창업투자회사가 자격취소 등에 따라 청산하는 경우 비과세 적용 여부

중소기업창업투자회사가 등록이 취소된 경우, 등록취소 이후에 양도하는 주식 및 배당소득에 대하여는, 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 규정을 적용받을 수 없는 것임.

[회신] 귀 질의 1, 2의 조세특례제한법 제13조 및 제14조에 대한 사항은 질의내용이 분분명하여 정확한 회신을 드리기 어려우니, 조기 청산하는 ○○조합이 잔여재산을 분배하는 경우에 출자하여 취득한 주식으로 분배하는 것인지, 또는 취득한 주식을 양도한 후에 그 대금으로 분배하는 것인지 등 사실내용을 구체적으로 적어 재질의하시기 바랍니다. 질의 2, 3의 경우는 유사사례에 대한 우리청 제도46011-12440(2001.07.28) 및 법인46012-1369(2000.06.15) 질의회신을 붙임과 같이 보내 드리니 이를 참고하시기 바랍니다. ※ 법인46012-1369, 2000.06.15 조세특례제한법 제13조의 규정을 적용함에 있어 중소기업창업투자회사는 중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자회사를 말하는 것으로서 중소기업창업투자회사가 등록이 취소된 경우 등록취소 이후에 양도하는 주식 및 배당소득에 대하여는 동조의 규정을 적용받을 수 없는 것이며 동법 제14조 제1항의 양도소득세의 과세특례를 적용함에 양도일 현재 중소기업창 | [ 회 신 ] | | 업투자회사의 등록이 취소되었다면 동법에 의한 양도소득세의 과세특례를 적용받을 수 없는 것임. | 1. 질의내용 요약 ○ 우리 창업투자회사는 1999년에 중소기업창업투자조합을 결성하여 운영하고 있는 바, 조합은 3기가 경과한 상태이며 조합운용규약에 의하여 조합을 조기에 청산하고 잔여재산을 분배하고자 함 <질의 1 > 창업투자회사 관련 ○ 조세특례제한법 제13조 (중소기업창업투자회사 등의 양도차익 등에 대한 비과세) - 조기 청산하는 투자조합의 잔여재산의 분배시에 주식에 대한 양도차익 및 배당소득 비과세 혜택의 계속적인 적용여부와 이미 적용받은 부분에 대한 사후관리 조항이 있는지 여부 <질의 2 > 조합출자자(개인, 법인 조합원) 관련 ○ 조세특례제한법 제14조 (중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례) - 투자조합을 통해 취득한 창업자에 대한 출자(신규)지분의 양도소득에 대한 비과세 혜택에 대하여 조기 청산시에도 계속적으로 적용이 가능한지 여부와 이미 비과세된 부분에 대한 사후관리 여부 - 조합원에 대한 원천징수 특례(지급시 원천징수)가 조기청산에 따른 잔여재산의 분배에도 적용이 가능한 것인지 여부 - 잔여재산의 분배 재원인 이자/배당소득(지급시 원천징수)에 대한 당연종합과세 대상 적용의 배제가 계속적으로 가능한지 여부 ○ 조세특례제한법 제16조 (중소기업창업투자조합 출자에 대한 소득공제) - 2항 : 소득공제를 적용받은 거주자가 출자/투자일로부터 5년이 경과되기 전에 지분의 이전이나 회수를 한 경우에 기 공제받은 분에 해당하는 세액의 추징규정 관련 - 다만, 출자자/투자자의 사망 기타 대통령령이 정하는 사유로 인한 경우에는 적용배제 - 시행령 제14조 제8항의 “대통령령이 정하는 사유” 중에 조합해산의 경우가 조합설립시의 존속기간의 만료로 인한 해산만을 말하는 것인지 혹은 조합원의 결의로 인한 조기해산(조합규약의 해산사유)을 포함하는 것인지 여부 <질의 3 > 창업투자회사의 License의 자진반납 혹은 자격취소에 따른 투자조합의 청산시에 상기 문의사항에 대한 답변 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제13조 【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】 ① 중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사” 라 한다) 또는 여신전문금융업법에 의한 신기술사업금융업자(이하 “신기술사업금융업자” 라 한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정) 1. 중소기업창업투자회사가 중소기업창업지원법에 의한 창업자(이하 “창업자” 라 한다) 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업(이하 “벤처기업” 이라 한다)에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (2000. 12. 29 개정) 2. 신기술사업금융업자가 기술신용보증기금법에 의한 신기술사업자(이하 “신기술사업자” 라 한다) 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (2002. 8. 26 개정 ; 신기술사업금융지원에 관한 법률 부칙) 3. 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융회사가 제14조의 규정에 의한 중소기업창업투자조합, 신기술사업투자조합 또는 부품ㆍ소재전문투자조합을 통하여 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (2001. 12. 29 개정) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 출자는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융회사가 직접 또는 중소기업창업투자조합, 신기술사업투자조합 및 부품ㆍ소재전문투자조합을 통하여 다음 각호의 1에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다. (2001. 12. 29 개정) 1. 당해 기업의 설립시에 자본금으로 납입하는 방법 (2000. 12. 29 신설) 2. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법 (2000. 12. 29 신설) 3. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법 (2000. 12. 29 신설) 4. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무의 자본전환에 의하는 방법 (2000. 12. 29 신설) ③ 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자가 제1항의 규정에 의한 출자로 인하여 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업으로부터 2003년 12월 31일까지 지급받는 배당소득에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. (2000. 12. 29 개정) ④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 양도차익 및 배당소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2000. 