영농조합법인에 농지 출자시 양도세 과세여부 등

영농조합법인의 조합원이 농지를 현물출자하는 경우에도 사실상 유상으로 소유권이 이전되는 것이므로 「소득세법」제88조 제1항 및 제94조 제1호의 규정에 따라서 양도소득세 과세대상이 되는 것입니다. 다만, 영농조합법인에 농지를 현물출자함으로써 적용되는 「조세특례제한법」제66조의 양도소득세 면제규정은 농지가 소재하는 시・군・구(자치구를 말함. 이하 같음) 또는 그와 연접한 시・군・구안에 거주하면서 직접 농지를 경작한 자가 그 경작에 사용되던 전・답(지목에 관계없이 실제로 경작에 사용)인 농지를 농어촌발전특별조치법에 의하여 설립된 영농조합법인에게 현물출자하는 경우에 한하여 적용되는 것입니다.

[회신] 1. 영농조합법인의 조합원이 농지를 현물출자하는 경우에도 사실상 유상으로 소유권이 이전되는 것이므로 「소득세법」제88조 제1항 및 제94조 제1호의 규정에 따라서 양도소득세 과세대상이 되는 것입니다. 다만, 영농조합법인에 농지를 현물출자함으로써 적용되는 「조세특례제한법」제66조의 양도소득세 면제규정은 농지가 소재하는 시․군․구(자치구를 말함. 이하 같음) 또는 그와 연접한 시․군․구안에 거주하면서 직접 농지를 경작한 자가 그 경작에 사용되던 전․답(지목에 관계없이 실제로 경작에 사용)인 농지를 농어촌발전특별조치법에 의하여 설립된 영농조합법인에게 현물출자하는 경우에 한하여 적용되는 것입니다. 2.「상속세 및 증여세법」 제7조의 규정에 의하여 상속재산에는 피상속인에게 귀속되는 재산으로서 금전으로 환가할 수 있는 경제적 가치가 있는 모든 물건과 재산적 가치가 있는 법률상 또는 사실상의 모든 권리를 포함하는 것입니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 영농조합법인을 설립 - 영농조합법인에 농지 등을 출자하고자 함 ○ 질의내용 - 농지 출자시 양도세 과세여부 - 출자자 사망시 상속세 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) 소득세법 제88조 【양도의 정의】 ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (2006. 12. 30. 후단개정) ② 「도시개발법」 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개 정) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정) 1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2006. 12. 30. 개정) 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ① 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. (2008. 12. 26. 개정) ② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2009년 12월 31일까지 지급받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액과 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여는 소득세를 면제한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 의한다. (2006. 12. 30. 개정) ③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2009년 12월 31일까지 지급받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조 의 규정에 불구하고 100분의 5로 하고, 이에 대하여는 주민세를 부과하지 아니하며, 당해 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제14조 제2항 의 규정에 따른 종합소득과세표준의 계산에 있어서 이를 합산하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정) ④ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 「초지법」에 따른 초지(이하 “초지”라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. (2006. 12. 30. 개정) ⑤ 제4항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000. 12. 29. 