행정해석 질의회신 소득세

감면대상 토지와 비감면대상 토지를 함께 양도한 경우 양도소득기본공제의 적용

사건번호 선고일 2003.07.25
감면되는 토지와 감면되지 않는 토지를 양도한 경우 양도소득세 계산은 당해 연도 소득금액의 합계액에서 양도소득기본공제를 한 금액(과세표준)에 세율을 적용하여 계산한 금액(산출세액)에서 감면대상 소득금액이 소득금액의 합계액에서 차지하는 비율로 계산한 금액(감면세액)을 차감하여 계산하는 것임.
[회신] 소득세법 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 감면소득금액이 있는 경우 양도소득세액의 감면은 같은법 제90조의 규정에 의하는 것입니다. 붙임 : ※ 재일46014-2107, 1999.12.15 1. 질의내용 요약 (1) 관련사례 1) 조세특례제한법 제99조 해당 주택(이하 신축주택이라 함)의 양도소득 : 300,000,000 2) 고가주택의 6억 초과분(고가주택이라 함)에 대한 양도소득 : 50,000,000 3) 위 주택을 같은 해에 고가주택을 먼저 양도하고 나중에 신축주택을 양도한 경우임 (2) 질의사항 이 경우 양도세 과세표준 신고서 작성시 납부세액 계산방법에 대하여 갑설) 고가주택과 신축주택의 신고서를 각각 별개로 작성하여 신고한다. 1) 따라서 다음과 같이 계산한다. ① 고가주택 산출세액 : [50,000,000(양도소득)-2,500,000(기본공제)]×18%(-900,000)=7,650,000 ② 신축주택 감면세액 : [300,000,000(양도소득)-2,500,000(기본공제)]×36%(-11,700,000)=95,400,000 농특세 : 95,400,000×20%=19,080,000 2) 근거 ① 조세특례제한법 제99조 제2항 에서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 당해 거주자의 주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.(이 규정에 의한 신축주택은 다른 주택의 양도에 따른 양도세에 영향을 미치게 하지 않고 별개로 계산하여 그에 따른 농특세만을 과세한다는 의미임) 따라서 위 2주택을 합산하여 신고하는 경우, 당해 거주자의 주택으로 보지 아니하는 신축주택의 양도소득(300,000,000) 때문에 고가주택의 양도소득(50,000,000)에 대하여도 높은 세율을 적용받게 되어 납부세액이 과다하게 계상될 뿐만 아니라 ② 고가주택의 양도에 따른 양도세를 납부한 후에 당해 거주자의 주택으로 보니 아니하는 신축주택의 양도로 인하여 추가납부세액이 발생하는 것은 주택경기활성화대책의 일환인 본 규정의 취지와도 맞지 않음. 을설) 양도세 신고서는 하나로 작성하되 신축주택의 양도소득에 대하여는 양도소득금액계산명세서상 감면소득란에 기재한다. 1) 따라서 다음과 같이 계산된다. - 양도소득 : 50,000,000(고가주택)+300,000,000(신축주택)=350,000,000 - 감면소득 : 300,000,000(농특세 과세대상 소득금액) - 양도소득금액 : 350,000,000-300,000,000=50,000,000 - 과세표준 : 50,000,000-2,500,000=47,500,000 - 산출세액 : 47,500,000×18%(-900,000)=7,650,000 - 농특세 : [300,000,000×36%(-11,700,000]×20%=19,260,000 2) 근거 ① 조세특례제한법 제99조 제1항 본문 전단(5년이내 양도)은 세액감면의 규정인 것처럼, 후단(5년 경과 후 양도)은 소득공제인 것처럼 보이나 같은 소득에 대하여 세액감면과 소득공제를 혼용하여 적용한다고 보기는 어렵고 세액감면으로 해석하는 경우 <갑설>의 경우와 같이 입법취지에 맞지 않게 되며 ② 감면신청서(별지 제37호 서식)상 ⑭란의 세액은 농특세 과세표준을 산정하기 위한 것으로 보아야 한다. 왜냐하면 동 금액을 과세표준신고서상에 기재될 감면세액으로 보면 다음의 <병설>과 같이 농특세과세표준이 모호하여질 뿐만 아니라, 본 조항 본문 후단의 경우 이 서식 ⑭란은 전혀 의미가 없게 되고 같은 서식에 대한 작성요령 4번과 6번의 내용으로 미루어 보아도 소득공제로 이해하여야 할 것이고 ③ 예규 및 심사ㆍ심판사례에서도 동 조항을 소득공제로 해석하고 있는 경우가 대부분임. 병설) 양도세 신고서는 하나로 작성하되 5년경과 여부에 관계없이 타규정(8년자경농지 감면 등)과 동일하게 세액감면으로 한다. 1) 따라서 다음과 같이 계산된다. - 양도소득금액 : 50,000,000+300,000,000=350,000,000 - 과세표준 : 350,000,000-2,500,000=347,500,000 - 산출세액 : 347,500,000×36%(-11,700,000)=113,400,000 - 감면세액 : 113,400,000×(300,000,000-0)/347,500,000=97,899,280 - 자납할세액 : 113,400,000-97,899,280=15,550,720 - 농특세 : 97,899,280×20%=19,579,856 2) 그러나 이 경우는 ① 감면대상 신축주택은 당해 거주자의 주택으로 보지 않는다는 규정에 배치되고 ② 별지 37호 서식 ⑭란에서 계산되는 금액과 양도세 신고서 (10)란의 세액과 일치되지 아니하는 모순이 생김 [동 서식상 감면세액 : 300,000,000×36%-11,700,000=96,300,000(작성요령 6번)이 되어 양도세 신고서(10)란의 감면세액 97,899,280과 다르게 나타남]으로 인하여 농특세 과세표준이 어는 것인지 알 수가 없음 (3) 위와 같은 사유로 신고서 작성상의 의문점에 대하여 질의합니다. 2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제95조 ○ 소득세법 제90조
원본 출처 (국세법령정보시스템)