특별부가세가 면제되는 학교법인이 과소신고하였으나 각 사업연도 소득금액이 있는 경우 법인세법상 과소신고가산세 적용여부

각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세체계와 토지 등의 양도차익에 대한 특별부가세의 과세체계는 서로 독립적인 것으로 보아야 하며, 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세여부는 전액 면제받는 특별부가세에 대한 가산세의 부과여부에 영향을 줄 수는 없음

[회신] "을설"이 타당함. 1. 질의내용 요약 학교법인이 조세감면규제법 제67조 3 제1항 제2호의 규정에 의거 특별부가세가 전액면제되는 수익사업용 부동산을 양도하고 특별부가세 과세표준금액을 과소신고하였으나 각 사업연도 소득금액계산상 임대수입이 있는 경우, 법인세법 제41조 제1항 제2호 의 과소신고가산세 적용여부. 〈갑설〉 가산세를 적용하여야 한다. (이유) 법인세법실행규칙 제58조 제3항 "법인세(특별부가세 포함)가 비과세되거나, 전액면제되는 소득만이 있는 법인에 대하여 과소신고 가산세를 적용하지 않는다"라고 되어 있어 법인세와 특별부가세를 포함하여 과세소득이 있는 경우에는 과소신고가산세를 적용하여야 하기 때문임. 〈을설〉 가산세를 적용할 수 없다. (이유) 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세체계와 토지 등의 양도차익에 대한 특별부가세의 과세체계는 서로 독립적인 것으로 보아야 하며, 법인세법 제59조 의 5의 규정에서도 법인세법 제41조 제1항 의 규정을 준용하고 있을 뿐이므로 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세여부에 따라 전액면제받는 특별부가세에 대한 가산세의 부과여부에 영향을 줄 수는 없기 때문임.