외국법인 국내사업장이 자산의 50％ 이상이 부동산인 내국법인의 주식을 양도했으나, 착오로 유가증권 양도소득으로 원천징수된 경우

외국법인 국내사업장（A）이 ‘자산의 50％ 이상이 부동산’인 내국법인의 주식을 양도했으나, 착오로 ‘유가증권 양도소득’으로 원천징수된 경우, A가 각 사업연도소득에 포함한 법인세 신고・납부시의 동 원천징수세액은 기납부세액으로 공제됨

[회신] 법인세법 제93조 제7호 및 동법시행령 제132조 제10항의 규정에 의한 주로 부동산으로 이루어진 주식의 양도소득에 대하여 원천징수의무자가 제98조 제1항의 규정에 의하여 유가증권양도소득으로 착오로 원천징수한 경우, 원천징수한 유가증권양도소득을 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도 소득금액에 대한 법인세 과세표준에 포함하여 신고·납부하는 경우 법인세법 제97조의 규정에 의하여 당해 원천징수세액은 기납부세액으로 공제되는 것임. 1. 질의내용 요약 1. 사실관계 국내사업장 있는 일본법인인 주식회사 □□□(이하 “양도인”)는 2001. 9. 13 네덜란드 법인(이하 “양수인”)에게 내국법인인 서울○○○주식회사(이하 “○○○”)의 주식 3,990,000주(발행주식의 49.875％)를 약 XXX억원에 양도하였음. 이 건 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 개시일 현재 주식발행법인인 ○○○가 소유한 부동산의 가액은 자산총액의 50％ 이상을 차지하고 있었음. 양수인은 이 건 주식 양도로 인한 소득이 양도 당시 법인세법(이하 “법”) 제93조 제10호 소정의 주식양도소득을 구성하는 것으로 보았음. 이에, 양수인은 법 제98조 제1항 제4호에 따라 양도대가의 10％와 양도차익의 25％ 중 적은 금액인 약 XX억원을 법인세로 원천징수하여 2001. 10. 8 주식발행법인(○○○)의 관할세무서장에 납부하였음. 반면, 이 건 주식의 양도일이 속한 사업연도 개시일 현재 ○○○가 소유한 부동산의 가액이 자산총액의 50％ 이상이고, 따라서 이 건 주식 양도로 인한 소득은 법 제97조 제10호 소정의 주식양도소득이 아니라 법 제93조 제7호 및 동법시행령 제132조 제10항 소정의 기타자산 양도소득을 구성함. 법 제91조 제1항에 의하면, 외국법인의 국내사업장은 기타자산 양도소득 등 국내원천소득의 총합계금액(완납적 원천징수대상 소득은 국내원천소득의 총합계금액에서 제외되나, 기타자산 양도소득은 애당초 원천징수대상소득에 해당되지 아니하므로 당연히 총합계금액에 포함됨)을 법인세 과세표준에 산입하여야 함. 이에 따라, 양도인의 국내사업장(주식회사 □□□ 서울지점)은 2002. 6. 30 이 건 주식양도로부터 발생한 기타자산 양도소득을 자신의 법인세 과세표준에 산입하여 법인세 및 특별부가세를 신고 납부할 예정임. 2. 질의 요지 양도인의 국내사업장이, ○○○ 발행주식(기타자산)의 양도로 인해 발생된 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액 신고납부시, 양수인이 가히 원천징수하여 정부에 납부한 법인세 약 XX억원을 기납부세액으로 공제할 수 있는가의 여부 〈갑설〉 (별첨 국세청 예규 법인 46012-654, 1998. 3. 17) 양수인이 잘못 원천징수하여 납부한 법인세는 기납부세액으로 공제될 수 없고, 당해 양수인이 원천징수 관할세무서장(주식발행법인 관할세무서장)으로부터 이를 환급 받아 양도인에게 반환하여 주어야 함. 〈을설〉 (질의자 의견) 양수인이 착오로 원천징수하여 납부한 법인세라 하더라도, 양도인의 국내사업장이 법 제91조 제1항에 따라 이 건 기타자산 양도소득을 법인세 과세표준에 산입하여 법인세를 신고납부한 이상, 양수인이 가히 원천징수한 법인세는 신고납부시 기납부세액으로 공제되어야 함.