기한후 신고시 증권거래세 감면이 가능한지 여부

법정신고 기한내 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 세무서장이 결정통지하기 전까지 기한후 과세표준신고 할 수 있으며 증권거래세 면제신청 할 수 있음

[회신] 법정신고 기한내에 증권거래세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 정부가 결정통지하기 전까지 기한후 과세표준신고를 할 수 있으며, 조세특례제한법에 의한 감면사유에 해당할 경우 증권거래세 면제신청서를 첨부하는 것이며 기 회신사례(재산-1345, 2009.7.3)를 참고하시기 바랍니다. 1. 질의내용 ○ 기한 후 증권거래세 과세표준 신고할 경우에도 증권거래세면제 신청서를 제출하여 감면을 받을 수 있는지 여부 2. 사실관계 ○ 신청인은 상법 제360조의15 에 따라 주식의 포괄적 이전방법으로 ’12.5.4일 A회사의 주식 629,737주를 B회사에 양도하고 B회사의 주식 629,737주를 수령하여 A회사는 B회사의 완전자회사가 되었으며 B회사는 A회사의 완전모회사가 됨 ○ 조세특례제한법 제38조 의 요건을 충족한 교환으로 동법 제117조의 제1항제14호에 따라 증권거래세 면제 대상이나 - 질의일 현재까지 증권거래세 과세표준신고서 또는 증권거래세 면제신청서를 제출하지 않음 3. 관련조세법령 ○ 증권거래세법 제1조 【과세대상】 주권 또는 지분(이하 "주권등"이라 한다)의 양도에 대하여는 이 법에 의하여 증권거래세를 부과한다. 다만, 주권등의 양도가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 아니한다. 1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제13항제1호 에 따른 유가증권시장 및 같은 항 제2호에 따른 코스닥시장(이하 "증권시장"이라 한다)과 비슷한 시장으로서 외국에 있는 시장(대통령령으로 정하는 시장만 해당하며, 이하 이 조에서 "외국증권시장"이라 한다)에 상장된 주권등을 양도하는 경우 2. 외국증권시장에 주권등을 상장하기 위하여 인수인( 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제12항 에 따른 인수인을 말한다. 이하 같다)에게 주권등을 양도하는 경우 3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제377조제3호 에 따라 채무인수를 한 한국거래소가 주권등을 양도하는 경우 ○ 증권거래세법 제2조 【정의】 ① 이 법에서 "주권"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 상법 또는 특별한 법률에 의하여 설립된 법인의 주권 2. 외국법인이 발행한 주권(주권)으로서 증권시장에 상장된 것 ② 이 법에서 "지분"이란 상법에 따라 설립된 합명회사ㆍ합자회사ㆍ유한책임회사 및 유한회사의 사원의 지분을 말한다. ③ 이 법에서 "양도"라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것을 말한다. ④ 주권의 발행전의 주식, 주식의 인수로 인한 권리, 신주인수권과 특별한 법률에 의하여 설립된 법인이 발행하는 출자증권 및 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제4조제8항 에 따른 증권예탁증권(같은 법 제4조제2항제2호에 따른 지분증권을 예탁받은 자가 발행한 것에 한정한다)은 이 법의 적용에 있어서 주권으로 본다. ⑤ 이 법을 적용함에 있어서 거주자, 비거주자, 내국법인, 외국법인, 비거주자의 국내사업장 및 외국법인의 국내사업장의 용어는 소득세법 및 법인세법에서 사용하는 용어의 예에 의한다. ○ 조세특례제한법 제117조 【증권거래세의 면제】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 증권거래세를 면제한다. 1. 중소기업창업투자회사 또는 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 2. 신기술사업금융업자 또는 신기술사업투자조합이 신기술사업자에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 2의2. 농식품투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 2의3. 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 13. 제46조제1항에 따라 주권을 양도하는 경우 14. 