수정신고시 수입금액의 증가 등에 대한 세액공제 재계산 여부

수정신고시 증가된 수입금액에 대한 중소기업에 대한 특별세액감면 적용여부는 기 질의회신문【제조예46019-88,2003.3.29】을 참고하시기 바라며, 과소신고금액에 대하여 수입금액의 증가 등에 대한 세액공제를 적용 받을 수 없는 것임.

[회신] 수정신고시 증가된 수입금액에 대한 조세특례제한법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 적용여부는 기 질의회신문【제조예46019-88,2003.3.29】을 참고하시기 바라며, 또한 수정신고를 하는 경우에는 과소신고금액에 대하여 구 조세특례제한법(1998.12.28. 법률 제5584호) 제122조 제1항의 수입금액의 증가 등에 대한 세액공제를 적용 받을 수 없는 것입니다. 1. 질의내용 요약 <수입금액증가 및 중소기업특별세액공제> 2001년 귀속 과세표준확정신고시 조세특례제한법 제7조 및 같은법 제122조의 규정에 의거 중소기업특별세액감면 및 수입금액의 증가 등에 대한 세액공제를 한 후 법정 수정신고기한에 수입금액의 신고누락분을 발견하여(일선세무서의 보험자료나 신용카드의 계수차이 누락분이 아님) 2002년 8월경 수정신고를 하면서 조세특례제한법 제7조 및 같은법 제122조의 규정에 의한 세액공제를 재계산하여 공제 및 자진납부. <질의내용> 법정수정신고기한내 수정신고시 증가된 수입금액에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면 및 수입금액의 증가 등에 대한 세액공제를 재계산하여 공제할 수 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】 ① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “의료업” 이라 한다), 대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “자동차정비업” 이라 한다), 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다) 및 수질환경보전법에 의한 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. (2001. 12. 29 개정) 1. 대통령령이 정하는 수도권(이하 이 조에서 “수도권” 이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업” 이라 한다)과 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 중소기업 : 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 소기업은 100분의 10) (2001. 12. 29 개정) 2. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인 : 100분의 30(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 중소기업은 100분의 10) (2000. 12. 29 개정) ② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정) ○ 구 조세특례제한법 제22조 【수입금액의 증가 등에 대한 세액공제】 ① 부동산임대소득 또는 사업소득(이하 이 조에서 “사업소득등” 이라 한다)이 있는 거주자(이하 이 조 및 제123조에서 “사업자” 라 한다)로서 대통령령이 정하는 자가 종합소득과세표준확정신고시 신고한 사업장별 총수입금액이 대통령령이 정하는 기준수입금액의 100분의 120을 초과하는 경우에는 당해 사업장의 사업소득등에 대한 종합소득산출세액에 그 초과금액(제2항의 규정을 적용받는 경우에는 동항의 규정에 의한 수입금액의 초과금액을 공제한 금액을 말한다)의 100분의 30에 상당하는 금액이 당해 사업장의 총수입금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세에서 공제한다. (1998. 12. 28 개정) ○ 구 조세특례제한법 시행령 제117조 【수입금액의 증가 등에 대한 세액공제】 ② 법 제122조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기준수입금액” 이라 함은 신고한 과세연도의 직전 과세연도와 직전전 과세연도의 사업장별 총수입금액 중 큰 금액을 말한다. (1998. 12. 31 개정 ⑪ 법 제122조 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 세액공제를 받고자 하는 자는 종합소득과세표준확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 수입증가 등 세액공제신청서 및 전자상거래수입금액명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2000. 12. 29 개정) ⑫ 법 제122조 제1항의 규정에 의한 기준수입금액, 동조 제2항의 규정에 의한 직전 과세연도의 전자상거래 등 수입금액, 동조 제4항의 규정에 의한 직전 과세연도의 당해 사업장의 총수입금액이 변경되는 경우 또는 당해 과세연도의 과세표준과 세액이 경정됨에 따라 세액공제액이 감소되는 경우에는 이를 다시 계산한 (2000. 12. 29 개정) ○ 조세특례제한법 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】 ② 소득세법 제80조 제1항 또는 법인세법 제66조 제1항 의 규정에 의하여 결정을 하는 경우와 국세기본법 제45조 의 3의 규정에 의하여 기한후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, (중간생략) 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (2002. 4. 20 개정) ③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, (중간생략) 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (2002. 4. 20 개정) 나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서일46011-10267,2002.03.05 귀 질의의 경우 조세특례제한법 제122조 및 같은법시행령 제117조의 규정에 의하여 수입금액의 증가 등에 대한 세액공제의 요건에 해당하는 자가 과세표준확정신고서를 법정신고기한내에 제출하면서 이에 대한 공제신청을 하지 아니함으로써 신고한 세액이 신고하여야 할 세액을 초과하는 경우에는 국세기본법 제45조 의 2 규정에 의한 경정 등의 청구를 할 수 있는 것임. ○ 재소득46073-179,1998.12.12 수입금액증가세액공제는 조세감면규제법시행령 제88조의 5 제9항에 의거 기준수입금액이 변경되는 경우 또는 당해 과세연도의 과세표준과 세액이 경정됨에 따라 세액공제액이 감소되는 경우에 한하여 다시 계산하는 것이며 경정으로 인하여 세액이 증가되는 경우에는 수입금액증가세액공제를 다시 계산할 수 없는 것임.