특수관계 있는 단체 등에 지출한 출연금의 지정기부금 해당 여부

부동산임대업자가 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인 중 일정 요건을 모두 충족한 것으로서 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정한 특수관계에 있는 법인에 지출한 기부금은 지정기부금에 해당함

[회신] 귀 질의의 경우, 부동산임대소득이 있는 거주자가 특수관계에 있는 자인 「법인세법 시행령」제36조제1항제1호사목에 해당하는 지정기부금단체에 지출한 기부금은 이를 지정기부금으로 보는 것입니다. 〔붙 임 : 관련자료〕 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - ‘갑’ 비영리법인(이하 ‘갑’)은 『공익법인의 설립·운영에 관한 법률』의 규정에 따른 사회복지사업과 교육지원 사업 및 대북지원을 사업목적으로 하여 민법 제32조 에 따라 설립되었고 설립시 ‘을’ 법인(이하 ‘을)이 20억원, 을의 주주 A ․ B가 각각 40억원씩 갑에게 출연함. - 갑의 이사는 5명으로 구성되고 대표이사(이사장)는 을의 주주 C이며, 다른 이사들은 A ․ B ․ C 및 을과 특수관계가 없고 A ․ B ․ C는 친형제지간으로 모두 갑의 설립시 발기인이고 갑은 재경부령이 정하는 지정기부단체로 등록되어 있음. ○ 질의요지 - A ․ B의 소득 중에는 부동산임대소득이 있으며 이 경우 A ․ B가 지출하는 기부금이 지정기부금에 해당하는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제34조 【기부금의 필요경비불산입】 (부칙) ① 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 “지정기부금” 이라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 따른 금액(이하 이 조에서 “필요경비산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 사업자의 소득금액을 계산할 때에 해당 연도의 필요경비에 산입하지 아니한다. (2007. 12. 31. 개정) 1. 종교단체에 기부한 금액이 있는 경우 (2007. 12. 31. 개정) 필요경비산입한도액 = [해당 연도의 소득금액(제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 필요경비에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다) - 제2항에 따라 필요경비에 산입하는 기부금과 제45조에 따른 이월결손금(이하 이 조에서 “법정기부금등”이라 한다)] × 100분의 10 + [(해당 연도의 소득금액 - 법정기부금등) × 100분의 10(2009년 12월 31일까지 지급분에 대하여는 100분의 5를 적용한다)과 종교단체 외에 지급한 금액 중 적은 금액] 2. 제1호 외의 경우 (2007. 12. 31. 개정) 필요경비산입한도액 = (해당 연도의 소득금액 - 법정기부금등) × 100분의 20(2009년 12월 31일까지 지급분에 대하여는 100분의 15를 적용한다) ○ 소득세법 시행령 제79조 【기부금의 범위】 (부칙) ① 법 제34조의 규정에 의한 기부금은 다음 각 호의 1에 해당하는 금액을 포함하는 것으로 한다. 1. 사업자가 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계있는 자가 아닌 자에게 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액 2. 제98조 제1항에 규정하는 특수관계 있는 자가 아닌 자에게 정당한 사유 없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가감한 범위내의 가액으로 한다. ○ 소득세법 시행령 제80조 【지정기부금의 범위】 (부칙) ① 법 제34조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2008. 2. 22. 개정) 1. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 각호의 것 (2005. 2. 19. 개정) 2. 근로자가 「노동조합 및 노동관계 조정법」 또는 「교원의 노동조합설립 및 운영등에 관한 법률」에 의하여 설립된 노동조합에 납부한 노동조합비 (2005. 2. 19. 개정) 3. 「교육기본법」 제15조 의 규정에 의한 교원단체에 가입한 자가 납부한 회비 (2005. 2. 19. 개정) 4. 「공무원직장협의회의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 공무원직장협의회에 가입한 자가 납부한 회비 (2005. 2. 19. 개정) 5. 「비영리민간단체 지원법」에 따라 등록된 단체 중 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 것으로서 행정안전부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정한 단체(이하 이 조에서 “기부금대상민간단체” 라 한다)에 지출하는 기부금. 다만, 기부금대상민간단체에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 과세기간의 1월 1일부터 5년간 지출하는 기부금에 한한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 가. 해산시 잔여재산을 국가ㆍ지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 비영리단체에 귀속하도록 할 것 (2008. 