개정) ⑥ 제4항의 규정에 의하여 면제받은 양도소득세를 제5항 본문의 규정에 의하여 납부하는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한다. (2008. 12. 26. 개 정) ⑦ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 영농조합법인에게 「농업ㆍ농촌기본법」 제3조 제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자 하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. (2006. 12. 30. 개 정) 상속세 및 증여세법 제7조 【상속재산의 범위】 ① 제1조의 규정에 의한 상속재산에는 피상속인에게 귀속되는 재산으로서 금전으로 환가할 수 있는 경제적 가치가 있는 모든 물건과 재산적 가치가 있는 법률상 또는 사실상의 모든 권리를 포함한다. ② 제1항의 규정에 의한 상속재산중 피상속인의 일신에 전속하는 것으로서 피상속인의 사망으로 인하여 소멸되는 것은 이를 제외한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례) 서면4팀-794, 2005.05.21 ** 【제목】 농지가 소재하는 지역에 거주하면서 직접 농지를 경작한 자가 농지를 농어촌발전특별조치법에 의하여 설립된 영농조합법인에 현물출자하는 경우 양도소득세를 면제함 【질의】 1. 질의서 개요 및 취지 ｏ 86아세아 및 88세계올림픽 대회 개최를 앞두고 서울시는 1979년도에 수도권정비사업의 일환으로 청계천 주변에 밀집한 우리 1,919명 영세상공인에게 서울시 외곽으로 우리들의 부적격 점포의 이전 행정명령을 강력히 하달하면서 불응시는 단전, 단수, 주차단속, 영업허가 취소 등을 불사하겠다고 경고하였음. ｏ 이에 우리들은 정부 정책에 순응하여 아래와 같이 안양시 석수동 일원의 전 경기도 종축장 부지 170,681평방미터를 매입하여 1,919명이 공유지분 등기를 필하고 상공단지 건설사업을 추진중 국가의 중요 정책사업인 안양천 하수종말처리장, 제2경인고속도로, 시흥-안산간 고속도로, 일직IC, KTX광명역세권 개발 등에 밀려 추진사업은 좌절되고 토지는 9차에 걸쳐 절반이 수용당했음. ｏ 이 과정에서 우리들의 수용잔여토지와 지분권은 당국의 직권분할로 콩가루처럼 산산 조각이 났고 경제적 손실은 수십억원에 달하여 대책 수립을 정부당국에 수차례 진정하였으나 그대로 방치하고 있어 우리들은 자구책으로 피해자모임을 갖고 영농조합을 설립하였음. ｏ 영농조합의 설립목적은 조각난 수용잔여토지의 지분권을 조합을 통합하여 토지의 기능과 지분권리를 회복하여 기업 영농을 도모한 것인데 이마저도 계속된 토지수용과 이 건 출자 등기시 가중된 인지대와 양도소득세 부과로 중단하고 있음. ｏ 지금 우리 공유지분권자 1,919명은 27년전 이 토지를 매입한 후 여러차례 이주하여 전국 각지에 거주하고 있음. ｏ 그런데 우리 출자 조합원에게 과세하는 전국의 각 세무서는 이월과세로 처리하는 곳과 과세하는 곳이 있는데 과세하는 각 세무서는 기준이 상이하여 과세금액이 판이함. ｏ 때문에 당 조합원은 통일된 답을 구하고자 이와 같이 질의함. ｏ 지금 부과하고 있는 양도소득세는 부당하다고 생각됨. 그 이유는 1) 양도소득이 발생하지 않았음. 2) 재산의 가치가 양도된 것이 아니고 출자 전, 후 지분권자가 동일인임. 3) 출자토지는 농지로서 기업영농 목적으로 영농조합 설립에 출자하는 것임. 4) 국가의 수용으로 기능을 상실한 농지와 권리를 희생시키기 위한 출자임. 5) 영농조합에서 출자토지 청산시에 이월과세대상임. 따라서 현재 각 세무서에서 무원칙하게 과세하고 있는 양도소득세는 철회되어야 함. (질의) 상기와 같이 영농조합법인의 조합원이 보유하고 있는 농지를 영농조합법인에게 현물출자하는 경우 양도소득세가 감면 또는 이월과세받을 수 있는지. 【회신】 1. 현행의 소득세법상, 영농조합법인의 조합원이 농지를 영농조합법인에게 현물출자하는 경우에도 사실상 유상으로 소유권이 이전되는 것이므로, 같은법 제88조 제1항 및 제94조 제1호의 규정에 따라서 양도소득세 과세대상이 되는 것이며, 2. 영농조합법인에 농지를 현물출자함으로써 적용되는 조세특례제한법 제66조 의 양도소득세 면제규정은 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말함. 이하 같음) 또는 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구안에 거주하면서 직접 농지를 경작한 자가 그 경작에 사용되던 전ㆍ답(지목에 관계없이 실제로 경작에 사용)인 농지를 농어촌발절특별조치법에 의하여 설립된 영농조합법인에게 현물출자하는 경우에 한하여 적용되는 것임.