「법인세법」 제47조의2 에 따른 신설법인의 설립, 같은 법 제44조제2항 각 호 또는 제3항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할, 이 법 제37조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 자산의 포괄적 양도, 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환·이전을 위하여 주식을 양도하는 경우 ② 다음 각 호의 경우에는 같은 호에 규정한 기한까지 양도·인출·편입·현물출자·주식이전·주식교환하는 것에만 제1항을 적용한다. 1. 제1항제1호·제2호·제2호의2·제2호의3: 2014년 12월 31일 2. 제1항제16호: 2015년 12월 31일 ○ 조세특례제한법 시행령 제115조 【증권거래세의 면제】 ⑨ 법 제117조제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 증권거래세과세표준신고서와 함께 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다. ○ 조세특례제한법 제38조 【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세 특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어「상법」제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 1. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것 2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것 3. 완전자회사가 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것 ② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 장부가액으로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사 주식의 장부가액과 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. 1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우 2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 ③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 ○ 상법 제360조의2 【주식의 포괄적 교환에의한 완전모회사의 설립】 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다. ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다. ○ 상법 제360조의15 【주식의 포괄적 이전에의한 완전모회사의 설립】 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전(이하 이 관에서 "주식이전"이라 한다)에 의하여 완전모회사를 설립하고 완전자회사가 될 수 있다. ② 주식이전에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 소유하는 그 회사의 주식은 주식이전에 의하여 설립하는 완전모회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 주식이전을 위하여 발행하는 주식의 배정을 받음으로써 그 완전모회사의 주주가 된다. ○ 국세기본법 제45조의3 【기한 후 신고】 ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 「자산재평가법」 제15조 에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다. ② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 기한후과세표준신고서 제출과 동시에 그 세액을 납부하여야 한다. ③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 경우(납부할 세액이 있는 경우에는 그 세액을 납부한 경우만 해당한다) 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다. ④ 기한후과세표준신고서의 기재사항 및 신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 4. 