과세표준과 세액의 경정시 결손금 소급공제액의 추가 환급 여부

결손금 소급공제액을 환급하는 경우 직전 과세기간의 과세표준과 세액이 경정 등에 의하여 변경되는 때에는 당해 환급세액을 재결정하여 결손금 소급공제세액으로 환급한 세액과 재결정한 환급세액의 차액을 환급하거나 징수하는 것임.

[회신] 소득세법 제85조의2 및 같은법시행령 제149조의2의 규정에 의하여 중소기업을 영위하는 거주자의 결손금 소급공제세액을 환급하는 경우에 결손금소급공제세액 계산의 기초가 된 직전 과세기간의 종합소득과세표준과 세액이 경정 등에 의하여 변경되는 때에는 당해 환급세액을 재결정하여 결손금 소급공제세액으로 환급한 세액과 재결정한 환급세액의 차액을 환급하거나 징수하는 것이며, 결손금 소급공제세액의 환급은 같은법 제70조의 규정에 의한 과세표준 확정신고기한 내에 납세지 관할세무서장에게 신청한 경우에 적용하는 것입니다. 1. 질의내용 결손금 소급공제세액을 환급함에 있어서 직전과세기간의 과세표준과 세액이 소득세 실지조사 결과 증가된 경우 추가로 환급받을 수 있는지 여부? 소득금액이 발생하여 과세표준 및 세액을 신고납부한 후 경정청구에 의하여 결손금이 발생하였을 경우 결손금 소급공제세액을 환급신청할 수 있는지? 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련법규 ○ 소득세법 제85조의2 【결손금소급공제에 의한 환급】 ① 대통령령이 정하는 중소기업 을 영위하는 거주자가 당해 중소기업의 사업소득금액을 계산함에 있어서 제45조 제2항에 규정하는 당해 과세기간의 이월결손금이 발생한 경우에는 직전 과세기간의 당해 중소기업의 사업소득에 부과된 소득세액(대통령령이 정하는 소득세액을 말한다)을 한도로 하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 ″결손금소급공제세액″ 이라 한다)을 환급신청할 수 있다. 이 경우 소급공제한 이월결손금에 대하여는 제45조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다. (96.12.30. 신설) ② 결손금소급공제세액의 환급을 받고자 하는 자는 제70조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지관할세무서장에게 환급을 신청 하여야 한다. (96.12.30. 신설) ③ 납세지관할세무서장이 제2항의 규정에 의하여 소득세의 환급신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다. (96.12.30. 신설) ④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 거주자가 제70조 또는 제74조의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 과세기간과 그 직전 과세기간의 소득에 대한 소득세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한한다. (96.12.30. 신설) ⑤ 납세지관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 소득세를 환급한 후 결손금이 발생한 과세기간에 대한 소득세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 이월결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 이월결손금에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 이월결손금이 발생한 과세기간의 소득세로서 징수한다. (96.12.30. 신설) ⑥ 결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산과 신청절차 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (96.12.30. 신설) ○ 소득세법 시행령 제149조 의 2【결손금소급공제에 의한 환급】 ① 법 제85조의 2 제1항 전단에서 ″대통령령이 정하는 중소기업″이라 함은 조세특례제한법시행령 제2조 에 규정된 기업을 말하며, ″대통령령이 정하는 소득세액″이라 함은 직전과세기간의 당해 중소기업에 대한 종합소득결정세액을 말한다. (98.12.31. 개정) ② 법 제85조의 2 제1항 전단에서 ″대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액″이라 함은 다음 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 것(이하 ″결손금소급공제세액″이라 한다)을 말한다. (96.12.31. 신설) 1. 직전 과세기간의 당해 중소기업에 대한 종합소득산출세액 2. 직전 과세기간의 종합소득과세표준에서 법 제45조 제2항의 이월결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전 과세기간의 종합소득과세표준을 한도로 한다)을 차감한 금액에 직전 과세기간의 세율을 적용하여 계산한 당해 중소기업에 대한 종합소득산출세액 ③ 법 제85조의 2 제2항의 규정에 의하여 결손금소급공제세액의 환급을 받고자 하는 자는 재정경제부령이 정하는 결손금소급공제세액환급신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. (98.4.1. 직제개정) ④ 납세지관할세무서장은 결손금소급공제세액을 환급받은 사업자의 당해 과세기간에 대한 결손금이 감소되는 경우 법 제85조의 2 제5항의 규정에 따라 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 ″환급취소세액″이라 한다)과 환급취소세액에 대하여 결손금소급공제세액의 환급일부터 환급취소의 결정일까지의 기간에 제146조의 2에 규정된 율을 곱하여 계산한 이자상당액의 합계액을 소득세로 징수하여야 한다. 다만, 법 제45조 제2항의 이월결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다. (98.12.31. 개정) 법 제85조의 2 제3항의 규정에 의한 환급세액 × 감소된 결손금액으로서 소급공제받지 아니한 결손금을 초과하는 금액 ─────────────────────────────────── 소급공제한 결손금액 ⑤ 납세지관할세무서장은 결손금소급공제세액 계산의 기초가 된 직전 과세기간의 종합소득과세표준과 세액이 경정 등에 의하여 변경되는 경우에는 즉시 당해 환급세액을 재결정하여 결손금소급공제세액으로 환급한 세액과 재결정한 환급세액의 차액을 환급하거나 징수하여야 하며, 환급한 세액이 재결정한 환급세액을 초과하여 그 차액을 징수하는 때에는 제4항의 규정을 준용하여 계산한 이자상당액을 가산하여 징수하여야 한다. (96.12.31. 신설) ⑥ 결손금소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다. (98.4.1. 직제개정) 나. 관련예규 ○ 소득46011-4068, 98.12.24 소득세법 제85조의2 의 규정에 의한 결손금 소급공제세액의 환급은 소득세과세표준 확정신고기한내에 신청한 경우에 적용하는 것임. ○ 법인46012-1025, 98.4.24 결손금소급공제에 의한 법인세 환급신고 후 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준이 달라진 경우, 당초 환급신청한 결손금의 범위내에서 환급세액을 재결정하는 것임. ○ 법인46012-1688, 99.5.4 국세기본법 제81조의7 의 규정에 따라 직전사업연도의 법인세 조사결과통지에 의하여 통보받은 예상 법인세액은 결손금소급공제 환급신청 대상세액에 포함하지 아니함.