진법」제5조에 따라 지정된 신항만건설예정지역 4. 「도시개발법」제9조에 따라 지정된 도시개발구역 5. 「철도건설법」제9조에 따라 철도건설사업실시계획 승인을 받은 지역 6. 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 다른 법률에 따라 예정지구 또는 실시계획 승인을 받은 지역 등 해당 공익사업으로 인해 해당 주민이 직접적인 행위제한(건축물의 건축, 토지의 형질변경·분할 등)을 받는 지역