2. 22. 개정) 나. 수입 중 개인의 회비ㆍ후원금이 차지하는 비율이 기획재정부령이 정하는 비율을 초과할 것 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 다. 수입을 친목 등 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것 (2008. 2. 22. 신설) 라. 지정을 받으려는 과세기간의 직전 과세기간 종료일부터 소급하여 1년 이상 비영리민간단체 명의의 통장으로 회비 및 후원금 등의 수입을 관리할 것 (2008. 2. 22. 신설) 마. 과세기간별 결산보고서의 공개에 동의할 것 (2008. 2. 22. 신설) 6. 「공무원의 노동조합 설립 및 운영 등에 관한 법률」에 따라 설립된 노동조합에 가입한 자가 납부한 회비 (2008. 2. 22. 신설) ○ 소득세법 제41조 【부당행위계산】 (부칙) ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조 제1항 제6호의 3의 규정에 따른 배당소득만 해당한다)ㆍ부동산임대소득ㆍ사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정) ② 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자의 범위 기타 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1995. 12. 29. 신설) ○ 소득세법 시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】 (부칙) ① 법 제41조 및 법 제101조에서 “특수관계 있는 자”라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다. 1. 당해 거주자의 친족 2. 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족 3. 당해 거주자의 종업원 외의 자로서 당해 거주자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 같이하는 친족 4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 30 이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인 (2002. 12. 30. 개정) 5. 당해 거주자와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 이사의 과반수이거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인 6. 제4호 또는 제5호에 해당하는 법인이 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인 (2002. 12. 30. 개정) ② 법 제41조에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 제1호 내지 제3호 및 제5호(제1호 내지 제3호에 준하는 행위에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다. (2007. 2. 28. 개정) 1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 2. 특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 때. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 당해 주택에 실제 거주하는 경우를 제외한다. (1999. 12. 31. 단서신설) 3. 특수관계 있는 자로부터 금전 기타 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 때 4. 특수관계 있는 자로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 때 5. 기타 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해연도의 총수입금액 또는 필요경비의 계산에 있어서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때 ○ 소득세법 기본통칙 41-6 【조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되지 아니하는 경우의 예시】 다음 각 호의 1에 해당하는 것은 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우'에 포함되지 아니하는 것으로 한다. 1. 사업상 업무를 수행하기 위하여 초청된 외국인에게 사택 등을 무상으로 제공한 때 2. 특수관계 있는 자의 채무에 대한 보증을 한 때(보증으로 인하여 손실이 발생한 경우를 제외한다) 3. 정부의 지시에 의하여 특수관계 있는 자에게 통상판매가격보다 낮은 가격으로 판매한 때 4. 특수관계 있는 자간의 보증금 또는 선수금 등을 수수한 경우에 그 수수행위가 통상 상관례의 범위를 벗어나지 아니할 때 5. 종업원에게 포상으로 지급하는 금품의 가격이 당해 종업원의 근속기간, 공적내용, 월급여액 등에 비추어 사회통념상 타당하다고 인정되는 때 6. 종업원에게 자기의 제품이나 상품 등을 할인판매하는 경우로서 다음에 해당하는 때 가. 할인판매가액이 당해 거주자의 취득가액 이상이며 통상 일반소비자에게 판매하는 가액에 비하여 현저하게 낮은 가액이 아닌 것 나. 