환급신청을 하지 않은 경우에도 결손금소급공제세액의 환급이 가능한지 여부

결손금소급공제세액의 환급은, 과세표준확정신고기한 내에 납세지 관할세무서장에게 환급신청한 경우에 적용하는 것임.

[회신] 소득세법 제85조의 2의 규정에 의한 결손금소급공제세액의 환급은 같은법 제70조 및 제74조의 규정에 의한 소득세 과세표준확정신고기한 내에 납세지 관할세무서장에게 환급신청한 경우에 적용하는 것입니다. 1. 질의내용에 대한 자료 가. 관련법령 〇 소득세법 제85조 의 2 【결손금 소급공제에 의한 환급】 ①대통령령이 정하는 중소기업을 영위하는 거주자가 당해 중소기업의 사업소득금액을 계산함에 있어서 제45조 제2항에 규정하는 당해 과세기간의 이월결손금이 발생한 경우에는 직전과세기간의 당해 중소기업의 사업소득에 부과된 소득세액(대통령령이 정하는 소득세액을 말한다)을 한도로 하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 “결손금 소급공제세액”이라 한다)을 환급신청할 수 있다. 이 경우 소급공제한 이월결손금에 대하여는 제45조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.(96.12.30 신설) ②결손금 소급공제세액의 환급을 받고자 하는 자는 제70조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 환급을 신청하여야 한다.(96.12.30 신설) ③납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의하여 소득세의 환급신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.(96.12.30 신설) ④제1항 내지 제3항의 규정은 당해 거주자가 제70조 또는 제74조의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 과세기간과 그 직전과세기간의 소득에 대한 소득세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한한다.(96.12.30 신설) ⑤납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 소득세를 환급한 후 결손금이 발생한 과세기간에 대한 소득세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 이월결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 이월결손금에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 이월결손금이 발생한 과세기간의 소득세로서 징수한다.(96.12.30 신설) ⑥결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산과 신청절차 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(96.12.30 신설) 〇 소득세법 제86조 【소액불징수】 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 소득세를 징수하지 아니한다.(※종전 제132조) 〇 소득세법 제45조 【결손금 및 이월결손금의 공제】 ①사업소득이 있는 거주자가 비치ㆍ기장한 장부에 의하여 당해연도의 사업소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금은 당해 연도의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 부동산임대소득금액ㆍ배당소득금액ㆍ이자소득금액ㆍ근로소득금액ㆍ일시재산소득금액ㆍ기타소득금액에서 순차로 공제한다.(95.12.29 개정)(※종전 제58조) ②부동산임대소득 또는 산림소득이 있는 거주자가 비치ㆍ기장한 장부에 의하여 당해 연도의 소득별 소득금액을 계산함에 있어 발생하는 소득별 결손금과 사업소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금으로서 제1항의 규정에 의하여 당해 연도의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 공제하고 남은 결손금(이하 “이월결손금”이라 한다)은 당해 이월결손금이 발생한 연도의 종료일부터 5년 내에 종료하는 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 먼저 발생한 연도의 이월결손금부터 순차로 당해 소득별로 이를 공제한다. 〇 소득세법 시행령 제149조 의 2 【결손금 소급공제에 의한 환급】 ①법 제85조의 2 제1항 전단에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 조세특례제한법시행령 제2조 에 규정된 기업을 말하며, “대통령령이 정하는 소득세액”이라 함은 직전과세기간의 당해 중소기업에 대한 종합소득결정세액을 말한다. (98.12.31 개정) ②법 제85조의 2 제1항 전단에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 것(이하 “결손금 소급공제세액”이라 한다)을 말한다.(96.12.31 신설) 1. 직전과세기간의 당해 중소기업에 대한 종합소득산출세액 2. 직전과세기간의 종합소득과세표준에서 법 제45조 제2항의 이월결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전과세기간의 종합소득과세표준을 한도로 한다)을 차감한 금액에 직전과세기간의 세율을 적용하여 계산한 당해 중소기업에 대한 종합소득산출세액 ③법 제85조의 2 제2항의 규정에 의하여 결손금 소급공제세액의 환급을 받고자 하는 자는 재정경제부령이 정하는 결손금소급공제세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(96.12.31 신설) ④납세지 관할세무서장은 결손금 소급공제세액을 환급받은 사업자의 당해 과세기간에 대한 결손금이 감소되는 경우 법 제85조의 2 제5항의 규정에 따라 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 “환급취소세액”이라 한다)과 환급취소세액에 대하여 결손금 소급공제세액의 환급일부터 환급취소의 결정일까지의 기간에 제146조의 2 에 규정된 율을 곱하여 계산한 이자상당액의 합계액을 소득세로 징수하여야 한다. 다만, 법 제45조 제2항의 이월결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다.(98.12.31 개정) 감소된 결손금액으로서 소급공제받지 아니한 법 제85조의 2 제3항의 × 결손금을 초과하는 금액 규정에 의한 관금세액 ──────────── 소급공제한 결손금액 ⑤납세지 관할세무서장은 결손금 소급공제세액 계산의 기초가 된 직전과세기간의 종합소득과세표준과 세액이 경정 등에 의하여 변경되는 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 결손금 소급공제세액으로 환급한 세액과 재결정한 환급세액의 차액을 환급하거나 징수하여야 하며, 환급한 세액이 재결정한 환급세액을 초과하여 그 차액을 징수하는 때에는 제4항의 규정을 준용하여 계산한 이자상당액을 가산하여 징수하여야 한다.(96.12.31 신설) ⑥결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.(96.12.31 신설) 나. 관련예규 〇 법인 46012-633, 1998. 3. 14 장기간 휴업중인 법인으로서 토지 등 양도 차익만 있는 경우 결손금 소급공제에 의한 환급을 적용받을 수 없음. 〇 법인 46012-888, 1998. 4. 9 결손금 소급공제에 의한 환급세액을 계산함에 있어 ‘직전사업연도의 소득에 부과된 법인세액’의 범위에는 정부의 경정결정으로 추가납부하는 세액을 포함함. 〇 법인 46012-1025, 1998. 4. 24 법인세법 제38조 의 2의 규정에 의하여 결손금 소급공제에 의한 환급세액을 납세지 관할세무서장이 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 당초 환급신청한 결손금의 범위내에서 환급세액을 재결정하여 같은 법 시행령 제100조의 2 제6항에 의하여 추가로 환급하는 것임. 〇 법인 46012-1255, 1998. 5. 14 법인세 신고기한 종료일 현재 부과되지 아니한 직전사업연도 법인세액은 결손금소급공제 환급대상이 아님. 〇 법인 46012-1833, 1998. 7. 7 결손금 소급공제에 의한 환급은 환급대상 사업연도 종료일 이후 합병되어 소멸한 경우에도 적용하는 것임. 〇 재정책 46000-132, 1998. 7. 18 결손금 소급공제에 의한 환급결정으로 당해연도의 체납된 법인세 등을 충당하는 경우, 체납된 당초의 본세를 감액하는 것 아니며, (중)가산금, 본세 순으로 충당함. 〇 소득46011-474, 1999.12.11 소득세법 제85조 의 2의 규정에 의한 결손금소급공제세액의 환급은 같은법 제70조 및 제74조의 규정에 의한 소득세 과세표준 확정신고기한 내에 환급신청한 경우에 적용하는 것이며, 당해 연도의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 공제하고 남은 결손금은 당해 이월결손금이 발생한 연도의 종료일부터 5년내에 종료하는 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 먼저 발생한 연도의 이월결손금부터 순차로 당해 소득별로 이를 공제하는 것입니다.