거주자의 법인전환을 사업의 폐지로 보아 감면세액을 추징하는지 여부

1999과세연도분을 2000.5월 종합소득세 신고하면서 적용받은 감면세액에 대하여는 신고일이 속한 사업연도의 이익금처분시 적립하여야 하는 것이나 전환된 법인이 중소법인에 해당하는 경우 2001. 1. 1 이후에는 적립금으로 계상하지 아니하고 사용의무를 이행하여야 하는 것임.

[회신] 귀 질의와 관련하여 관계법령 및 기 질의회신문(서일46011-10904,2002.07.11)을 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바랍니다. ※ 서일46011-10904, 2002.07.11 개인사업자가 1999과세연도 중 조세특례제한법시행령 제137조 제9항에서 정하는 사업양수도방법으로 법인전환(이한 “법인전환” 이라 함)된 경우 1999과세연도분을 2000.5월 종합소득세 신고하면서 적용받은 감면세액에 대하여는 신고일이 속한 사업연도의 이익금처분시(예, 12월말 법인의 경우 2001. 2월)적립하여야 하는 것이나 전환된 법인이 중소법인에 해당하는 경우 부칙 제43조에 따라 2001. 1. 1 이후에는 적립금으로 계상하지 아니하고 사용의무를 이행하여야 하는 것임. 또한 개인사업자가 1998 이전 과세연도 중 법인전환된 경우로서 종합소득세 신고시 감면세액을 적용받고 구 조세특례제한법시행령 제137조 제10항 및 제11항에서 규정한 바에 따라 적립하지 아니한 금액에 대하여 2002. 1. 1 이후 경정결정하는 경우에는 적립하지 아니한 금액에 상당하는 감면세액은 추징하지 아니하고 2001. 1. 1부터 사용의무를 적용하는 것임. 1. 질의내용 요약 (구) 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의하여 2000년 귀속 소득세 신고납부시 중소제조업 감면을 받은 제조업자가 법이 정하는 특정용도(장기차입금의 상환 또는 고정자산의 취득)에 사용하지 않고, 2001년 7월 1일 사업의 양도ㆍ양수방법에 의한 법인전환을 하여 전환법인이 현재까지 같은 제조업을 운영하고 있을 경우, 1) 당초 감면세액 상당액이 특정용도 사용의무가 승계되는지 2) 또는 거주자의 법인전환을 “사업의 폐지”로 인식하여 감면세액 상당액을 추가 납부하여야 하는지를 질의합니다. ※ 참고사항 전환법인의 최초 사업연도 법인세 신고시 개정된 법에 의하여(중소기업이므로) “기업합리화 적립금”을 설정하지 않았습니다. 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ (구) 조세특례제한법 제145조 【기업합리화적립금의 적립】 ① 제5조 내지 제7조, 제7조의 2, 제7조의 3, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제26조, 제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제37조, 제62조, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조, 제94조, 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다) 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 “감면 등” 이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 “감면세액상당액” 이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다. (2001. 12. 29 개정) ⑤ 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)은 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 그 소득금액에 대한 소득세 또는 법인세상당액)에서 공제받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 한다. (2001. 12. 29 개정) ○ (구) 조세특례제한법 제146조 【감면세액의 추징】 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. (1998. 12. 28 개정) 4. 제145조 제1항의 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)이 동조 제5항의 규정에 의하여 사용하여야 할 금액 중 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우( 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우를 제외한다 ) : 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 금액 (2001. 12. 29 개정) ○ (구) 조세특례제한법시행령 제137조 【기업합리화적립금의 적립 등】 ⑨ 법 제146조 제4호에서 “대통령령이 정하는 사업양수도 방법” 이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제29조 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. (1998. 12. 31 개정) ○ (구) 조세특례제한법시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ④ 법 제32조 제2항에서 “대통령령이 정하는 금액” 이라 함은 사업용 자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. (1998. 12. 31 개정) ○ (구) 조세특례제한법시행령 제28조 【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】 (2001. 12. 31 제목개정) ① 법 제31조 제1항에서 “대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합” 이라 함은 제130조 제2항의 규정에 해당하는 사업(당해 사업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 당해 사업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업이 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국제기본법 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다. (2001. 12. 31 개정) 1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것 (1998. 12. 31 개정) 2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것 (1998. 12. 31 개정) ○ 부 칙 (2000. 12. 29 법률 제6297호) 제43조 【소기업 등에 대한 감면세액의 사후관리에 관한 경과조치】 이 법 시행당시 중소법인이 종전의 제145조 제1항 및 제6항의 규정을 적용받던 감면세액(동조 제4항 각호의 규정 및 동조 제6항 본문의 규정에 해당하는 금액을 제외한다)에 대하여는 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도에 감면받은 것으로 보되, 제145조 제5항의 개정규정에 불구하고 2005년 12월 31일이 속하는 과세연도의 종료일까지 고정자산에 대한 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 한다. (2001. 12. 29 개정) 나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서일46011-10904,2002.07.11 【제목】 개인사업자가 1999년도중 사업양수도방법으로 법인전환된 경우, 1999년도 개인사업분 공제감면세액에 대한 기업합리화 적립금 적립시기 또는 사용의무 적용여부 【질의】 1994년부터 중소제조업을 영위하여 오던 거주자가 1999. 6. 18 조세특례제한법 제146조 제4호 의 규정에 의한 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하였으나, 당해 법인이 같은법 제145조의 규정에 의한 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였을 경우, 1999년 귀속 종합소득세과세표준 확정신고시 같은법 제7조 제1항의 규정에 의거 감면받은 감면세액을 추징하여야 하는지 여부 【회신】 개인사업자가 1999과세연도 중 조세특례제한법시행령 제137조 제9항 에서 정하는 사업양수도방법으로 법인전환(이한 “법인전환” 이라 함)된 경우 1999과세연도분을 2000.5월 종합소득세 신고하면서 적용받은 감면세액에 대하여는 신고일이 속한 사업연도의 이익금처분시(예, 12월말 법인의 경우 2001. 2월)적립하여야 하는 것이나 전환된 법인이 중소법인에 해당하는 경우 부칙 제43조에 따라 2001. 1. 1 이후에는 적립금으로 계상하지 아니하고 사용의무를 이행하여야 하는 것임. 또한 개인사업자가 1998 이전 과세연도 중 법인전환된 경우로서 종합소득세 신고시 감면세액을 적용받고 구 조세특례제한법시행령 제137조 제10항 및 제11항에서 규정한 바에 따라 적립하지 아니한 금액에 대하여 2002. 1. 1 이후 경정결정하는 경우에는 적립하지 아니한 금액에 상당하는 감면세액은 추징하지 아니하고 2001. 1. 1부터 사용의무를 적용하는 것임.