소득세에 대한 연말정산 후 환급금이 발생한 경우 환급방법 여부

연말정산결과 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 이를 근로소득자에게 환급하는 때에는, 그 환급세액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급하는 것임.

[회신] 연말정산결과 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 이를 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급세액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급하며, 납부할 세액이 없는 경우에는 다음 달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급하고 다음 달 이후에도 원천징수하여 납부할 소득세가 없거나 환급할 금액에 미달하는 경우에는 원천징수환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여 환급받을 수 있는 것이고 1999년 과세기간 중 일용근로자 외의 자로서 갑종에 속하는 근로소득 및 2인의 납세조합이 원천징수하는 을종에 속하는 근로소득이 있는 자는 소득세법 제70조의 규정에 의하여 종합소득 과세표준확정신고를 하여야 하는 것이며 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 소득세법 제70조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 본인은 1998. 2월달에 ○○해운 소속회사(홍콩선주)에 승선한 후 1999. 4. 8일부로 매선되어 한국국전사로 넘어가면서 본인도 국전선사로 이적되어 계속승선 하던 중 ○○(주)에서 4월 8일부터 6월 30일까지 월급을 지급하다가 7월 1일부터는 ○○해운에서 12월까지 월급을 지급하게 되었습니다. 그 이후 1999년 연말정산 당시에 ○○해운, ○○(주), ○○해운은 각자 회사에서 지불된 월급명세서만 가지고 본인한테 연락도 없이 연말정산을 한 후 ○○(주)에서는 환수금을 2002. 2. 9일자로 집사람 통장으로 436,950원이 입금되었음 (그 당시에는 집사람이 연말 환수금으로 생각하고 확인도 하지 않았음) 그런데 ○○해운과 ○○해운에서는 환수금을 돌려주지 않고 착복했기 때문에 저의 집사람은 모르고 있었으며 2001. 8. 1일 세무서에서 발급된 납세고지서를 받은 후 문제가 있는 것을 알고 각자 회사에 연락을 하니까 ○○해운에서(2001. 8. 23일) 668,210월 ○○해운에서(2001. 8. 23/24일) 959,890원을 집사람통장으로 입금이 되었습니다. 이후 ○○해운과 ○○해운에서는 과태료를 한푼도 주지 않기 때문에 결과적으로 본인은 ○○(주)에서 통장으로 입금된 금액 외에도 주민세포함 210만원정도를 부담하게 되었으며 그리고 그 수습기간에 세무서에서는 본인의 재산에 압류를 시켰습니다. 그리고 현재까지 주민세 포함하여 140만원정도 남아있는(세무서 100만원, 구청주민세 40만원)것은 원인을 확인하는 기간이기 때문이었습니다. <질의내용> 1. 소득세에 대한 연말정산후 환수금을 5년 내에만 돌려주면 되는 문제(사업, 장사도 아닌 고정월급자) 2. 잘못된 연말정산 문건을 5년내에 통보하면 된다는데 전산화시대에 담당자가 정말 그렇게 5년이란 기간이 필요한지. 과태료가 붙기 때문에 본인에게의 통보가 소극적인 원인이 아니지 3. 본인의 소득세를 공제했는데도 회사 담당자가 고의적인 잘못이 인정되어 문제가 발생하여도 법적인 아무런 책임을 질 수 없는지 4. 잘못된 문건을 회사 담당자 아니면 고용주에게는 책임 추궁도 하지 않고 본인에게로 직접 납세고지서만 발급하는 이유 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제70조 【종합소득 과세표준확정신고】 ① 당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1994. 12. 22 개정) ② 제1항의 규정은 당해연도의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 때에도 적용한다. (1994. 12. 22 개정) ③ 제1항의 규정에 의한 신고를 “종합소득 과세표준확정신고”라 한다. (1994. 12. 22 개정) ④ (이하생략) ○ (구) 소득세법 제73조 【과세표준확정신고의 예외】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조의 규정에 불구하고 당해 소득에 대한 과세표준확정신고를 하지 아니 할 수 있다. (1994. 12. 22 개정) 1. 근로소득만이 있는 거주자 2. ~ 13. ② 일용근로자 외의 자로서 2인 이상으로부터 받는 근로소득ㆍ퇴직소득 또는 제1항 제8호에 규정하는 소득이 있는 자에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제137조ㆍ제138조 또는 제144조의 2의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 대하여는 그러하지 아니하다. (1996. 12. 30 개정) ③ 을종에 속하는 근로소득 또는 퇴직소득이 있는 자에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제152조 제2항의 규정에 의하여 제137조 및 제138조의 예에 의한 원천징수에 따라 소득세를 납부한 자에 대하여는 그러하지 아니하다. (1994. 12. 22 개정) ④ (이하생략) ○ (현) 소득세법 제73조 【과세표준확정신고의 예외】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조의 규정에 불구하고 당해 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다. (2000. 