의료업 영위 비영리내국법인의 의료기기 등 고정자산 취득관련 고유목적사업준비금의 사용의제는 2001.1.1 이후 개시하는 사업연도에 손금산입한 고유목적사업준비금에 대해 적용함
전 문
[회신]
의료업을 영위하는 비영리내국법인이 법인세법시행령 제56조 제6항 제3호 및 동법시행규칙 제29조의 2에서 규정하는 의료기기 등 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 2001. 1. 1 이후 개시하는 사업연도에 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 분부터 같은 조 제9항의 규정에 따라 동 준비금상당액을 의료발전회계로 구분하여 경리한 경우에 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것임
| [ 질 의 ] |
| 1. 관련규정 의료업을 영위하는 비영리내국법인의 경우에는 의료업 자체가 고유목적사업이자 세법상 수익사업에 해당함에 따라 고유목적사업준비금을 적립하고도 의료기기 시설투자 등 의료발전에 사용할 수 없는 문제점을 해소하고자 정부는 2000. 12. 29 의료기기 시설투자의 경우에도 기 설정된 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 보도록 법인세법시행령 제56조 제6항 을 개정하였음 2. 질의사항 그러나, 고유목적사업준비금의 사용으로 보는 의료기기의 취득과 관련하여 국세청장(제도 46012-10037, 2001. 3. 13)은 2001. 1. 1 이후 개시하는 사업연도에 손금에 산입한 고유목적사업준비금에 대하여만 동 개정규정을 적용할 수 있다는 입장을 취하고 있는 바, 동 입장은 아래와 같은 이유에서 2001. 1. 1 이후 의료기기를 취득하는 분부터 적용해야 할 것으로 생각되어 질의함 3. 의견 1) 개정규정은 “의료업을 영위하는 비영리내국법인이 의료기기 등을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업준비금에 지출 또는 사용한 것으로 본다(영 제56조 제6항)”고 규정하고 있으므로 - 이는 고유목적사업준비금의 설정에 관하여 규정(설정기준)하고 있는 것이 아니라, 의료기기의 취득과 관련하여 고유목적사업준비금의 지출로 볼 것(지출기준)인가에 대한 지출측면에서 규정한 것임 - 따라서, 이를 설정기준으로 적용하고자 하는 경우에는 별도로 법이나 영에서 이를 규정하든지 이에 대하여 별도의 부칙규정이 있어야 하는 것임 2) 고유목적사업준비금의 사용에 관한 기본원칙이라 할 수 있는 법인세법 제29조 제2항 에서도 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 순차적으로 상계하여야 하는 것으로, - 이를 고려하여 보더라도 만약 2000년 이전에 설정한 준비금과 2001년에 설정한 준비금이 있는 법인이 2002년에 의료기기를 취득할 경우 2000년 이전에 설정한 |
| [ 질 의 ] |
| 준비금이 있음에도 불구하고 더 늦게 설정한 2001년의 준비금을 먼저 상계해야 되는 문제점이 발생함 3) 또한, 동 개정규정을 설정기준으로 적용한다면 고유목적사업준비금의 사용에 관한 정부의 배려효과가 감소되어 정부입장에서도 별다른 실익없이 설정기준의 입장을 취할 이유가 없기 때문임 |