비영리법인 종교단체가 영리법인인 주식회사를 운영할 수 있는지 여부

우리센터에 질의한 내용에 대하여 붙임과 같은 관련조세법령 및 우리청에서 발간한 책자(공익법인 세무안내)를 함께 보내드리오니 이를 참조하시기 바람.

[회신] 귀하께서 2002.05.27 우리센터에 질의한 내용에 대하여 붙임과 같은 관련조세법령 및 우리청에서 발간한 책자(공익법인 세무안내)를 함께 보내드리오니 이를 참조하시기 바랍니다. 1. 질의내용 요약 (질의1) 비영리법인 종교단체가 영리법인의 주식을 인수하여 주식회사를 운영할 수 있는지 (질의2) 영리법인을 인수할 수 있다면 인수과정에 따른 절차와 세금부담 문제는 (질의3) 영리법인이 토지 및 건물을 종교단체에 기증할 수 있는지, 이 경우 기증하는 영리법인 및 종교단체가 부담하여야 할 세금문제는 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 상속세및증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액불산입 등】 ① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인 등이 내국법인의 주식 등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식 등과 다음 각호의 1의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우(제16조 제2항 각호외의 부분 단서의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 초과부분을 제외한다. (2000. 12. 29 단서개정) 1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등 (1999. 12. 28 개정) 2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인 등외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등 (1999. 12. 28 개정) ② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의 2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다. (2000.12.29개정) 1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다. 2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 취득하는 주식 등과 다음 각목의 1의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우. 다만, 제49조 제1항 각호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 대규모기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등이 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000.12. 29 단서신설) 가. 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등 (1999. 12. 28 개정) 나. 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인 등외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등 (1999. 12. 28 개정) 3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용한 경우 (2000. 12. 29 개정) 4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 (2000. 12. 29 개정) 4의 2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간 중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 (2000. 12. 29 신설) 5. 기타 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업의 운용에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우 ○ 상속세및증여세법 제16조 【공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입】 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항ㆍ제7항에서 “주식 등” 이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식 등과 다음 각호의 1의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조ㆍ제49조 및 제63조 제3항에서 “발행주식총수 등” 이라 한다)의 100분의 5를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 대규모기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등에 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식 등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000. 12. 29 단서신설) ○ 상속세및증여세법 제49조 【공익법인 등의 주식 등의 보유기준】 ① 공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수 등의 100분의 5(이하 “주식 등의 보유기준” 이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인 등에 대하여는 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28 개정) ○ 상속세및증여세법시행령 제42조 【주식등의 보유기준에서 제외되는 공익법인등】 ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등” 이라 함은 당해 공익법인 등의 운용소득(제38조 제5항의 규정에 의한 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인 등(이하 이 조에서 “성실공익법인 등” 이라 한다)을 말한다.(2000.12.29 개정) ○ 법인세법 제24조 【기부금의 손금불산입】 ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금” 이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액” 이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정) 1. 당해 사업연도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다) (1998. 12. 28 개정) 2. 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액 (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법시행령 제36조 【지정기부금의 범위】 ① 법 제24조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (1998. 12. 31 개정) 1. 다음 각목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등” 이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금 (2001. 12. 31 개정) 가~라ㆍ바ㆍ사 (생략) 마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체 (1998. 12. 31 개정)