12. 29 신설) ○ 조세특례제한법 제14조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호 내지 제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각호의 1의 규정에 의한 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다. (2001. 12. 29 개정) 1. 중소기업창업투자회사 또는 여신전문금융업법 제3조 제1항 의 규정에 의하여 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (1998. 12. 28 개정) 2. 중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자조합(이하 “중소기업창업투자조합” 이라 한다)이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (1998. 12. 28 개정) 3. 여신전문금융업법에 의한 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합” 이라 한다)이 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (1998. 12. 28 개정) 4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조의 규정에 의한 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2001. 12. 29 개정) 5. 산업발전법 제15조 의 규정에 의한 기업구조조정조합(이하 “기업구조조정조합” 이라 한다)이 동법 제14조 제4항의 규정에 의한 구조조정대상기업(이하 “구조조정대상기업” 이라 한다)에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (1999. 12. 28 신설) 6. 부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법에 의한 부품ㆍ소재전문투자조합(이하 “부품·소재전문투자조합” 이라 한다)이 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (2001. 12. 29 신설) ② 대통령령이 정하는 기관투자자가 중소기업창업투자조합 또는 신기술사업투자조합을 통하여 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 2002년 12월 31일까지 주식 또는 출자지분을 취득한 후 당해 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. (2001. 12. 29 개정) ③ 거주자가 중소기업창업투자회사 또는 여신전문금융업법 제3조 제1항 의 규정에 의하여 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사로부터 받는 배당소득에 대하여는 소득세법 제14조 제4항 의 규정을 적용하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정) ④ 다음 각호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 당해 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세를 원천징수하며 소득세법 제14조 제4항 의 규정을 적용하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정) 1. 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에게 출자함으로 인하여 발생하는 배당소득 (1998. 12. 28 개정) 2. 신기술사업투자조합이 신기술사업자 또는 벤처기업에게 출자함으로 인하여 발생하는 배당소득 (1998. 12. 28 개정) 3. 기업구조조정조합이 구조조정대상기업에 출자함으로 인하여 발생하는 배당소득 (1998. 12. 28 개정) 4. 부품ㆍ소재전문투자조합이 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업에게 출자함으로 인하여 발생하는 배당소득 (2001. 12. 29 신설) ⑤ 중소기업창업투자조합, 신기술사업투자조합, 기업구조조정조합 또는 부품ㆍ소재전문투자조합에 귀속되는 소득으로서 소득세법 제16조 제1항 각호 및 동법 제17조 제1항 제5호의 소득에 대하여는 소득세법 및 법인세법에 불구하고 당해 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때에 소득세 또는 법인세를 원천징수한다. (2001. 12. 29 개정) ⑥ 제4항 및 제5항의 규정에 의한 소득의 경우에는 소득세법 제16조 제2항 및 동법 제17조 제3항 본문의 규정에 불구하고 총수입금액에서 동 조합이 지출한 비용(당해 총수입금액에 대응되는 것에 한한다)을 차감한 금액을 이자소득금액 또는 배당소득금액으로 한다. (1998. 12. 28 개정) ⑦ 제3항 내지 제6항의 규정은 2003년 12월 31일까지 발생하는 소득에 한하여 이를 적용한다. (1998. 12. 28 개정) ⑧ 법 제16조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유” 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사유를 말한다. (1998. 12. 31 개정) 1. 해외이주법에 의한 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우 (1998. 12. 31 개정) 2. 천재ㆍ지변으로 재산상 중대한 손실이 발생하는 경우 (1998. 12. 31 개정) 3. 중소기업창업투자조합, 신기술사업투자조합, 기업구조조정조합, 부품ㆍ소재전문투자조합 또는 증권투자신탁업법에 의한 위탁회사가 해산하는 경우 (2001. 12. 31 개정) 나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규 등) ○ 법인46012-1369, 2000.06.15 조세특례제한법 제13조 의 규정을 적용함에 있어 중소기업창업투자회사는 중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업투자회사를 말하는 것으로서 중소기업창업투자회사가 등록이 취소된 경우 등록취소 이후에 양도하는 주식 및 배당소득에 대하여는 동조의 규정을 적용받을 수 없는 것이며 동법 제14조 제1항의 양도소득세의 과세특례를 적용함에 양도일 현재 중소기업창 업투자회사의 등록이 취소되었다면 동법에 의한 양도소득세의 과세특례를 적용받을 수 없는 것임. ○ 제도46011-12440, 2001.07.28 투자조합출자 등 소득공제액 추징 제외사유로서 조세특례제한법시행령 제14조 제8항 제3호 에 규정하고 있는 기업구조조정조합이 해산하는 경우에는 동 조합의 조합규약에 따라 존립기간 만료전에 해산하는 경우도 포함되는 것임.