유사사례 ( 판례, 심판례, 심사례, 예규 ) ○ 서삼46016-11498, 2002.09.03 【제목】증권거래세 면제대상인 경우, 증권거래세 과세표준신고시 세액면제신청 안했어도 경정청구해 면제받을 수 있으나, 과세표준 신고하지 않은 경우에는 면제안됨 【질의】 조세특례제한법 제117조 제1항 제1호 에 해당하는 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하였으나 같은법시행령 제115조 제3항에 의한 세액면제신청서를 제출하지 않은 경우, 증권거래세의 면제적용이 가능한지 여부 【회신】 조세특례제한법 제117조 제1항 의 규정을 적용 증권거래세 면제를 받고자 하는 자가 증권거래세 과세표준 신고시 세액면제신청서를 함께 제출하지 않았어도 국세기본법 제45조 의 2에 의거 경정청구 하여 증권거래세 면제를 적용 받을 수 있는 것이나, 과세표준신고를 하지 않은 경우에는 세액면제를 적용 받을 수 없는 것임. ○ 서면3팀-1856, 2005.10.26 【제목】증권거래세의 면제를 적용받을 수 있는 자가 신고시 세액감면신청서를 제출하지 않았어도 경정청구를 통하여 증권거래세 면제를 적용받을 수 있음 【질의】중소기업창업투자회사(A)와 중소기업창업투자조합(B)이 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권을 양도함에 있어, B가 A의 증권계좌를 통하여 출자한 벤처기업 발행주식을 양도한 경우 조세특례제한법 제117조 및 제1항 제1호 규정에 의한 증권거래세면제대상에 해당하는지 여부 및 동법 제117조 제4항 및 같은법 시행령 제115조 제3항에 규정한 세액면제신청을 하지 않은 B가 경정청구에 의한 환급 가능 여부 【회신】1. 조세특례제한법 제117조 제1항 의 규정을 적용받을 수 있는 자가 증권거래세과세표준신고시 세액면제신청서를 함께 제출하지 않았어도 국세기본법 제45조 의 2에 의거 경정청구하여 증권거래세면제를 적용받을 수 있는 것이나, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항인 것임. 2. 위와 관련된 기존회신사례(서삼46016-11498, 2002.9.3.)를 참고하기 바람. ○ 재산-1345, 2009.07.03 【제목】3년 이상 종전의 농지소재지에서 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일로부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 「조세특례제한법 시행령」 제67조 제3항 제1호 각목의 요건을 충족한 경우 「국세기본법」 제45조 의 2 【경정 등의 청구】 및 동법 제45조의 3 【기한후신고】를 하여 감면규정을 적용 받을 수 있음 【질의】 (사실관계) - 2008.3.30. 농지 A를 개인에게 양도 - 2008.9.30. 농지 C, D 취득 - 대토요건 갖추었으며 2009.7월 양도소득세 기한후 신고 예정 (질의내용) - 경정청구나 기한후 신고를 통해 대토감면 신청한 경우에도 감면규정 적용되는지. - 감면신청서를 제출하지 않아도 요건 충족시 감면받을 수 있는지. 【회신】1. 3년 이상 종전의 농지소재지에서 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일로부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 「조세특례제한법 시행령」 제67조 제3항 제1호 각목의 요건을 충족한 경우 「국세기본법」 제45조 의 2 【경정 등의 청구】 및 동법 제45조의 3 【기한후신고】를 하여 감면규정을 적용 받을 수 있음. 2. 세액감면신청을 아니한 경우에도 양도당시 법령 규정상 감면요건이 충족되는 경우에는 양도소득세의 감면을 받을 수 있는 것임. ○ 국심2004서1886, 2004.12.09 【제목】조특법상 증권거래세 면제대상 주식을 양도하고 과표신고기한을 경과하여 과표신고서 및 세액면제신청서를 제출한 경우(기한후 신고)에도 감면대상인 사례 【주문】○○세무서장이 2004.3.2. 청구조합에게 한 2003년도 4기분 증권거래세 및 동 가산세 합계 33,044,000원의 부과처분은 이를 취소한다. 【이유】 1. 처분개요 청구조합은 기업구조조정전문회사로서, 2003.12.19. 보유중이던 ○○금속 주식 4,000,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 (주)○○에 양도하고 증권거래세 신고기한인 2004.1.10. 이후인 2004.2.7. 처분청에 과세표준신고와 조세특례제한법 제117조 의 규정에 의한 증권거래세 세액면제신청을 하였는바, 처분청은 청구조합이 신청한 세액감면을 배제하고 2004.3.2. 