지배주주가 행사한 주식매수선택권은 과세특례 규정을 적용받을 수 없는 것임

주식매수선택권 부여 당시 과세특례요건을 충족하였으나, 주식매수선택권 행사시 해당 법인의 지배주주에 해당하는 경우 조세특례제한법 시행령(2009.02.04 삭제되기 이전 것) 제13조제8항제2호의 규정에 따라 종업원 등에 해당하지 않으므로 과세특례 적용 안됨

[회신] 귀 질의의 경우, 주식매수선택권을 부여받은 자가 동 권리를 부여받을 당시에는 「조세특례제한법」(2006.12.30. 개정되기 이전 것) 제15조의 요건을 충족하였으나, 이후 동 권리 행사시 해당 법인의 지배주주에 해당하는 경우 같은 법 시행령(2009.02.04. 삭제되기 이전 것) 제13조제8항제2호의 규정에 따라 종업원 등에 해당하지 않으므로 「조세특례제한법」(2006.12.30. 개정되기 이전 것) 제15조에 의한 과세특례 규정을 적용받을 수 없는 것입니다. 1. 질의내용 가. 사실관계 ○ 주식회사 甲은 2004.10월에 당시 A임원에게 주식매수선택권을 부여하였음(행사기 간 : 2006.10.21〜2011.10.20)하였음 ○ A임원은 2011년 행사기간 만료 전 주식매수선택권을 행사하여 매수 청구하였으며, A임원은 2004.10월 주식매수선택권 부여 당시 법인세법 시행령 상 지배주주가 아 니었으나, 행사시점인 2011.10월 현재 당사의 지배주주에 해당함 나. 질의내용 ○ 2004년 주식매수선택권 부여 당시에는 지배주주가 아니었으나, 2011년 주식매수선택권 행사 시점에 당사의 지배주주에 해당할 경우, 주식매수선택권을 행사하여 얻는 이익이 과세특례 적용대상인지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제15조 【주식매입선택권에 대한 과세특례】(2006.12.30. 개정되기 이전 것) ① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 부품·소재전문기업등의육성에 관한 특별조 치법 제2조 제2호의 규정에 의한 부품·소재전문기업(이하 “부품·소재전문기업”이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “창업법인등”이라 한다)의 종업원(벤처기업 및 부품·소재전문기업의 경우 대통령 령이 정하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 “종업원등”이라 한다)이 주식매수 선 택권을 2006년 12월 31일까지 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익(주식매수 선택권의 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인 수권을 포함하는 것으로 한다)중 연간 3천만원 한도내의 금액은 이를 근로소득·사업소득 또는 기타소득으로 보지 아니한다. ② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다. 1. 창업법인등이 당해 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원등과 약정한 것일 것 2. 제1호의 규정에 의한 주식의 매수가액이 대통령령이 정하는 가액이상일 것 3. 제1호의 규정에 의한 주식매수선택권이 다른 사람에게 양도할 수가 없는 것일 것 4. 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인등의 종업원의 경우에는 주식매수선택권을 부여받은 날 부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것이어야 하며, 2년 이상 근무하고 퇴직한 경 우에는 퇴직한 날부터 3월 이내에 행사하는 것에 한한다. 5. 창업법인등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위안에서 대통령령이 정하는 율)의 범위안에서 동일 종업원등에게 주식매수선 택권을 부여할 것 6. 종업원 모두를 대상으로 주식매수선택권을 부여하는 것이 아닐 것 ③ 창업법인등이 제1항의 규정에 의하여 종업원등에게 제2항 제1호 내지 제5호의 요 건을 갖춘 주식매수선택권을 부여하고 그 종업원등이 이를 행사함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우(제1항의 규정에 의하여 종업원등이 주식매수선택권을 행사함으로써 얻는 이익이 연간 3천만원을 초과하는 경우를 포 함한다)에는 법인세법 제52조 의 규정에 불구하고 당해 법인에 대하여는 부당행 위계산의 부인을 하지 아니한다. ④ 제1항 내지 제3항의 규정은 종업원등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식 매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액(약정된 주식의 매수가액이 시가보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금 또는 창업법인등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다. ⑤ 종업원등이 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 매수한 주식을 양도하는 때에는 소득세법 제94조 의 규정을 적용함에 있어서 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를 동법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 취득가액으로 한다. ⑥ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 종업원의 범위, 주식의 시가산정 기 타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제13조 【주식매입선택권에 대한 과세특례】(2006.12.30. 개정되기 이전 것) ① 법 제15조 제1항에서 “대통령령이 정하는 내국법인”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 내국법인을 말한다. 1. 창업자 또는 신기술사업자로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 내국법인 가. 중소기업창업지원법 제3조 의 규정을 적용받는 업종을 영위할 것 나. 법 제15조 제2항 제1호에 규정된 사항을 당해 법인의 정관에 기재할 것 2. 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 주식매수선택권을 부여할 수 있는 벤처 기업으로서 법 제15조 제2항 제1호에 규정된 사항을 당해 법인의 정관에 기재하고 이를 벤처기업육성에관한특별조치법 제16조의3의 규정에 의하여 중소기업청장에게 신고한 내국법인 3. 