할인판매를 하는 제품 등의 수량은 종업원이 통상 자기의 가사를 위하여 소비하는 것이라고 인정되는 정도의 것 7. 대리점으로부터 판매대리와 관련하여 보증금을 받고, 당해 보증금에 대한 이자를 적정이자율을 초과하지 아니하는 범위내에서 지급하는 때 8. 특수관계 있는 자간의 거래에서 발생한 외상매출금 등의 회수가 지연된 경우에도 사회통념 및 상관례에 비추어 부당함이 없다고 인정되는 때 9. 종업원이 부당유용한 공금을 종업원의 보증인등으로부터 회수하는 때. 다만, 통칙 27-8외에 동 공금을 회수할 수 없는 경우에는 그 종업원의 근로소득으로 처리한다. 10. 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」의 규정에 의한 감정회사가 행한 일반거래를 위한 부동산의 시가감정가액으로 적정거래한 때 (2008. 7. 30. 개정) 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) “해당사항 없음” <참고예규> ■ 서면2팀-2616, 2006.12.18 【질의】 □ 질의요지 (질의1) 법인이 「사립학교법」에 의한 사립학교를 설립할 목적으로 설립된 비영리공익법인인 학교법인에게 보유 중인 토지를 ‘①사립학교 신축부지로 사용할 토지와 ②출연 받은 토지를 학교법인이 매각하여 사립학교 건축비로 사용’할 목적으로 기부하는 경우 법정기부금에 해당되는지 여부 (질의 2) 법인의 주주가 출연한 학교법인에 시설비로 기부하는 경우에도 법정기부금에 해당되는지 여부 【회신】 1. 귀 질의와 같이 내국법인이 「사립학교법」에 의한 사립학교에 시설비ㆍ교육비ㆍ연구비로 지출하는 출연금은 학교법인과 출연자가 특수관게 유무에 관계없이 「법인세법」 제24조 제2항 제4호 의 규정에 의하여 법정 기부금에 해당 하는 것이며, 출연금이 금전 외의 자산인 경우에는 같은법 시행령 제37조 제1항의 규정에 의한 가액을 출연가액으로 하는 것임. 2. 질의와 관련된 유사사례(재법인46012-149, 1993.9.7.)를 참고하기 바람. ■ 재소득-70, 2004.03.09 【질의】 개인이 그 설립자로서 특수관계에 있는 사립학교법인의 시설비ㆍ교육비ㆍ연구비 등을 지출한 기부금의 구분(지정기부금ㆍ법정기부금)에 관한 사항이 다음과 같이 국세청 해석이 양분되어 업무처리에 혼란을 초래하므로 질의함. 〈갑설〉 법인 46012-147, 1993.9.7.에 의하면 법인이 사립학교법에 의한 사립학교에 시설비ㆍ교육비ㆍ연구비로 지출한 출연금은 학교법인과 출연자간 특수관계 유무에 관계없이 규정에 의하여(특례기부금) 손금산입되는 것임. （이유） 학교법인의 설립과 운영은 공익을 위한 출연으로서 개인ㆍ법인 또는 특수관계 유무를 떠나 법인은 조세특례제한법 제73조 에 의해 기부금 과세특례 규정이 적용되고 개인은 소득세법 제34조 제2항 제6호 에 의해 전액 손금산입되는 기부금으로 보아야 함. 〈을설〉 서일 46011-10878, 2002.7.5.에 의하면 개인사업자가 설립자로서 특수관계에 있는 사립학교의 시설비ㆍ교육비ㆍ연구비 등으로 지출한 기부금이나 장학금은 지정기부금으로 본다고 하여 전액 용인되는 기부금(소득 46011-1152, 1995.4.27.)과 차이가 나는듯한 회신이 있음. 【회신】 개인이 사립학교법에 의한 사립학교에 시설비, 교육비, 연구비 등으로 지출한 출연금은 당해 사립학교와 출연자간 특수관계 유무에 관계없이 소득세법 제34조 제2항 제6호 의 규정에 의하여 당해연도의 소득금액에서 이월결손금을 차감한 금액 범위 내에서 전액 필요경비에 산입함. ■ 서일46011-10878, 2002.07.05 【질의】 개인사업체의 사주가 사립학교법에 의한 사립학교의 설립자이며 학장으로 재직하고 있는 경우 개인사업체의 사주가 당해 사립학교의 고유목적사업비로 기부를 한다면 기부금을 전액 법정기부금으로 손비인정 받을 수 있는지 여부 【회신】 법인세법 시행령 제36조 에 규정하는 단체 등과 특수관계 있는 사업자가 당해 사업에서 발생한 소득금액을 동 단체 등에 동조에 규정하는 각종 시설비, 교육비 또는 연구비 등으로 지출한 기부금이나 장학금은 이를 지정기부금으로 보는 것임. ■ 재재산-1247, 2007.10.12 【질의】 □ 양도소득의 부당행위계산부인 규정은 양도소득세를 부당하게 감소시키기 위하여 특수관계자＊에게 자산을 증여한 후 5년 이내에 타인에게 양도한 경우 증여자가 그 자산을 직접 양도한 것으로 보도록 하고 있는바 ＊특수관계자 범위( 소득세법 시행령 제98조 제①항) ① 거주자의 친족, 종업원 또는 그와 생계를 같이하는 친족 등 ② 거주자 및 ‘①’의 자 소유주식이 30％이거나 당해 거주자가 대표자인 법인 ③ 거주자 및 ‘①’의 자가 이사의 과반수이거나 출연금의 50％ 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인 ④ ‘②’또는 ‘③’의 법인이 50％ 이상 출자하고 있는 법인 ○ 이경우 특수관계자가 공익법인이고 양도대금 전액이 공익법인에 귀속되어 고유목적사업으로 사용하는 경우 부당행위계산 적용 대상인지 여부 【회신】 양도소득에 대한 소득세를 부당하게 감소시키기 위하여 소득세법 시행령 제98조 제1항 에 규정하는 특수관계자에게 자산을 증여한 후 그 자산을 증여받은 자가 그 증여일부터 5년 이내에 다시 이를 타인에게 양도한 경우에는 소득세법 제101조 제2항 에 따라 증여자가 그 자산을 직접 양도한 것으로 보는 것이며, 귀 질의와 같이 특수관계있는 공익법인에 자산을 출연하고 양도한 경우가 이에 해당되는지 여부는 자산의 출연 경위, 출연 및 양도 내역, 세부담 감소현황, 양도소득의 실질적 귀속 등 당해 출연 및 양도에 관한 구체적인 사실에 따라 판단할 사항임.