청구조합에게 2003년도 4기분 증권거래세 및 동 가산세 합계 33,044,000원을 결정고지하였다. 청구조합은 이에 불복하여 2004.5.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 처분청 의견 가. 청구주장 청구조합이 과세표준 신고기한을 경과하여 신고한 것은 국세기본법 제45조 의 3의 규정에 의한 기한후신고요건에 해당하므로 적법한 신고이며, 기한후신고를 하여도 조세특례제한법 제117조 제1항 제12호 에 의하여 증권거래세를 면제받을 수 있으므로 처분청이 청구조합에게 한 이 건 증권거래세의 과세처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구조합이 한 주식의 양도는 조세특례제한법 제117조 제1항 제2의 2호 규정에 의한 증권거래세 면제대상이기는 하나, 증권거래세의 과세표준신고 및 세액감면 신청기한인 양도일 익월 10일까지 이를 이행하지 아니하여 법정신고기한 내에 신고하지 않았으므로, 조세특례제한법상의 면제규정을 적용받을 수 없으므로 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 조세특례제한법상 증권거래세 면제대상 주식을 양도하고, 증권거래세 과세표준 신고기한을 경과하여 과세표준신고서와 세액면제신청서를 제출한 것에 대하여 처분청이 세액감면을 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구조합이 양도한 쟁점주식이 조세특례제한법 제117조 제1항 의 규정에 의하여 증권거래세가 면제되는 주식인 사실에 대하여는 처분청과 청구조합간에 달리 다툼이 없다. (2) 청구조합은 쟁점주식을 2003.12.19. (주)○○에 양도하였고, 이에 따라 쟁점주식의 양도와 관련한 증권거래세 과세표준 신고기한은 쟁점주식의 양도일의 익월 10일인 2004.1.10.까지이나, 청구조합은 동 기한을 경과한 2004.2.7. 쟁점주식의 증권거래세 과세표준신고서 및 세액면제신청서를 처분청에 제출한 사실이 심리자료에 의하여 확인되며, 이에 대하여도 처분청과 청구조합간에 달리 다툼이 없다. (3) 처분청은 청구조합이 쟁점주식의 증권거래세 과세표준 신고기한이 경과한 후에 과세표준신고를 하고 세액면제신청을 하여 증권거래세 면제요건을 갖추지 않은 것으로 보아 세액감면을 부인한 반면, 청구조합은 쟁점주식의 증권거래세 과세표준 신고기한이 경과한 후인 2004.2.7. 증권거래세 과세표준신고서와 세액면제신청서를 제출하였다 하더라도 기한후신고로서 정당한 신고에 해당하므로 세액감면신청을 거부한 처분은 부당하다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. (4) 청구조합은 국세기본법에서 규정하는 기한후신고를 하였으므로 과세표준 신고기한 내에 신고하는 것과 다를 것이 없다는 주장이나, 기한후신고는 무신고에 따른 가산세부담을 줄일 수 있는 기회를 부여함으로써 납세자의 편의를 도모하기 위하여 법정신고기한 내에 세무신고를 하지 아니한 자도 세무서장이 납세고지를 하기 전까지 가산세와 함께 본세를 신고납부할 수 있도록 한 제도로서, 이는 법정신고기한이 경과한 후 추가적으로 신고기회를 준 것에 불과하기 때문에 법정신고기한 내의 신고와 같은 납세의무의 확정력이 없는 것이어서 법정기한 내의 과세표준신고와 동일한 효력을 인정하기는 어렵다. (5) 다만, 이 건 관련법령의 규정인 조세특례제한법 제117조 제4항 에서 “제1항의 증권거래세 면제규정을 적용받고자 하는 자는 세액면제신청을 하여야 한다”고 규정하고 있고, 세액면제신청의 방법으로 같은법시행령 제115조 제3항에서 “과세표준신고서와 함께 세액면제신청서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있으나, 조세특례제한법 제128조 제2항 에서 규정하는 기한후신고를 하는 경우에 있어서의 감면배제대상에 증권거래세 면제조항인 조세특례제한법 제117조 가 포함되지 않는 점에 비추어 볼 때, 조세특례제한법 제117조 에서 규정하는 증권거래세 감면대상 주식의 경우에는 기한후신고를 하더라도 그 감면을 배제하지 않은 것으로 해석된다. 따라서, 쟁점주식의 양도가 조세특례제한법 제117조 에서 규정하는 증권거래세 감면대상에 해당하는 사실에 대하여는 다툼이 없고, 청구법인이 쟁점주식을 양도하고 증권거래세 과세표준 신고기한인 2004.1.10.까지는 과세표준신고 및 세액면제신청을 하지는 않았으나, 증권거래세 결정고지 이전인 2004.2.7. 