부품·소재전문기업등의육성에관한특별조치법에 의하여 주식매수선택권을 부여할 수 있는 부품·소재전문기업으로서 법 제15조 제2항 제1호에 규정한 사항을 당해 법인의 정관에 기재한 내국법인 ② 법 제15조 제1항에서 “대통령령이 정하는 요건”이라 함은 제1항 제1호 나목의 요 건을 말한다. ③ 법 제15조 제1항에서 “벤처기업 및 부품·소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자”라 함은 벤처기업육성에관한특별조치법 제16조의3 제1항 및 부품·소재전문기 업등의육성에관한특별조치법 제15조의 규정에 의하여 주식매수선택권이 부여된 자(개인에 한한다)를 말한다. ④ 법 제15조 제2항 제1호에서 주주총회의 결의는 상법 제434조 의 규정에 의한 결 의로 하고, 동호에서 이사회의 결의는 상법 제391조 의 규정에 의한 결의로 한다. ⑤ 법 제15조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 가액”이라 함은 다음 각호의 1에 규정하는 금액을 말한다. 1. 증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인의 경우 : 증권거래법시행령 제84조의9 제2항의 규정을 준용하여 산정한 가액과 당해 주식의 액면가액중 높은 금액. 다만, 증권거래법에 의하여 자기주식을 취득하여 주식매수선택권을 부여하는 경우에는 증권거래법시행령 제84조의9 제2항 의 규정을 준용하여 산정한 가액으로 한다. 2. 제1호외의 경우 : 상속세및증여세법시행령 제54조 내지 제56조의 규정을 준용하 여 평가한 당해 주식의 시가와 당해 주식의 액면가액 중 높은 금액 ⑥ 법 제15조 제2항 제5호에서 “벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위안에서 대 통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다. ⑧ 법 제15조 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 종업원등에는 임원을 포함하되, 다음 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다. 1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자 2. 당해 법인의 주주로서 법인세법시행령 제87조 제3항 의 규정에 의한 지배주주 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주 3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 소득세법시행령 제98조 제1항 또는 법 인세법시행령 제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자. 이 경우 법인세법시행령 제87조 제1항 제6호 의 규정을 적용함에 있어서 동호중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 보며, 법인세법시행령 제87조 제1항 제7호 에 해 당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. ⑨ 법 제15조 제1항의 규정에 의하여 창업법인등의 종업원등이 주식매수선택권을 행 사하는 경우 당해 창업법인등은 재정경제부령이 정하는 주식매수선택권행사현 황신고서를 행사일이 속하는 달의 다음달 10일까지 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑩ 주식매수선택권을 행사한 종업원은 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 1월분 근 로소득을 지급받는 날(퇴직 후 주식매수선택권을 행사한 경우에는 퇴직일부터 4월이 되는 날을 말한다)까지 재정경제부령이 정하는 소득세감면신청서를 원천징수의무자(법 제15조 제1항의 규정에 의한 창업법인등을 말한다)에게 제출하여야 한다. ○ 상법 제340조의2 【주식매수선택권】 ① 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자에게 미리 정한 가액(이하 “주식매수선택권의 행사가액”이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 “주식매수선택권”이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액 보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자 기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행 사일을 기준으로 평가한다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 제1항의 주식매수선택권을 부여할 수 없다. 1. 의결권 없는 주식을 제외한 발행주식총수의 100분의 10 이상의 주식을 가진 주주 2. 이사ㆍ집행임원ㆍ감사의 선임과 해임 등 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상 영향력을 행사하는 자 3. 제1호와 제2호에 규정된 자의 배우자와 직계존비속 ③ 제1항에 따라 발행할 신주 또는 양도할 자기의 주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다. ④ 제1항의 주식매수선택권의 행사가액은 다음 각 호의 가액 이상이어야 한다. 1. 신주를 발행하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질 가액과 주식의 권면액(권면액) 중 높은 금액. 다만, 무액면주식을 발행한 경우에는 자본으로 계상되는 금액 중 1주에 해당하는 금액을 권면액으로 본다. 2. 자기의 주식을 양도하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액 ○ 상법 제340조의3 【주식매수선택권의 부여】 ① 제340조의2 제1항의 주식매수선택권에 관한 정관의 규정에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다. 1. 일정한 경우 주식매수선택권을 부여할 수 있다는 뜻 2. 주식매수선택권의 행사로 발행하거나 양도할 주식의 종류와 수 3. 주식매수선택권을 부여받을 자의 자격요건 4. 주식매수선택권의 행사기간 5. 일정한 경우 이사회결의로 주식매수선택권의 부여를 취소할 수 있다는 뜻 ② 제340조의2 제1항의 주식매수선택권에 관한 주주총회의 결의에 있어서는 다음 각호의 사항을 정하여야 한다. 1. 주식매수선택권을 부여받을 자의 성명 2. 주식매수선택권의 부여방법 3. 주식매수선택권의 행사가액과 그 조정에 관한 사항 4. 주식매수선택권의 행사기간 5. 주식매수선택권을 부여받을 자 각각에 대하여 주식매수선택권의 행사로 발행하거나 양도할 주식의 종류와 수 ③ 회사는 제2항의 주주총회 결의에 의하여 주식매수선택권을 부여 받은 자와 계약을 체결하고 상당한 기간내에 그에 관한 계약서를 작성하여야 한다. ④ 회사는 제3항의 계약서를 주식매수선택권의 행사기간이 종료할 때까지 본점에 비 치하고 주주로 하여금 영업시간내에 이를 열람할 수 있도록 하여야 한다. ○ 상법 제340조의4 【주식매수선택권의 행사】 ① 제340조의2 제1항의 주식매수선택권은 제340조의3 제2항 각호의 사항을 정하는 주주총회결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 이를 행사할 수 있다. ② 제340조의2 제1항의 주식매수선택권은 이를 양도할 수 없다. 다만, 동조 제2항의 규정에 의하여 주식매수선택권을 행사할 수 있는 자가 사망한 경우에는 그 상속인이 이를 행사할 수 있다. 나. 해석사례 ○ 해당없음