12. 29 개정) 1. 근로소득 2. ~ 10. (중간생략) ② 일용근로자 외의 자로서 2인 이상으로부터 받는 근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 또는 제1항 제5호의 규정에 의한 소득이 있는 자(갑종근로소득과 을종근로소득을 동시에 받는 경우를 포함한다)에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제137조ㆍ제138조 또는 제144조의 2의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 대하여는 그러하지 아니하다. (2000. 12. 29 개정) ③ 을종에 속하는 근로소득 또는 퇴직소득이 있는 자에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제152조 제2항의 규정에 의하여 제137조 및 제138조의 예에 의한 원천징수에 따라 소득세를 납부한 자에 대하여는 그러하지 아니하다. (1994. 12. 22 개정) ④ (이하생략) ○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】 ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다. (1994. 12. 22 개정) ② (이하생략) ○ 소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산】 ① 주된 근무지의 원천징수의무자가 당해연도의 다음 연도 1월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해연도의 근로소득금액 또는 퇴직하는 달까지의 당해연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 제134조 제4항 각호의 세액공제를 한 후 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다. (1996. 12. 30 개정) ② 제1항의 경우에 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세가 당해 종합소득산출세액에서 제134조 제4항 각호의 세액공제를 한 금액을 초과하는 때에는 그 초과액은 당해 근로소득자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급하여야 한다. (1994. 12. 22 개정) ③ 일용근로자 외의 자로서 2인 이상으로부터 급여를 받은 자의 종된 근무지의 원천징수의무자가 소득세를 원천징수하는 때에는 종된 근무지에서 지급하는 당해연도의 근로소득금액에 기본세율을 적용하여 계산한 종합소득산출세액에서 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다. (1994. 12. 22 개정) ④ 원천징수의무자가 제140조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 근로소득자에 대하여 제1항의 규정을 적용하여 소득세를 원천징수하는 때에는 기본공제 및 소수공제자추가공제 중 당해 근로소득자 본인에 대한 분과 표준공제만을 공제한다. (1996. 8. 14 개정) ⑤ 일용근로자외의 자로서 갑종에 속하는 근로소득 및 제150조 제3항의 규정에 의하여 납세조합에 의하여 소득세가 징수된 을종에 속하는 근로소득이 있는 자에 대하여는 갑종에 속하는 근로소득의 주된 근무지의 원천징수의무자가 갑종에 속하는 근로소득과 을종에 속하는 근로소득을 합한 금액에 대하여 연말정산을 할 수 있다. (1999. 12. 28 신설) ○ 소득세법 제143조 【근로소득에 대한 원천징수영수증의 교부】 근로소득을 지급하는 원천징수의무자는 당해연도의 다음 연도 2월말일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 근로소득 기타 필요한 사항을 기재한 원천징수영수증을 그 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 당해연도의 중도에 퇴직한 자에 대하여는 그 퇴직일이 속하는 달의 급여의 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 교부하여야 한다. (1994. 12. 22 개정) ○ 소득세법 제152조 【납세조합의 징수방법】 ① 제150조 제2항의 규정에 의한 납세조합은 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 각 조합원의 매월분 소득에 12를 곱한 금액에서 종합소득공제를 한 금액에 기본세율을 적용하여 계산한 세액의 12분의 1을 매월분의 소득세로 하여 이에서 세액공제와 납세조합공제를 한 금액을 징수한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있을 때에는 1월로 한다. (1994. 12. 22 개정) ② 제150조 제3항의 규정에 의한 납세조합은 그 조합원의 매월분의 당해 소득에 대하여는 갑종에 속하는 근로소득에 대한 원천징수의 예에 의하되, 제134조의 규정에 의한 근로소득간이세액표에 의하여 계산한 소득세에서 납세조합공제를 한 금액을 징수한다. (2000. 12. 29 개정) ○ 소득세법시행령 제199조 【2 이상의 근무지가 있는 경우의 근무지의 신고 및 연말정산】 ① 2이상의 사용자로부터 근로소득을 받는 자는 그 근로소득을 지급받기 전에 주된 근무지와 종된 근무지를 정하여 재정경제부령이 정하는 근무지(변동)신고서를 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. (1998. 4. 