착오로 인하여 관할 세무서 및 원천징수의무자에게 이중으로 납부한 소득세의 환급 의무자

원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액 중 착오납부한 금액이 있는 경우 이를 납부하여야 할 다른 원천징수세액에 충당한 후 잔여세액만 납부하는 방식으로 조정환급하는 것임

[회신] 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액 중 과오납이 있는 경우 이를 납부하여야 할 다른 원천징수세액에 충당한 후 잔여세액만 납부하는 방식으로 조정 환급하는 것으로 유사 기질의 회신문(법인46013-3930, 1999.11.09)을 보내드리니 참고하시기 바랍니다. 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 2007년 귀속 연말정산시 부양가족(아버지)에 대하여 과다공제 2008년 5월 종합소득세확정신고시 아버지에 대한 공제를 차감하여 신고 2009년 연말정산 과다공제 점검시 종합소득세확정신고시 반영하여 추가로 납부한 아버지에 대한 공제를 원천징수의무자가 수정하여 추가 징수 나. 질의내용 착오로 인하여 관할 세무서 및 원천징수의무자에게 이중으로 납부한 소득세의 환급 의무자 2. 질의내용에 대한자료 가. 관련법령 ○ 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신 고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정 이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세 법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 ③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. ④ 「소득세법」 제73조 제1항 제1호 부터 제7호까지에 해당하는 소득이 있는 자, 「소 득 세법」 제119조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제10호부터 제12호까지의 규 정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조 제1호 ㆍ제2호, 제4호 부 터 제6호까지 및 제9호부터 제11호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있 는 자(이하 이 항 및 제52조에서 “원천징수대상자”라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나 에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2 항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”는 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 「소득세법」 제164조 , 제164조의 2 및 「법인세법」 제120조 , 제120조의 2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원 천징수의무자 또는 원천징수대상자”로, 제1항 각 호 외의 부분 중 “법정신고기한 이 지난 후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후”로, 제1항 제1 호 중 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액”으로, 제1항 제2호 중 “과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액”은 “원천징수영수증에 기재된 환급세액”으로 본다. 1. 원천징수의무자가 「소득세법」 제137조 , 제138조, 제143조의 4, 제144조의 2에 따른 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의 2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우 2. 원천징수의무자가 「소득세법」 제146조 및 제156조에 따라 원천징수한 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의 2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우 3. 원천징수의무자가 「법인세법」 제98조 에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 같은 법 제120조 또는 제120조의 2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우 ○ 소득세법 시행규칙 제93조 【원천징수세액의 환급】 ① 영 제201조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 원천징수의무자가 환급할 소득 세가 연말정산하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다 음달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 당 해 원천징수의무자의 환급신청이 있는 경우에는 원천징수 관할세무서장이 그 초 과액을 환급한다. ② 제1항 단서의 규정에 의하여 소득세의 환급을 받고자 하는 자는 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 소득세액중 잘못 원천징수한 세액이 있는 경우에 이를 준용한다. 나. 관련사례 ○ 징세-366, 2009.11.30 소득세법 제73조 제1항 제1호 내지 제8호에 해당하는 소득에 대하여 연말 정 산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 소득세법 제164조 의 규정에 의 하여 지급조서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 근로소득자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여 야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때, 원천징수영수증에 기재된 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액에 미달하는 때에는 연말정산세액 또 는 원천징수세액의 납부기한 경과 후 3년 이내에 과세표준 및 세액의 경정 등을 관할세무서장에게 청구할 수 있음. ○ 법인46013-3930, 1999.11.09 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 세액 중 과오납이 있는 경우에 는 소득세법시행규칙 제93조 의 규정을 준용하여 조정환급하거나 환급신청에 의 하여 환급받을 수 있으며, 이 경우 과오납한 세액의 수정분 원천징수이행 상황신고서를 귀속연월 및 징수연월별로 제출하여야 하며, 원천징수하여 납 부할 세액에서 조정환급하고자 하는 때에는 원천징수이행상황신고서에 그 조정환급내역을 기재하여야 하는 것임. ○ 징세-3189, 2008.07.11 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 「국세기본법」제45조의 2의 규정에 의하여 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경 우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간) 이내에 경정청구를 할 수 있음.