[회신]
귀 질의의 경우 2003.12.30.자로 공포된 조세특례제한법(법률 제7003호) 제104조의 7(정비사업조합에 대한 과세특례)의 규정이 신설되었음.
1. 질의내용 요약
도시및주거환경정비법(이하 “도정법”이라 함)에 의하여 설립된 영리법인인 정비사업조합(이하 “조합”이라 함)의 세무처리 방법에 대하여 질의함.
(1) 조합이 주택재건축사업의 시행으로 취득한 주택과 부속토지(이하 “주택 등”이라 함)를 조합이 청산전에 출자금의 감소대가로 조합원에게 분양하거나 주택 등을 장부가액으로 양도하는 경우
- 조합의 익금ㆍ손금 해당여부, 부당행위계산 대상여부 및 조합원에 대한 의제배당 해당여부
〈갑설〉 조합원에게 출자금의 감소대가로 주택 등을 분양하는 것은 주택 등의 양도에 해당하므로 주택 등을 시가에 의하여 유상으로 양도한 것으로 보아 그 양도금액과 장부가액을 각 사업연도의 소득금액 계산시 각각 익금 및 손금에 산입하여야 하며, 출자자인 조합원에 대하여 의제배당을 적용하는 것임(법 제16조).
- 한편, 주택 등을 시가에 미달하게 양도하는 경우에는 부당행위계산의 부인을 적용하는 것임(법 제52조).
（이유） 주택 등을 건설하여 자산으로 계상한 후 조합을 청산하기 전에 조합원에게 분양하는 것은 출자금의 현물반환으로 자산의 양도에 해당하므로 분양당시의 시가를 익금에 산입(영 제11조 제2호)하고 주택 등의 양도당시 장부가액은 손금에 산입(영 제19조 제2호)하는 것이며(동지 : 법인 46012-412, 2002.7.25. ; 법인 46012-2364, 1997.9.8.),
- 조합원이 분양받은 주택 등의 시가가 출자지분을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 경우에는 의제배당에 해당하고(법 제16조 제1항 제1호),
- 조합과 조합원은 특수관계자에 해당하므로(영 제87조 제1항 제2호) 주택 등을 시가에 미달한 장부가액으로 조합원에게 양도하는 경우 주택 등의 시가와 장부가액의 차이에 대하여는 부당행위계산의 부인규정을 적용하는 것임(법 제52조).
〈을설〉 출자금의 감소대가로 주택 등을 분양하는 것은 의제배당 및 부당행위계산 부인규정이 적용되지 아니함.
（이유） 조합원에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도정법 제55조 제2항의 규정과 같이 그 실질이 환지에 해당하므로 이를 양도로 보아 출자가액과 분양하는 대지 또는 건축물 등의 시가와의 차액을 당해 조합의 익금에 산입하는 것은 타당하지 아니함.
(2) 조합설립 후 토지 등의 소유자인 조합원이 분양을 신청하지 아니하거나 분양신청의 철회 또는 관리처분계획에 의하여 분양대상에서 제외됨에 따라 조합이 청산금을 지급하는 경우(도정법 제47조ㆍ도정법령 제48조)
- 청산금이 출자출의 반환에 해당하는지 여부, 출자금과 청산금의 차액에 대한 세무처리 방법 및 조합원에 대한 의제배당 해당여부
〈갑설〉 청산금 지급은 출자금의 반환인 자본거래로서 감자차손익에 해당하므로 익금ㆍ손금에 산입하지 아니하는 것이며, 청산금이 출자금을 초과하는 경우에는 의제배당에 해당됨.
（이유） 조합인가일 현재 조합원의 토지 등은 조합소유로 보므로(도정법 제45조 제2항) 토지 등은 조합인가일에 소유권의 이전여부와 관계없이 조합원이 조합에 현물출자한 것으로 보아야 하며
- 청산금은 출자지분의 반환에 따라 지급되는 감자대가로서 조합원의 출자지분과 청산금의 차액은 감자차손익이므로 조합의 익금ㆍ손금에 해당하지 아니하는 것임(법 제17조ㆍ법 제20조).
- 따라서, 청산금 중 조합원의 출자금을 초과하는 금액은 의제배당에 해당하는 것임(법 제16조 제1항 제1호)
〈을설〉 청산금은 실질적으로 당해 조합이 토지 등의 취득대가로 지급한 금액이므로 의제배당에 해당되지 아니함.
（이유） 조합인가일 현재 조합원의 토지 등은 조합소유로 보지만(도정법 제45조 제2항) 청산금의 지급으로 등기상 소유권이 조합에게 이전되므로 청산금은 실질이 토지 등의 취득대가임.
- 따라서, 단지 토지 등의 소유자가 조합원이라는 이유만으로 현물출자 후 당해 토지 등의 양도대가로 지급받는 금액을 출자의 반환으로 보아 양도소득 이외에 의제배당소득으로 보는 것은 형평에 맞지 아니함.