1 직제개정) ② 제1항의 근무지(변동)신고서를 제출받은 주된 근무지의 원천징수의무자는 그 신고서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ③ 제1항의 규정에 의한 근무지신고를 한 자는 종된 근무지의 원천징수의무자로부터 근로소득원천징수영수증을 교부받아 주된 근무지에서 당해연도의 다음 연도 1월분의 급여를 받기 전에 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. (1996. 12. 31 개정) ④ 제1항의 규정에 의하여 근무지를 신고한 자의 주된 근무지의 원천징수의무자는 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 합계한 금액에 대하여 제196조의 규정을 준용하여 연말정산을 한다. 이 경우에 그 영수증을 교부한 종된 근무지의 원천징수의무자는 당해 근로소득자에 대하여 연말정산을 하지 아니하여도 된다. (1995. 12. 30 개정) ⑤ 2이상의 사용자로부터 근로소득을 받은 자가 제1항의 근무지(변동)신고서를 제출하지 아니하였거나 제3항의 규정에 의한 종된 근무지의 원천징수영수증을 제출하지 아니한 때에는 주된 근무지 또는 종된 근무지의 원천징수의무자는 각각 그 근로소득자에 대하여 제196조의 규정에 의한 연말정산을 하여야 한다. ○ 소득세법시행령 제201조 【근로소득세액 연말정산시의 환급】 ① 근로소득세액에 대한 연말정산을 하는 경우에 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. ② 제1항의 경우에 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세가 없는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 환급한다. (1998. 4. 1 직제개정) ○ 소득세법시행규칙 제92조 【근로소득에 대한 세액의 연말정산】 ① 원천징수의무자가 법 제137조 및 법 제138조의 규정에 의한 근로소득세액의 연말정산을 하지 아니한 때에는 원천징수관할세무서장은 즉시 연말정산을 하고 그 소득세를 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. ② 제1항의 경우에 원천징수의무자가 근로소득세액의 연말정산을 하지 아니하고 행방불명이 된 때에는 원천징수관할세무서장은 당해 근로소득이 있는 자에게 과세표준 확정신고를 하여야 한다는 것을 통지하여야 한다. ○ 소득세법 시행규칙 제93조 【원천징수세액의 환급】 ① 영 제201조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 원천징수의무자가 환급할 소득세가 연말정산하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 당해 원천징수의무자의 환급신청이 있는 경우에는 원천징수 관할세무서장이 그 초과액을 환급한다. (2002. 2. 1 개정) ② 제1항 단서의 규정에 의하여 소득세의 환급을 받고자 하는 자는 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 소득세액중 잘못 원천징수한 세액이 있는 경우에 이를 준용한다. 나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 소득46011-209,1999.10.21 1. 근로소득만이 있는 거주자는 소득세법 제73조 제1항 제1호 에 의하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있으나 2. 2인 이상으로부터 받는 근로소득이 있는 자(일용근로자 제외)가 소득세법 제137ㆍ제138조의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하지 아니한 경우에는 같은법 제73조 제2항에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 하는 것임. ○ 법인46012-1506,1998.06.09 1. 원천징수는 소득세법 제127조 , 법인세법 제39조 및 법인세법 제59조 규정에 의하여 수입금액 또는 소득금액을 지급시에 원천징수하는 것임. 2. 연말정산결과 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 이를 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급세액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급하며, 납부할 세액이 없는 경우에는 다음 달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급하고 다음 달 이후에도 원천징수하여 납부할 소득세가 없거나 환급할 금액에 미달하는 경우에는 원천징수환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여 환급받을 수 있음. ○ 소득46011-397,1999.11.25 1. 공동주택관리령 제10조에 규정된 입주자대표회의의 동별 대표자(회장ㆍ이사 등을 포함한다)가 공동주택관리규약에 따라 그 구성원으로서의 의무와 책임이 있는 업무를 수행하고 보수규정에 따라 월액으로 지급받는 업무추진비(판공비) 등은 소득세법 제20조 제1항 에 의하여 근로소득에 해당하는 것임. 2. 2인 이상의 사용자로부터 근로소득을 받는 자는 소득세법시행령 제199조 제1항 에 의하여 근무지(변동)신고서를 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하고, 같은조 제3항에 의하여 종된 근무지의 원천징수의무자로부터 근로소득원천징수영수증을 교부받아 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하여야 하며, 주된 근무지의 원천징수의무자는 같은조 제4항에 의하여 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 합계한 금액에 대하여 근로소득세액 연말정산을 하는 것임.