기한후신고와 함께 세액면제신청을 한 이 건의 경우는, 당해 증권거래세를 면제하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다 ○ 국심2004서1556, 2004.08.10 【제목】증권거래세의 면제대상에 해당하지만 과세표준신고서 및 세액면제신청서를 제출하지 아니한 경우에도 조세특례제한법에 의하여 증권거래세를 면제받을 수 있음 【주문】○○세무서장이 2003.12.1. 청구법인에게 한 2000년 11월분 증권거래세 113,442,750원의 부과처분은 이를 취소한다. 【이유】 1. 처분개요 청구법인은 2000.11.21. ○○○종합금융주식회사에게 ××(주)외 6개 업체의 주식 4,835,939주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도하고 기한내에 증권거래세 신고 및 면제신청을 하지 아니하였다. 처분청은 청구법인에게 2000년 11월분 증권거래세 90,802,670원과 22,640,080원을 2003.12.1. 및 2004.1.2. 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.1.14. 이의신청을 거쳐 2004.4.14. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점주식을 금융감독위원회의 “부실금융기관의 권리ㆍ의무의 계약이전” 명령에 따라 양도한 후 관련 증권거래세신고 및 면제신청을 하지 못하였다. 그러나 청구법인이 쟁점주식을 무상양도하였을 뿐 아니라, 쟁점주식의 양도는 조세특례제한법 제117조 제1항 제7호 에서 규정하고 있는 증권거래세 면제대상에 해당하는 바, 동 법조항의 취지와 쟁점주식의 양도당시 청구법인이 청산절차 중에 있어 사무처리가 정상적으로 이루어 질 수 없었음을 감안하여 동 증권거래세는 면제되어야 한다. 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제117조 제1항 제7호 가 증권거래세를 면제하는 취지가 부실금융기관의 구조조정을 원할하게 하기 위한 것이라는 청구법인의 주장은 정당하다. 그러나 동 법조항에 의한 증권거래세의 면제는 당해 법인이 증권거래세의 신고기한내에 당해 신고서 및 면제신청서를 제출한 경우에 이루어 지는 것인 바, 청구법인과 같이 면제신청을 하지 아니한 경우에는 면제를 할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 증권거래세 면제대상에 해당되나 세액면제신청을 하지 아니한 경우 증권거래세의 면제 여부 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2000.11.21. ○○○종합금융주식 회사에게 쟁점주식을 양도한 후 처분청이 이 건 증권거래세를 과세하자 2004.1.12.에 와서야 증권거래세 신고 및 면제신청을 하였는데, 쟁점주식의 양도는 금융감독위원회가 청구법인을 부실금융기관으로 결정(법일 41209-3029, 2000.10.28.)하고, 금융산업구조개선에관한법률 제14조 제2항에 따라 ○○○종합금융주식회사를 청구법인의 인수기관으로 하는 계약이전을 결정함에 따라 이루어진 것으로서, 쟁점주식의 양도가 증권거래세가 면제되는 조세특례제한법 제117조 제1항 제7호 에 해당함에도 청구법인이 신고기한내에 증권거래세 면제신청을 하지 아니한 것 등 사실관계에 있어서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (2) 조세특례제한법 제117조 제1항 은 제7호를 비롯한 각호의 규정에 해당하면 증권거래세를 면제한다고 규정하고 있고, 제4항은 증권거래세의 면제를 받고자 하는 자는 세액면제신청을 하여야 한다고 규정하고 있으며, 세액면제신청의 방법에 대하여 같은법시행령 제115조 제3항은 과세표준신고서와 함께 세액면제신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 위의 법령을 보면, 원칙적으로 증권거래세의 면제를 받고자 하는 자는 과세표준신고서 및 세액면제신청서를 제출하여 세액면제신청을 하여야 하지만, 이를 이행하지 아니한 경우에는 세액면제대상에서 제외한다는 규정이 없다. 따라서 조세특례제한법 제117조 제4항 을 세액면제신청을 한 경우에 한하여 세액면제를 한다는 강제규정으로 볼 수는 없다고 하겠다(국심 2004부859, 2004.5.24. 및 국심 2003서3307, 2004.4.1.도 같은 뜻임). (3) 위 사실들을 종합하여 볼 때, 쟁점주식의 양도에 대하여는 증권거래세를 면제하여야 함에도 청구법인이 신고기한내에 증권거래세 면제신청을 하지 아니하였음을 이유로 이 건 증권거래세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다